临床数据表达和预后分析
评估ABI2在多种血液恶性肿瘤中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用TCGA和TARGET数据库分析ABI2 mRNA表达,比较HL、MM、AML、MDS、ALL、CML、CLL患者与正常对照的表达差异,并进行Kaplan-Meier生存分析。
Arsenic Sulfide Induces Apoptosis in Myelodysplastic Neoplasm Cells Through the Suppression of ABI2.
包括体外细胞实验(siRNA敲低、CCK-8、凋亡检测、Western blot)、体内动物实验(NHD13小鼠)、分子结合验证(CETSA、分子对接)及临床数据分析(TCGA/TARGET)。
SKM-1细胞系(MDS) K562细胞系(慢性髓系白血病) MDS-L细胞系(MDS) NHD13小鼠(MDS模型)
细胞系:SKM-1、K562、MDS-L(来源:Procell、NTCC) siRNA靶向ABI2(siRNA-ABI2-1购自Thermo Fisher,siRNA-ABI2-2购自GenePharma) As₂S₂浓度和处理时间(细胞实验未明确浓度,体内剂量120 mg/kg/天,持续14天) NHD13小鼠及WT对照(每组5只,5月龄) 统计显著性阈值:P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ABI2在多种血液恶性肿瘤中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用TCGA和TARGET数据库分析ABI2 mRNA表达,比较HL、MM、AML、MDS、ALL、CML、CLL患者与正常对照的表达差异,并进行Kaplan-Meier生存分析。
确定ABI2对MDS和白血病细胞存活、增殖和凋亡的影响。
在SKM-1、K562和MDS-L细胞中通过siRNA敲低ABI2,检测细胞活力(CCK-8)、增殖和凋亡率(Annexin V-FITC/PI),并通过Western blot检测干细胞标志物(KLF4、MEOX2、NANOG)和凋亡相关蛋白(caspase-3、cleaved caspase-3、BCL-2)。
评估As₂S₂对MDS和白血病细胞活力和凋亡的影响及其浓度依赖性。
用不同浓度As₂S₂处理SKM-1、K562和MDS-L细胞,检测细胞活力和凋亡率,并检测相关蛋白表达。
确定As₂S₂对细胞活力和凋亡的影响是否依赖于ABI2。
先用siRNA-ABI2敲低ABI2,再给予As₂S₂处理,比较细胞活力、凋亡率和蛋白表达变化。
评估As₂S₂在NHD13小鼠模型中的治疗效果及其对ABI2表达的影响。
对NHD13小鼠给予As₂S₂(120 mg/kg/天)或对照处理14天,检测外周血细胞计数、骨髓凋亡(TUNEL)和ABI2表达(IHC)。
验证As₂S₂是否直接与ABI2结合及其结合位点。
进行CETSA实验检测As₂S₂对ABI2热稳定性的影响,并通过分子对接分析结合位点和结合能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256701 | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| IMDM培养基 | Gibco | 11995065 | |
| DMEM培养基 | Gibco | 11965092 | |
| 白细胞介素-3 | -- | -- | |
| siRNA转染 | 靶向ABI2-1的siRNA | Thermo Fisher Scientific | 4392420 |
| 靶向ABI2-2的siRNA | GenePharma | -- | |
| Lipo3000转染试剂 | Gibco | L3000001 | |
| 药物处理 | 硫化砷 | Alfa Aesar | 12044-79-0 |
| 细胞活力检测 | 增强型CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0042 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Biyotime | C1062L |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Biyotime | P0010 |
| ABI2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| KLF4抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| MEOX2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| NANOG抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| BCL-2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 外周血分析 | 血液分析仪 | Sysmex | -- |
| TUNEL检测 | TUNEL检测试剂盒 | Biyotime | C1091 |
| 显微镜 | Olympus | -- | |
| 免疫组织化学 | ABI2抗体 | Thermo Fisher | PA5-64445 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:SKM-1、K562、MEG-01、HS-5购自Procell,MDS-L购自NTCC;培养基:RPMI-1640、IMDM、DMEM;添加剂:10% FBS、青霉素/链霉素、IL-3(MDS-L);培养条件:37°C、5% CO₂。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Culture |
| siRNA转染 | siRNA靶序列:ABI2-1 (Thermo Fisher, Cat#4392420, siRNA ID s19769);ABI2-2序列为GCGAGAACAACTACATACAGTCA;转染试剂Lipo3000。 阅读提示:Materials and Methods, SiRNA Transfection |
| 药物处理 | As₂S₂制备:溶解于20% NaOH,超声过夜,调pH至7.0;体外实验浓度和时间(文中未明确说明具体数值);体内剂量:120 mg/kg/天,持续14天。 阅读提示:Materials and Methods, As2S2 Preparation; Mouse Administration; Results Fig. 3 |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度:106 cells/well(96孔板);CCK-8试剂,孵育2小时,OD 450 nm。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Viability Assay |
| 凋亡检测 | 细胞数:1×10⁶ cells;Annexin V-FITC和PI染色,室温避光15分钟,1小时内流式检测。 阅读提示:Materials and Methods, Apoptosis Assay |
| Western blot | 蛋白提取:细胞裂解液;BCA定量;上样缓冲液比例4:1,100°C变性5分钟;一抗4°C过夜;二抗室温1小时;ECL显色。 阅读提示:Materials and Methods, Western Blot Assay |
| 动物实验 | 小鼠品系:NUP98-HOXD13 (NHD13) 和WT;年龄5月龄;分组:WT阴性对照组(5只)、NHD13阳性对照组(5只)、As₂S₂处理组(5只);给药剂量和时长:120 mg/kg/天,14天。 阅读提示:Materials and Methods, Mouse Administration |
| 外周血分析 | 采血量:100 µL,尾静脉;血分析仪(Sysmex)检测RBC、HGB、PLT。 阅读提示:Materials and Methods, Peripheral Blood Analysis |
| TUNEL检测 | 股骨固定、EDTA脱钙、石蜡包埋;抗原修复、透化;TUNEL染色;显微镜观察。 阅读提示:Materials and Methods, TUNEL Assay |
| 免疫组织化学 | 股骨固定于4%多聚甲醛;EDTA脱钙;一抗:anti-ABI2 (Thermo Fisher, PA5-64445);4°C孵育过夜;DAB显色。 阅读提示:Materials and Methods, Immunohistochemistry |