生物信息学靶点筛选
鉴定FZYAF治疗PCa的核心靶点及潜在机制
利用GSE38241数据集进行差异表达分析,WGCNA构建共表达网络,两样本MR分析因果基因,取交集获得PCa-TG;通过UPLC-MS鉴定FZYAF活性成分,预测靶点并与PCa-TG取交集得到FZYAF-PCa-TG(ATF4、HMGB1、CYP1B1、DLL1);进行功能富集、免疫浸润分析和单细胞分析。
Integrated Bioinformatics and Experimental Validation Reveal Fuzheng Yi'ai Formula Induces Immunogenic Cell Death Via the PERK-eIF2α-ATF4 Pathway for Prostate Cancer Treatment.
包含体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭、ICD标志物)、体内预防性肿瘤疫苗模型、Western blot机制验证,以及生物信息学分析,多层级验证。
人前列腺癌细胞系DU145 小鼠前列腺癌细胞系RM-1 C57BL/6小鼠预防性肿瘤疫苗模型 GSE38241数据集与TCGA-PRAD队列
FZYAF含药血清浓度(1%, 5%, 10%, 15%, 20%)及处理时间(24h, 48h) PERK抑制剂GSK2606414浓度(1 μM)及处理时间(24h) 疫苗制备中细胞处理分组(对照、FZYAF、多西他赛、FZYAF+GSK2606414) 小鼠免疫方案:第0天和第7天皮下注射2×10^6细胞当量,第14天攻击8.5×10^5活RM-1细胞 体内肿瘤体积监测至第35天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定FZYAF治疗PCa的核心靶点及潜在机制
利用GSE38241数据集进行差异表达分析,WGCNA构建共表达网络,两样本MR分析因果基因,取交集获得PCa-TG;通过UPLC-MS鉴定FZYAF活性成分,预测靶点并与PCa-TG取交集得到FZYAF-PCa-TG(ATF4、HMGB1、CYP1B1、DLL1);进行功能富集、免疫浸润分析和单细胞分析。
评估FZYAF对PCa细胞增殖、迁移、侵袭的影响
使用CCK-8、EdU、克隆形成、划痕愈合和Transwell实验检测不同浓度FZYAF含药血清对DU145细胞活力、增殖、迁移和侵袭的影响。
评估FZYAF是否诱导PCa细胞发生ICD
通过流式细胞术检测CRT暴露,ELISA检测HMGB1释放,发光法检测ATP释放。
验证FZYAF对核心靶点蛋白表达的影响
使用Western blot检测FZYAF处理后DU145细胞中ATF4、HMGB1、CYP1B1、DLL1的蛋白表达水平。
评估FZYAF诱导的ICD是否激发保护性抗肿瘤免疫
制备FZYAF处理的RM-1细胞疫苗,免疫C57BL/6小鼠,随后攻击活RM-1细胞,监测肿瘤生长。
评估FZYAF疫苗对肿瘤浸润免疫细胞的影响
通过流式细胞术分析肿瘤浸润淋巴细胞中CD80+树突状细胞比例和IFN-γ+CD8+ T细胞、IFN-γ+CD4+ T细胞比例。
验证FZYAF在体内诱导ICD及激活PERK通路
通过免疫荧光检测肿瘤组织CRT暴露和HMGB1释放,ELISA检测HMGB1和ATP水平,Western blot检测PERK、p-eIF2α、ATF4、CHOP表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8细胞活力检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0038 |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick™ EdU-488细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0071S |
| ATP释放检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0026B |
| HMGB1释放检测 | HMGB1 ELISA试剂盒 | Beyotime Biotechnology | PH406 |
| 药物处理 | 多西他赛 | Beyotime Biotechnology | SC0155-5 mg |
| GSK2606414 | Wuhan Sanying Biotechnology | 1337531-36-8 | |
| Western blot | 抗CYP1B1抗体 | Affinity Biosciences | DF4742 |
| 抗DLL1抗体 | Affinity Biosciences | DF12945 | |
| 抗PERK抗体 | Affinity Biosciences | AF5304 | |
| 抗磷酸化eIF2α抗体 | Affinity Biosciences | AF3087 | |
| 抗CHOP抗体 | Affinity Biosciences | BF8018 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Affinity Biosciences | AF7018 | |
| 抗HMGB1抗体 | Affinity Biosciences | AF7020 | |
| 抗ATF4抗体 | Affinity Biosciences | DF6008 | |
| CRT暴露检测 | 抗CRT抗体 | Abcam | ab2907 |
| Western blot | HRP标记亲和纯化山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech Group | SA00001-2 |
| HRP标记亲和纯化山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech Group | SA00001-1 | |
| 流式细胞术 | CoraLite488标记山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech Group | SA00013-1 |
| CoraLite488标记山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech Group | SA00013-2 | |
| UPLC-MS分析 | ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Roche | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| ECL化学发光试剂盒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:DU145和RM-1;培养基:DMEM+10% FBS+1%青链霉素;培养条件:37°C, 5% CO2 阅读提示:Methods - Cell Culture 和 Experimental Animals and Cell Line |
| FZYAF含药血清制备 | 给药剂量:33.69 g/kg/day(大鼠),连续7天;对照组给予等量蒸馏水;血清灭活条件:56°C 30 min 阅读提示:Methods - Preparation of FZYAF Aqueous Solution and Drug-Containing Serum |
| 体外药物处理 | FZYAF含药血清浓度:1%, 5%, 10%, 15%, 20%;处理时间:24h, 48h;阳性对照:多西他赛10 μM 阅读提示:Methods - Cell Viability Assay, EdU Proliferation Assay, etc. |
| ICD标志物检测 | CRT暴露:处理后12h,1×10^6 cells/样本;HMGB1释放:处理后24h,ELISA;ATP释放:处理后24h,发光法 阅读提示:Methods - CRT Exposure Detection, HMGB1 Release Detection, ATP Release Detection |
| 体内疫苗实验 | 小鼠品系:C57BL/6,雄性,6-8周龄;疫苗制备:RM-1细胞处理(FZYAF 20%, GSK2606414 1 μM)24h;免疫方案:第0、7天皮下注射2×10^6细胞当量,第14天攻击8.5×10^5活细胞;监测至第35天 阅读提示:Methods - Drug and Vaccine Preparation, Grouping and Immunization Protocol |