临床样本表达验证
验证C4orf19在HNSCC组织中的表达水平。
对30例HNSCC和10例癌旁正常组织进行IHC染色,评估C4orf19蛋白水平。
Multi-omics characterization of C4orf19 in HNSCC: constructing prognostic signatures for immunotherapy and chemotherapy response prediction.
包含临床样本IHC、细胞功能实验(EdU、IF、CCK-8)、药物敏感性实验,以及多组学生物信息学分析,但缺乏动物模型和免疫治疗功能验证。
Cal-27细胞系 SCC-9细胞系 TCGA-HNSC队列 GSE30784和GSE41613数据集 30例HNSCC患者组织样本
C4orf19表达分组:基于中位数分为高表达组和低表达组 细胞系:Cal-27和SCC-9;培养条件:DMEM或DMEM/F12,10% FBS,37°C,5% CO2 siRNA转染:使用Beyotight™ Lipo8000转染试剂,细胞密度约60% 5-FU处理:浓度梯度处理,CCK-8检测IC50 统计检验:至少三次独立实验,采用t检验或Wilcoxon检验,p<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证C4orf19在HNSCC组织中的表达水平。
对30例HNSCC和10例癌旁正常组织进行IHC染色,评估C4orf19蛋白水平。
验证C4orf19在HNSCC中的mRNA表达水平。
分析TCGA-HNSC(515肿瘤,44正常)和GEO数据集(GSE30784,GSE41613)中C4orf19的表达。
评估C4orf19表达与HNSCC患者总生存期的关联。
使用TCGA和GSE41613数据集进行KM生存分析、单因素和多因素Cox回归,构建列线图预测生存概率。
验证C4orf19对HNSCC细胞增殖的影响。
在SCC-9细胞中过表达C4orf19,进行EdU、IF和CCK-8检测增殖能力。
验证C4orf19对5-FU敏感性的影响。
在SCC-9过表达和Cal-27敲低C4orf19后,用5-FU处理,通过CCK-8和克隆形成实验检测IC50和集落形成能力。
探究C4orf19表达与免疫细胞浸润和免疫检查点的关联。
使用CIBERSORT、ssGSEA和xCell分析TCGA-HNSC数据,并通过IHC验证T细胞和B细胞浸润。
评估C4orf19表达与TMB的关系。
使用maftools可视化TCGA-HNSC的体细胞突变,并比较C4orf19高低组的突变频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| DMEM/F12培养基 | Pricella | PM150312 | |
| 胎牛血清 | Vazyme | F101-01 | |
| 6孔板 | Servicebio | CCP-6 H | |
| 12孔板 | Corning | 3513 | |
| 96孔板 | BIOLAND | CCP06-096 | |
| 转染 | Beyotight™ Lipo8000转染试剂 | -- | -- |
| EdU实验 | EdU检测试剂盒 | Abbkine | ATXG18171 |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | GLPBio | GK10001 |
| IF | 荧光显微镜 | Thermo Fisher Scientific | EVOS M5000 |
| CCK-8实验 | 酶标仪 | Biotek | Synergy 2 |
| 5-FU处理 | 5-氟尿嘧啶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本 | 样本来源:Changsha Hospital of Hunan Normal University;时间:2020年1月至2024年6月;纳入标准:初治HNSCC患者,无既往治疗;组织类型:活检标本。 阅读提示:Materials and methods - Clinical sample |
| 细胞培养 | 细胞系:Cal-27和SCC-9;培养基:DMEM或DMEM/F12;血清浓度10% FBS;培养条件:37°C,5% CO2;细胞认证:STR和支原体检测。 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| 转染 | 细胞密度:约60%;转染试剂:Beyotight™ Lipo8000;siRNA浓度和序列:见附录表2;转染时间:48小时。 阅读提示:Materials and methods - Plasmids, siRNAs, and transfection methods |
| 5-FU敏感性实验 | 5-FU浓度梯度(未明确具体浓度);处理时间:48小时(CCK-8)或10天(克隆形成);检测方法:CCK-8和克隆形成实验。 阅读提示:Materials and methods - Cell counting kit‑8 (CCK-8) assay and Colony formation assay |
| 免疫组化 | 抗体信息:附表1;评分方法:H-score(强度×阳性百分比);评估者:两名病理学家独立评估。 阅读提示:Materials and methods - Immunohistochemistry (IHC) |