HERV6196作为直肠癌中具有致癌潜力的增强子

HERV6196 as an enhancer with oncogenic potential in rectal cancer.

作者信息Yi-Xiu Gan, Xin Jiang, Zhi-Yu Wang, Yi-Lin Yu, Ling-Dong Shao, Jian-Min Wang, Jun-Xin Wu

PMID41358726

期刊Microbiol Spectr

发布时间2026-01

DOI10.1128/spectrum.00788-25

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实验完整度

中

包含生物信息学分析、细胞系验证、功能实验及机制初探，但缺乏体内动物模型验证。

主要模型

直肠癌细胞系HCT116 直肠癌细胞系HT29 直肠癌细胞系SW480 正常结肠上皮细胞HCoEpiC 直肠癌患者组织样本

重点核对

HERV6196在HT29、HCT116、SW480细胞系中表达高于HCoEpiC shRNA敲低HERV6196后HCT116细胞增殖在72h、96h、120h、144h显著降低敲低HERV6196后HCT116细胞凋亡率增加(sh-HERV6196 vs sh-NC: 27.75% vs 14.08%) 敲低HERV6196后HCT116细胞迁移和侵袭能力降低双荧光素酶报告实验证实HERV6196增强子活性

摘要

结直肠癌(CRC)是最常见的恶性肿瘤之一。然而，涉及肿瘤发生和发展的调控网络仍知之甚少。人内源性逆转录病毒(HERVs)是一类转座元件，已被牵涉到多种人类癌症的发生和发展中。本研究首次对直肠癌中HERV基因转录本表达进行了全面的位点特异性分析，揭示了显著失调的HERVs。对来自三个基因表达综合数据库的数据集的分析揭示了25个上调的HERVs和7个下调的HERVs。通过逆转录定量PCR和液滴数字PCR在细胞和组织中验证了HERV6196(一种HERVH类型)的失调。此外，HERV6196促进了直肠癌细胞的增殖，抑制了凋亡，增强了集落形成能力，并增强了迁移能力。此外，HERV6196作为增强子，促进邻近基因的表达和CRC的发展。总之，目前的结果揭示HERV6196参与直肠癌的发病机制，表明失调的HERVs可能通过基因表达调控对CRC的发生和发展做出潜在贡献。

HERV差异表达分析

鉴定直肠癌组织中异常表达的HERV位点

使用ERVmap工具分析三个GEO数据集(GSE50760、GSE104836、GSE142279)的RNA-seq数据，并通过DESeq2筛选差异表达HERVs，取交集获得25个上调HERVs和7个下调HERVs。

HERV表达验证

验证HERV6196在细胞和组织中的差异表达

通过RT-qPCR检测HERV6196在直肠癌细胞系(HT29、HCT116、SW480)和正常结肠上皮细胞(HCoEpiC)中的表达，并通过ddPCR检测18对直肠癌和癌旁组织中的拷贝数。

功能表型分析

评估HERV6196对直肠癌细胞增殖、凋亡、集落形成、迁移和侵袭的影响

通过shRNA敲低HERV6196，使用CCK-8实验、流式细胞术检测细胞周期和凋亡、集落形成实验、划痕实验和Transwell侵袭实验评估细胞功能变化。

增强子功能验证

验证HERV6196是否具有增强子活性

使用GeneHancer数据库、ChIP-seq和ATAC-seq数据分析HERV6196的增强子特征，并通过双荧光素酶报告实验验证其增强子活性。

邻近基因表达分析

探究HERV6196对邻近基因表达的影响

通过相关性分析确定HERV6196与邻近基因的相关性，并使用RT-qPCR和Western blot检测敲低HERV6196后邻近基因的表达变化。

实验环节	名称	品牌	货号
数据收集	SRA数据库	--	--
GEO数据集	--	--
h	--	--

实验环节

名称

品牌

货号

数据收集

SRA数据库

GEO数据集

环节	核对要点
细胞培养	细胞系：HCT116、HT29、SW480、HCoEpiC；培养基：DMEM（Thermo Fisher Scientific）含10% FBS；培养条件：37°C、5% CO2 阅读提示：Materials and Methods, Cell lines and culture
基因敲低	使用shRNA敲低HERV6196；敲低效率需通过RT-qPCR验证阅读提示：Results, Silencing HERV6196 inhibits rectal cancer cell proliferation but promotes rectal cancer cell apoptosis; Figure 3A
细胞增殖检测	CCK-8实验：细胞接种于96孔板，检测时间点24h、48h、72h、96h、120h、144h；加入10μL CCK-8试剂孵育1-4h，测定450nm吸光度阅读提示：Materials and Methods, CCK-8 assay
细胞周期和凋亡检测	流式细胞术检测细胞周期（24h）和凋亡（48h）；凋亡检测使用Annexin V-FITC和碘化丙啶染色阅读提示：Materials and Methods, Apoptosis assay; Results, Silencing HERV6196 inhibits rectal cancer cell proliferation but promotes rectal cancer cell apoptosis
增强子活性验证	双荧光素酶报告实验：pGL4-HERV6196与pGL4-control比较，使用293T细胞，共转染pRL-TK，检测荧光素酶活性阅读提示：Materials and Methods, Dual-luciferase reporter assay

环节

核对要点

细胞培养

细胞系：HCT116、HT29、SW480、HCoEpiC；培养基：DMEM（Thermo Fisher Scientific）含10% FBS；培养条件：37°C、5% CO2

阅读提示：Materials and Methods, Cell lines and culture

基因敲低

使用shRNA敲低HERV6196；敲低效率需通过RT-qPCR验证

阅读提示：Results, Silencing HERV6196 inhibits rectal cancer cell proliferation but promotes rectal cancer cell apoptosis; Figure 3A

细胞增殖检测

CCK-8实验：细胞接种于96孔板，检测时间点24h、48h、72h、96h、120h、144h；加入10μL CCK-8试剂孵育1-4h，测定450nm吸光度

阅读提示：Materials and Methods, CCK-8 assay

细胞周期和凋亡检测

流式细胞术检测细胞周期（24h）和凋亡（48h）；凋亡检测使用Annexin V-FITC和碘化丙啶染色

阅读提示：Materials and Methods, Apoptosis assay; Results, Silencing HERV6196 inhibits rectal cancer cell proliferation but promotes rectal cancer cell apoptosis

增强子活性验证

双荧光素酶报告实验：pGL4-HERV6196与pGL4-control比较，使用293T细胞，共转染pRL-TK，检测荧光素酶活性

阅读提示：Materials and Methods, Dual-luciferase reporter assay

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