脂质组学筛选放射诱导的代谢改变
探究放射对结肠癌细胞脂质代谢的影响,寻找介导放射耐药的关键代谢物。
对MC38细胞照射6 Gy后,采用HPLC-MS/MS分析脂质代谢物,PCA和PLS-DA分析显示代谢谱分离,VIP分析鉴定主要差异脂质,热图显示磷脂变化,并定量LPA种类。
Inhibition of autotaxin sensitizes colon cancer to radiation by suppressing LPAR2-AKT survival signaling.
包含体外细胞实验、体内小鼠模型及临床生存分析等多个证据层级,且具备功能验证和机制验证。
MC38小鼠结肠癌细胞 HCT116人结肠癌细胞 SW480人结肠癌细胞 MC38同系小鼠皮下移植瘤模型 HCT116皮下移植瘤裸鼠模型
细胞系:MC38、HCT116、SW480 放射剂量:2、4、6 Gy,剂量率3 Gy/min HA130浓度:体外50 nM,体内2 μmol/kg瘤内注射 ATX敲低:shRNA慢病毒感染HCT116和SW480 MK-2206浓度:10 nM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究放射对结肠癌细胞脂质代谢的影响,寻找介导放射耐药的关键代谢物。
对MC38细胞照射6 Gy后,采用HPLC-MS/MS分析脂质代谢物,PCA和PLS-DA分析显示代谢谱分离,VIP分析鉴定主要差异脂质,热图显示磷脂变化,并定量LPA种类。
确定放射是否调控ATX的表达和分泌。
对MC38、HCT116和SW480细胞照射0、2、4、6 Gy后,通过RT-qPCR检测ATX mRNA,Western blot检测蛋白,ELISA检测上清中ATX和LPA浓度。
探讨ATX促进结肠癌细胞增殖的机制。
使用重组ATX处理细胞,CCK-8检测增殖;使用HA130抑制ATX、加入外源LPA进行救援;检测AKT磷酸化水平;使用MK-2206抑制AKT。
检测ATX或LPAR2敲低对放射敏感性的影响。
在HCT116和SW480细胞中敲低ATX或LPAR2,进行克隆形成实验和Western blot检测AKT磷酸化;使用HA130和H2L5186303验证药理抑制效果。
评估ATX抑制在体内对肿瘤生长和放射敏感性的影响。
建立MC38同系小鼠皮下肿瘤模型,分为Control、HA130、RT、HA130+RT组;另建立HCT116 ATX敲低裸鼠模型,分为对照和RT组;测量肿瘤体积和重量,Ki67免疫组化,免疫荧光检测ATX,ELISA检测LPA。
探究ATX-LPA通路基因表达与结肠癌患者预后的关系。
利用Kaplan-Meier plotter分析TCGA COAD队列中ENPP2、LPAR2、LIPC、LCAT、PLA2G4A、LPCAT1表达与总生存期关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | KeyGENBioTECH | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 链霉素/青霉素 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 药物处理 | HA130 | MCE | HY-19329 |
| MK-2206 | MCE | HY-108232 | |
| 重组ATX | Yeasen Biotechnology | 人:93917ES60;鼠:94546ES60 | |
| 脂质组学分析 | 氘代内标(d4-LPA 16:0, d4-LPA 18:1) | Avanti Polar Lipids | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录系统 | Vazyme Biotechnology | -- | |
| ABI PRISM 7500序列检测系统 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 凋亡检测 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Cytation 3细胞成像多功能检测仪 | BioTek | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | NCM Biotech | -- |
| 上样缓冲液 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | PALL Corporation | -- | |
| 脱脂牛奶 | VICMED | -- | |
| 抗ATX抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374222 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Abcam | ab81283 | |
| 抗总AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #9272 | |
| 抗LPAR2抗体 | Abclonal | A14819 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | A19056 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab6276 | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | -- | |
| ECL化学发光检测系统 | Thermo | -- | |
| Tanon成像系统 | Tanon | -- | |
| 基因敲低 | pMD2.G包装质粒 | -- | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| 靶向LPAR2或ATX的shRNA质粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-39926-SH, sc-44906-SH | |
| ELISA | ATX和LPA ELISA试剂盒 | CLOUD-CLONE CORP | -- |
| 动物实验 | 三溴乙醇 | -- | -- |
| X-RAD 225XL辐照仪 | PXI Company | -- | |
| 免疫组化 | 链霉亲和素-过氧化物酶试剂盒 | ZSGB-BIO | -- |
| 抗Ki67抗体 | ServiceBio | GB111499 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG抗体 | ZSGB-BIO | -- | |
| 奥林巴斯VS120成像系统 | Olympus | -- | |
| 免疫荧光 | 二抗 | VICMED | -- |
| DAPI染料 | Beyotime | -- | |
| 蔡司LSM 880共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:MC38、HCT116、SW480;培养基:DMEM,10% FBS,1%双抗;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 放射处理 | 放射剂量:0、2、4、6 Gy;剂量率:3 Gy/min;照射设备:X-RAD 225XL 阅读提示:Materials and methods, Radiation for cell |
| 药物处理 | HA130浓度:50 nM;MK-2206浓度:10 nM;重组ATX浓度:25、50、100 pg/mL 阅读提示:Materials and methods, Cell viability assessment |
| 基因敲低 | shRNA质粒靶向ATX或LPAR2;病毒包装质粒pMD2.G和psPAX2;慢病毒感染后嘌呤霉素筛选3天 阅读提示:Materials and methods, LPAR2 or ATX knockdown |
| 动物模型 | 小鼠品系:C57BL/6J和BALB/c裸鼠,7-8周龄;肿瘤细胞接种量:MC38 5×10^5;放疗剂量:6 Gy×3天;HA130剂量:2 μmol/kg瘤内注射,每周3次 阅读提示:Materials and methods, Mouse model |
| 检测分析 | Western blot抗体:anti-ATX, anti-p-AKT, anti-total-AKT, anti-LPAR2, anti-GAPDH, anti-β-actin;RT-qPCR引物见补充表S1;ELISA试剂盒用于ATX和LPA 阅读提示:Materials and methods, Western blotting, qRT-PCR, ELISA |