网络药理学靶点筛选
筛选法尔列罗治疗结直肠癌的潜在靶点和信号通路
从PubChem获取法尔列罗结构,利用SwissTargetPrediction和TargetNet预测靶点,并通过UniProt基因名标准化;从GeneCards和GEO数据集GSE44076获取CRC相关基因,取交集获得103个共同靶点,构建PPI网络,通过Cytoscape CytoHubba筛选12个核心靶点。
Farrerol inhibits proliferation and migration of colorectal cancer via the VEGF signaling pathway: evidence from network pharmacology, molecular docking, molecular dynamics simulation, and in vitro experiments.
研究结合网络药理学、分子对接、分子动力学模拟及体外实验(CCK-8、划痕、流式、Western blot)等多个层次,但未进行体内动物实验验证。
HCT116人结直肠癌细胞系 GSE44076数据集
法尔列罗处理浓度:40 μmol/L和80 μmol/L 处理时间:24 h和48 h 细胞系:HCT116 CCK-8实验的细胞密度:1*10^4细胞/孔 划痕实验在无血清条件下进行
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选法尔列罗治疗结直肠癌的潜在靶点和信号通路
从PubChem获取法尔列罗结构,利用SwissTargetPrediction和TargetNet预测靶点,并通过UniProt基因名标准化;从GeneCards和GEO数据集GSE44076获取CRC相关基因,取交集获得103个共同靶点,构建PPI网络,通过Cytoscape CytoHubba筛选12个核心靶点。
分析潜在靶点的生物学功能和通路富集情况,以确定关键通路
使用DAVID对103个共同靶点进行GO和KEGG富集分析,选择p值最小的10个GO项和20条KEGG通路进行可视化。
评估法尔列罗与核心靶点及VEGF信号通路关键靶点的结合能力
从PubChem获取法尔列罗SDF,用Chem3D优化,AutoDockTools准备,AutoDock Vina进行对接。对12个核心靶点及VEGFA和KDR进行分子对接,计算结合能。
进一步验证法尔列罗与VEGFA和KDR结合的稳定性
使用Gromacs 2022.2对KDR-法尔列罗和VEGFA-法尔列罗复合物进行100 ns的分子动力学模拟,计算RMSD、RMSF、Rg、SASA和氢键,并使用MM/PBSA计算结合自由能。
验证法尔列罗对结直肠癌细胞增殖和迁移的影响
使用CCK-8法测定不同浓度法尔列罗处理后HCT116细胞的活力,计算IC50;使用划痕实验评估迁移能力。
验证法尔列罗对结直肠癌细胞周期分布的影响
使用流式细胞术检测法尔列罗处理后HCT116细胞的细胞周期分布,分析G0/G1、S、G2/M期比例。
验证法尔列罗对VEGF信号通路关键蛋白表达的影响
提取处理后的HCT116细胞总蛋白,通过Western blot检测VEGFA、VEGFR2和p-VEGFR2的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Excell | FSP500 |
| 1640培养基 | iCell Bioscience Inc. | iCell-0012 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | G4202 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | G4103 |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | CA1020 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Wuhan Kebei Technology Co., Ltd. | CBW0020 |
| SDS-PAGE凝胶制备试剂盒 | Wuhan Kebei Technology Co., Ltd. | CBW0001-CBW0010 | |
| 药物处理 | 法尔列罗 | Wuhan Kebei Technology Co., Ltd. | CB-0158 |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 60004-1-Ig |
| VEGFA抗体 | Cell Signaling Technology | 2478 | |
| VEGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 2479 | |
| p-VEGFR2抗体 | Cell Signaling Technology | 50661 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HCT116;培养基:1640培养基;血清:10%胎牛血清;培养条件:37°C, 5% CO2 阅读提示:Materials and methods 2.11 Cell culture and treatment |
| CCK-8实验 | 细胞接种密度:1*10^4细胞/孔,100 μL培养基;法尔列罗浓度范围:0-160 μmol/L(2倍稀释);处理时间:24和48 h;CCK-8孵育时间:1 h;检测波长:450 nm 阅读提示:Materials and methods 2.12 Cell counting Kit-8 (CCK-8) assay |
| 划痕实验 | 细胞接种密度:5*10^5细胞/mL(6孔板);处理浓度:40和80 μmol/L;时间点:0、12、24 h;无血清培养基,未添加丝裂霉素C 阅读提示:Materials and methods 2.13 Wound healing assay |
| 流式细胞术 | 细胞接种密度:5*10^6细胞/孔(6孔板);处理时间:24和48 h;固定:70%乙醇;染色:50 μg/mL碘化丙啶;事件数:10000/样本 阅读提示:Materials and methods 2.14 Flow cytometry |
| Western blot | 处理浓度:40和80 μmol/L;处理时间:24 h;抗体:VEGFA (#2478), VEGFR2 (#2479), p-VEGFR2 (#50661), GAPDH (60004-1-Ig) 阅读提示:Materials and methods 2.15 Western blot |