AI靶点筛选
利用PandaOmics优先排序HCC和细胞衰老相关靶点
收集11个HCC转录组和甲基化数据集，进行PandaOmics分析，筛选出高置信度和新型候选靶点。
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AI辅助识别肝细胞癌和细胞衰老中的双重用途治疗靶点PRPF19和MAPK9
AI-aided identification of dual-purpose therapeutic targets PRPF19 and MAPK9 in hepatocellular carcinoma and cellular senescence.
实验完整度
高包含AI靶点筛选、体外细胞增殖和衰老模型验证、RNA-seq及功能实验，有明确的机制验证及多层级证据。
主要模型
LX-2肝星状细胞衰老模型 SK-HEP-1和Huh-1肝癌细胞系 HCC患者转录组和甲基化数据集
重点核对
LX-2细胞用25 nM阿霉素处理72小时诱导衰老 siRNA浓度为10 nM，转染使用Lipofectamine RNAiMAX HCC细胞增殖检测时间点：0、3、5、7天 集落形成实验：800细胞/孔，培养10天 用SA-β-Gal染色评估衰老，使用ArrayScan高内涵系统
摘要
肝细胞癌（HCC）是最常见和恶性的原发性肝癌形式之一，治疗选择有限且预后不良。细胞衰老促进慢性肝病的进展，同时创造支持肿瘤生长的微环境。本研究旨在识别用于HCC治疗和细胞衰老干预的双重用途治疗靶点，可能带来更有效的治疗策略。利用AI驱动的靶点发现平台PandaOmics，我们优先排序了27个高置信度和8个新的可能参与细胞衰老的HCC靶点。实验验证证实，在HCC细胞中敲低pre-mRNA-processing factor 19 (PRPF19)或mitogen-activated protein kinase 9 (MAPK9)可显著降低细胞增殖。此外，在用阿霉素处理的肝星状细胞中抑制PRPF19或MAPK9导致细胞衰老显著减少。这些发现强调了PRPF19和MAPK9在HCC细胞增殖和细胞衰老中的关键作用，表明它们是有前景的新型双重用途治疗靶点，用于HCC治疗和减轻衰老相关病理。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- 识别同时参与肝细胞癌（HCC）和细胞衰老的双重用途治疗靶点。
- 核心机制
- PRPF19和MAPK9的敲低抑制HCC细胞增殖，并减少肝星状细胞衰老，可能通过调节SASP因子和细胞周期通路。
- 主要证据
- PandaOmics筛选出27个高置信度和8个新型靶点；体外实验显示敲低PRPF19或MAPK9显著减少HCC细胞增殖和衰老细胞数量。
- 研究意义
- PRPF19和MAPK9作为双重用途靶点，为HCC治疗和缓解衰老相关病理提供新策略。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
体外衰老模型验证
评估候选基因敲低对肝星状细胞衰老的影响
用阿霉素诱导LX-2细胞衰老，通过siRNA敲低候选基因，进行SA-β-Gal染色。
HCC细胞增殖验证
评估候选基因敲低对HCC细胞增殖的影响
使用SK-HEP-1和Huh-1细胞，进行CTG增殖检测、集落形成实验和Ki67染色。
转录组分析
验证PRPF19敲低对SASP因子的影响
对衰老LX-2细胞进行RNA-seq，分析差异表达基因和通路。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
验证样本或模型特征
验证分子表达变化
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | A5669701 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| MEM培养基 | Procell | PM150411 | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | 11140050 | |
| 药物处理 | ABT-263 | MedChemExpress (MCE) | HY-10087 |
| 阿霉素 | MCE | HY-15142A | |
| 细胞培养 | 杜氏磷酸盐缓冲液 | ThermoFisher | 14190144 |
| 衰老检测 | SA-β-gal染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| 细胞核染色 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| 高内涵分析 | ArrayScan高内涵筛选系统 | Thermo Fisher Scientific | CX7 LZR |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX试剂盒 | ThermoFisher | 13778150 |
| siRNA | GENScript | -- | |
| RNA提取 | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| cDNA合成 | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R312-01 |
| RT-qPCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q321-03 |
| LightCycler 480 | Roche | -- | |
| 集落形成 | 结晶紫 | -- | -- |
| Biosystem Azure系统 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | 7573 |
| Envision多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| 免疫荧光 | 免疫荧光封闭缓冲液 | Cell Signaling Technology | 12411S |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| Alexa Fluor 555二抗 | Abcam | ab150078 | |
| RNA-seq | 磁珠法组织/细胞/血液总RNA提取试剂盒 | TIANGEN | DP761 |
| Agilent 5400生物分析仪 | Agilent | -- | |
| KAPA mRNA HyperPrep试剂盒 | Roche | KR1352 | |
| Illumina NovaSeq6000 | Illumina | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 衰老模型建立 | LX-2细胞用25 nM阿霉素处理72小时；评估SA-β-Gal阳性细胞比例。 阅读提示：方法-阿霉素诱导衰老模型 |
| siRNA转染 | siRNA浓度10 nM；转染试剂Lipofectamine RNAiMAX；转染时长3天或7天。 阅读提示：方法-siRNA敲低 |
| HCC增殖检测 | 细胞系SK-HEP-1和Huh-1；CTG检测时间点0、3、5、7天；集落形成800细胞/孔，10天。 阅读提示：方法-细胞活力测定、集落形成实验 |
| 衰老细胞评估 | SA-β-Gal染色试剂盒（Beyotime）；使用ArrayScan高内涵系统量化。 阅读提示：方法-衰老相关β-半乳糖苷酶染色 |
| RNA-seq | LX-2细胞经Dox+siNC或siPRPF19处理72小时；RNA提取试剂盒；建库试剂盒；测序平台。 阅读提示：方法-RNA测序样本制备 |