临床样本分析与菌群测序
比较SLE和NPSLE患者肠道菌群及代谢物差异,探索与疾病关联的微生物
收集SLE和NPSLE患者粪便和脑脊液标本,进行16S rRNA扩增子测序和UPLC-MS检测IAA浓度,分析菌群组成与炎症因子的相关性。
Gut metabolite indole-3-acetic acid aggravates neuropsychiatric lupus via the AHR/STAT3 pathway in microglia.
研究包含临床样本分析、FMT小鼠模型、体外BV2细胞实验、体内药理干预等多层级验证,明确功能验证和机制验证。
MRL/lpr小鼠 C57BL/6J小鼠 BV2小胶质细胞系 SLE/NPSLE患者粪便样本
L. reuteri灌胃剂量200 μL/天,持续4周或6周 IAA灌胃剂量100 mg/kg/天,持续6周 AHR抑制剂CH223191腹腔注射剂量100 μg/天,持续6周 FMT实验中抗生素预处理 cocktail(氨苄西林1 mg/mL、新霉素1 mg/mL、万古霉素0.5 mg/mL、甲硝唑1 mg/mL)饮用水1周 动物分组包含对照组、L. reuteri处理组、IAA处理组、CH223191处理组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较SLE和NPSLE患者肠道菌群及代谢物差异,探索与疾病关联的微生物
收集SLE和NPSLE患者粪便和脑脊液标本,进行16S rRNA扩增子测序和UPLC-MS检测IAA浓度,分析菌群组成与炎症因子的相关性。
评估NPSLE患者肠道菌群是否能在健康小鼠中诱导脑损伤表型
用抗生素清除C57BL/6J小鼠肠道菌群后,每日灌胃NPSLE或SLE患者粪便悬液,4周后进行行为学测试及脑组织分析。
验证罗伊氏乳杆菌单独处理是否加重狼疮小鼠的神经精神症状
对MRL/lpr小鼠每日灌胃L. reuteri或PBS,6周后进行行为学测试,并检测小胶质细胞活化、炎症因子表达及血脑屏障完整性。
验证代谢物IAA单独处理是否足以诱导NPSLE样表型
对MRL/lpr小鼠每日灌胃IAA或溶剂对照,6周后进行行为学测试,并检测小胶质细胞活化、炎症因子表达、BBB完整性和肠道屏障。
阐明IAA是否通过AHR/STAT3通路激活小胶质细胞
用IAA和/或AHR抑制剂CH223191处理BV2小胶质细胞,检测AHR表达、STAT3磷酸化及炎症因子mRNA水平。
验证抑制AHR是否能减轻狼疮小鼠的脑损伤和NPSLE表现
对MRL/lpr小鼠腹腔注射AHR抑制剂CH223191或溶剂对照,6周后评估小胶质细胞活化、炎症因子水平、BBB完整性和行为学改善。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养 | MRS培养基 | -- | -- |
| LB培养基 | -- | -- | |
| 动物造模 | MRL/lpr小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
| MRL/MpJ小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | -- | |
| C57BL/6J小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | -- | |
| 菌株来源 | 罗伊氏乳杆菌(CICC 6119) | China Industrial Microbial Strain Collection and Management Center | -- |
| 大肠杆菌(CICC 10899) | China Industrial Microbial Strain Collection and Management Center | -- | |
| 药物处理 | 吲哚-3-乙酸 | Sigma | L3750 |
| CH223191 | MedChemExpress | HY-12684 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| BV2细胞 | Pricella Biotechnology Company | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶磷酸酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| BCA试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗IBA1抗体(ab178846) | Abcam | -- | |
| 抗occludin抗体(27260-1-AP) | Proteintech Group Inc | -- | |
| 抗ZO1抗体(21773-1-AP) | Proteintech Group Inc | -- | |
| 抗白蛋白抗体(ab207327) | Abcam | -- | |
| 抗MMP9抗体(10375-2-AP) | Proteintech Group Inc | -- | |
| 抗AHR抗体(67785-1-Ig) | Proteintech Group Inc | -- | |
| 抗STAT3抗体(12640S) | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗p-STAT3抗体(9131S) | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗GAPDH抗体(60004-1-Ig) | Proteintech Group Inc | -- | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | Meimian | -- |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Meimian | -- | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Meimian | -- | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Meimian | -- | |
| TGF-β ELISA试剂盒 | Meimian | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| QuantStudio 5系统 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 抗IgG抗体(66467-1-Ig) | Proteintech Group Inc | -- |
| 抗NEUN抗体(ab177487) | Abcam | -- | |
| 抗IBA1抗体(ab178846) | Abcam | -- | |
| 抗MUC2抗体(ab272692) | Abcam | -- | |
| 抗ZO-1抗体(21773-1-AP) | Proteintech Group Inc | -- | |
| 抗occludin抗体(ab216327) | Abcam | -- | |
| 抗AHR抗体(67785-1-Ig) | Proteintech Group Inc | -- | |
| multi-rAb CoraLite® Plus 594-山羊抗兔重组二抗(H+L) | Proteintech Group Inc | RGAR004 | |
| multi-rAb CoraLite® Plus 488-山羊抗小鼠重组二抗(H+L) | Proteintech Group Inc | RGAM002 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 尼康共聚焦显微镜 | Nikon Instruments | -- | |
| ImageJ软件 | NIH | -- | |
| 病理染色 | 阿尔辛蓝染色试剂盒 | Solarbio | G1560 |
| 16S rRNA测序 | 粪便DNA提取试剂盒 | TIANGEN | -- |
| NanoDrop 2000分光光度计 | -- | -- | |
| Illumina MiSeq/NovaSeq测序平台 | Illumina | -- | |
| UPLC-MS | QTRAP 5500系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 粪便菌群移植 | FMT供体为SLE或NPSLE患者;受者为8周龄雌性C57BL/6J小鼠;抗生素预处理cocktail浓度(氨苄西林1 mg/mL、新霉素1 mg/mL、万古霉素0.5 mg/mL、甲硝唑1 mg/mL)饮水1周;灌胃频率每日200 μL,持续4周 阅读提示:Methods: Fecal microbiota transplantation; Figure 1A |
| L. reuteri处理 | L. reuteri菌株CICC 6119;培养条件MRS培养基37°C;灌胃浓度1×10⁹ CFU/mL;剂量200 μL/天;处理周期6周(行为学部分为6周,但方法部分写4周,需核对) 阅读提示:Methods: Bacterial strains; Mice and treatment; Figure 3B |
| IAA处理 | IAA(Sigma L3750)溶于植物油;剂量100 mg/kg/天;给药方式灌胃;处理周期6周;对照组为植物油溶剂 阅读提示:Methods: Mice and treatment; Figure 4E |
| AHR抑制 | CH223191(MCE HY-12684)溶于DMSO;剂量100 μg/天/只;给药方式腹腔注射;处理周期6周;对照组为PBS 阅读提示:Methods: Mice and treatment; Figure 6A |
| 行为学测试 | EPM、OFT、SPT、NOR、MWM的具体参数和流程详见方法部分 阅读提示:Methods: Behavioral tests |