单细胞转录组数据分析
鉴定神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫细胞类型和衰老相关特征。
对GSE147766数据集的4个肿瘤样本进行质量控制,去除线粒体基因>20%和核糖体基因<60%的细胞,使用Seurat聚类和SingleR注释细胞类型。
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data for discovery of senescent TAMs prognostic characteristics in neuroblastoma.
包含scRNA-seq分析、预后模型构建与多队列验证、体外细胞实验(EIF5敲低)等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
人神经母细胞瘤细胞系SH-SY5Y 人神经母细胞瘤细胞系IMR32 人单核细胞系THP-1 神经母细胞瘤患者样本(scRNA-seq数据)
GSE147766数据集中4个原发NB样本,经质量控制(线粒体基因>20%排除,核糖体基因<60%排除) THP-1细胞用含5% TCM的条件培养基预处理24-48小时 慢病毒转染shRNA敲低EIF5,用2 µg/ml嘌呤霉素筛选至少一周 CCK-8、集落形成和Transwell实验检测肿瘤细胞增殖和迁移 Western blot和qRT-PCR验证EIF5、p21、p16的表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫细胞类型和衰老相关特征。
对GSE147766数据集的4个肿瘤样本进行质量控制,去除线粒体基因>20%和核糖体基因<60%的细胞,使用Seurat聚类和SingleR注释细胞类型。
表征巨噬细胞亚群及其衰老表型。
对巨噬细胞进行亚聚类,鉴定衰老TAM(C0)和非衰老TAM(C1),比较衰老标志物表达和功能富集。
推断巨噬细胞分化过程。
使用Monocle进行拟时序轨迹重建,发现C1向C0分化,伴随LILRB1、LILRB2、IL-10和CXCL8表达上调。
基于衰老相关基因构建预后模型并验证其预测能力。
通过单变量Cox和LASSO回归筛选7个基因,计算风险评分,在训练集和验证集中评估生存差异。
验证EIF5对巨噬细胞衰老和肿瘤细胞行为的影响。
使用shRNA敲低THP-1细胞中的EIF5,用条件培养基处理肿瘤细胞,检测增殖、克隆形成和迁移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B溶液 | -- | -- | |
| 慢病毒转染 | 嘌呤霉素 | Beyotime | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | New Cell & Molecular | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Epizyme Biotech | -- |
| Immobilon-P膜 | Millipore | -- | |
| 脱脂奶粉 | Beyotime | -- | |
| RT-qPCR | NcmSpin RNA快速纯化试剂盒 | New Cell & Molecular | -- |
| Hiscript III RT Super Mix | Vazyme | -- | |
| 细胞培养 | 肿瘤细胞条件培养基 | -- | -- |
| 巨噬细胞条件培养基 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞数据分析 | 样本来源、质量控制标准(线粒体基因>20%排除,核糖体基因<60%排除)、聚类参数 阅读提示:Materials and methods: 数据获取与处理、质量评估和细胞表型 |
| 巨噬细胞亚群鉴定 | 衰老标志物表达阈值(FDR<0.05,|log2FC|>0.25)、亚群定义 阅读提示:Results: 巨噬细胞亚群划分和功能分析 |
| 预后模型构建 | 训练集和测试集划分(n=248和245)、LASSO回归参数、风险评分公式 阅读提示:Materials and methods: 构建和验证衰老相关基因预后特征 |
| 体外细胞实验 | THP-1预处理条件(5% TCM,24-48小时)、慢病毒转染和筛选(嘌呤霉素2 µg/ml)、肿瘤细胞处理(MCM浓度)、检测时间点(如CCK-8、Transwell 36小时) 阅读提示:Materials and methods: 细胞和细胞培养、THP-1细胞预处理和慢病毒转染、制备MCM、评估肿瘤细胞增殖和克隆能力、Transwell实验 |
| 基因表达检测 | 抗体信息(Supplementary Table 5)、引物序列(Supplementary Table 6)、内参(GAPDH) 阅读提示:Materials and methods: Western blot和RNA提取和qRT-PCR |