筛选膀胱癌中的DEGs和JuA靶点
识别膀胱癌中差异表达的基因,并筛选JuA的潜在作用靶点。
分析GSE133624数据集,鉴定1845个DEGs;检索ETCM数据库获取JuA靶点,与DEGs取交集,得到IL6、ATP1A2、HSD11B1三个候选基因。
Jujuboside A induces bladder cancer cell apoptosis by inhibiting ATP1A2-mediated mitochondrial energy metabolism regulation.
包括转录组分析、细胞系模型、过表达/敲低、凋亡与能量代谢检测,但缺乏体内模型和直接结合验证。
5637膀胱癌细胞系 T24膀胱癌细胞系 RWPE-1正常前列腺上皮细胞
GSE133624数据集中病例与对照样本比例为36:29 ATP1A2过表达或敲低后细胞培养48小时 JuA处理浓度:12.5、25、50 μmol/L 统计显著性阈值P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别膀胱癌中差异表达的基因,并筛选JuA的潜在作用靶点。
分析GSE133624数据集,鉴定1845个DEGs;检索ETCM数据库获取JuA靶点,与DEGs取交集,得到IL6、ATP1A2、HSD11B1三个候选基因。
验证ATP1A2表达水平对膀胱癌细胞功能的影响。
在5637细胞中转染ATP1A2过表达质粒,在T24细胞中转染siATP1A2-1和siATP1A2-2,通过RT-qPCR和Western blot验证。
评估ATP1A2表达变化对细胞活力、凋亡及线粒体功能的影响。
通过CCK8、流式细胞术、Western blot、JC-1染色、ROS检测、透射电镜、OCR/ECAR测定等评估细胞活力和凋亡及线粒体功能。
预测JuA与ATP1A2蛋白的结合模式和亲和力。
使用AutoDock Vina进行分子对接,并用PyMOL和Discovery Studio分析结果。
验证JuA是否通过靶向ATP1A2发挥抗癌作用。
用不同浓度JuA处理T24细胞,检测细胞活力和ATP1A2表达;并用JuA(50 μmol/L)处理后再转染ATP1A2过表达质粒,检测细胞活力和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Wuhan Pricella Biotechnology Co., Ltd. | PM150210B |
| 药物处理 | 酸枣仁皂苷A | MedChemExpress | HY-N0659 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668500 |
| CCK8实验 | CCK8溶液 | -- | -- |
| 流式细胞术(ROS检测) | ROS检测试剂盒 | Beyotime Biotech Inc. | S0033S |
| 流式细胞术(凋亡检测) | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime Biotech Inc. | C1062L |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜(Talos F200X G2) | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ATP含量测定 | ATP荧光定量检测试剂盒 | COIBO BIO | CB11233-Hu |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒 | Beyotime Biotech Inc. | C2003S |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | R1100 |
| 逆转录试剂盒 | TaKaRa Biotechnology Co., Ltd. | RR037B | |
| SYBR Green荧光定量PCR试剂盒 | TaKaRa Biotechnology Co., Ltd. | RR066B | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | P0398L | |
| ECL化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | P0018AS | |
| OCR/ECAR检测 | XF DMEM基础培养基 | Agilent | 103575-100 |
| 线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 | |
| 糖酵解速率检测试剂盒 | Agilent | 103344-100 | |
| 分子对接 | AutoDockTools 1.5.6 | -- | -- |
| PyMOL 2.6.1 | -- | -- | |
| Discovery Studio 2021 | -- | -- | |
| ChemBio3D 14.0 | -- | -- | |
| 仪器 | 细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | A49866 |
| 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | VLBLATGD2 | |
| 流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | A24858 | |
| 荧光显微镜 | Thermo Fisher Scientific | AMF5000 | |
| 分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | 840-317500 | |
| 化学发光成像仪 | Thermo Fisher Scientific | A44241CFR | |
| Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据筛选 | GSE133624数据集病例与对照样本比例36:29;DEGs筛选标准|logFC|>1且P<0.05;JuA靶点来源数据库ETCM;TCGA-BLCA生存分析阈值P<0.05 阅读提示:Methods: Data grouping; Differential mRNA expression analysis; Screening of key target genes |
| 细胞培养 | 正常膀胱上皮细胞系SV-HUC-1和膀胱癌细胞系UMUC3、5637、RT4、T24、J82;培养条件:高糖DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素,37°C,5%CO2;细胞系购自武汉普诺赛,STR认证 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 细胞转染 | 5637和T24细胞密度1×10^5细胞/孔(6孔板);转染试剂为Lipofectamine 3000;过表达质粒或siRNA转染4小时后更换培养基,继续培养48小时;siRNA序列和质粒信息见表S1 阅读提示:Methods: Cell transfection and grouping |
| JuA处理 | JuA浓度:6.125、12.5、25、50、100 μmol/L;处理时间48小时;溶剂对照未明确 阅读提示:Methods: Cell grouping; Figure 6C-D |
| 功能检测 | CCK8检测细胞密度3000细胞/孔,孵育3小时;JC-1染色后37°C孵育30分钟;ROS探针DCFH-DA终浓度4 μmol/L,孵育30分钟;凋亡检测Annexin V-FITC/PI染色15分钟 阅读提示:Methods: CCK8 assay; Flow cytometry; Mitochondrial membrane potential detection |
| 能量代谢检测 | OCR和ECAR使用Seahorse XFe96分析仪,使用Mito Stress Test Kit和Glycolysis Rate Assay Kit;检测培养基为XF DMEM Basal Medium 阅读提示:Methods: Measurement of extracellular acidification rate and oxygen consumption rate |