细胞培养与模型建立
建立HDAC5敲低和相关突变细胞系,以研究HDAC5在PDAC中的作用。
使用PANC-1和MIA PaCa-2细胞,通过慢病毒感染建立稳定敲低,并利用CRISPR敲入构建Ku70 K287R和K287Q突变细胞系。
CK2-mediated HDAC5 shuttling regulates DNA end resection through Ku70 deacetylation.
包含细胞系、类器官、小鼠模型(KPC自发模型及异种移植)及生化实验等多层级验证,并进行了功能实验和机制验证。
PANC-1和MIA PaCa-2人胰腺导管腺癌细胞系 U2OS人骨肉瘤细胞系 患者来源胰腺癌类器官 KPC基因工程小鼠和BALB/c裸鼠移植瘤模型
HDAC5敲低或CK2抑制导致Ku70 K287高乙酰化 Ku70-K287R敲入增强HR并减少NHEJ HDAC5缺失导致PARP抑制剂敏感性增加 silmitasertib(CK2抑制剂)与olaparib联合使用增强抗肿瘤效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立HDAC5敲低和相关突变细胞系,以研究HDAC5在PDAC中的作用。
使用PANC-1和MIA PaCa-2细胞,通过慢病毒感染建立稳定敲低,并利用CRISPR敲入构建Ku70 K287R和K287Q突变细胞系。
检测HDAC5缺失是否导致PDAC细胞对PARP抑制剂敏感。
使用CCK-8、克隆形成和3D培养实验评估细胞活力。
确定HDAC5是否通过调节DSB修复途径影响基因组稳定性。
使用HR/NHEJ报告系统、IRIF检测(BRCA1、53BP1)和染色体分析。
确定HDAC5是否直接与Ku70相互作用并调控其乙酰化状态。
通过免疫沉淀、GST pull-down和质谱鉴定相互作用及乙酰化位点。
证明Ku70乙酰化状态影响其从DSB解离和末端切除。
使用qPCR检测末端切除、免疫荧光检测BrdU、RPA2、RAD51和Ku70 foci。
确定CK2是否磷酸化HDAC5并影响其DNA损伤诱导的核转位。
通过蛋白印迹、免疫荧光、磷酸化位点突变和siRNA筛选。
检测silmitasertib与olaparib联合在HDAC5正常的PDAC模型中是否增强抗肿瘤效果。
使用异种移植模型和KPC小鼠模型,评估肿瘤生长和标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141 | |
| TrypZean溶液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 化合物筛选 | Multidrop Combi分液器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 病毒包装 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 病毒筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Pierce Biotechnology | -- | |
| ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Beyotime | -- |
| GST pull-down | GST标签蛋白纯化琼脂糖磁珠 | Beyotime | -- |
| 重组人Ku70蛋白 | Abcam | -- | |
| 重组人Ku80蛋白 | Abcam | -- | |
| GST蛋白相互作用pull-down试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 基因表达分析 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| TB Green快速qPCR预混液 | Takara | -- | |
| 彗星实验 | 低熔点琼脂糖 | -- | -- |
| 染色体分析 | 秋水仙胺 | -- | -- |
| Diff-Quik染色液 | Solarbio | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | -- |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime | -- | |
| FITC标记山羊抗兔/鼠IgG | Abcam | -- | |
| DAPI染色液 | Beyotime | -- | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | -- | |
| 末端切除检测 | 4-羟基他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | -- |
| BamHI限制性内切酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | 奥拉帕尼 | Selleck | S1060 |
| 西米他赛布 | Selleck | S2248 | |
| 3D培养 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| 类器官培养 | 胶原酶XI | Sigma-Aldrich | C9407 |
| 组织芯片 | 组织芯片 | Avilabio | DC-Pan01020 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、CO2浓度、培养温度 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 药物处理 | olaparib浓度、silmitasertib浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Colony formation assay, 3D culture; Figure 6 |
| DNA损伤处理 | 照射剂量、照射后检测时间点 阅读提示:Methods: Comet assay, Karyotype analysis; Figure 2 |
| HR报告实验 | 报告质粒(pDR-GFP, pPEM1-Ad2-EGFP)、I-SceI表达、转染方法、分析时间 阅读提示:Methods: HR and NHEJ report assay; Figure 2E |
| 末端切除检测 | 4-OHT浓度、处理时间、Dsb位点 阅读提示:Methods: Detection of end resection using qPCR; Figure 4A |
| 动物模型 | 细胞植入数量、动物品系、药物给药剂量和频率、肿瘤测量时间 阅读提示:Methods: Generation of the xenograft pancreatic cancer mouse model; Figure 6 |