人肿瘤数据集分析
探究IFNAR1在肿瘤微环境中的表达分布。
分析公共scRNA-seq数据集(结直肠癌和乳腺癌),评估IFNAR1在免疫细胞特别是髓系细胞中的表达。
IFNβ-pSTAT1-IRF1 axis controls colorectal tumor development through induction of immunogenic Ly6C+myeloid cells.
研究包含体外细胞实验、人PBMCs实验、体内CT26和MC38肿瘤模型、ChIP-qPCR机制验证及Ly6C中和抗体回补实验,具有多层级验证。
CT26结直肠癌小鼠模型 MC38结直肠癌小鼠模型 人PBMCs RAW264.7细胞系
IFNβ处理浓度:小鼠IFNβ 100 ng/mL,人IFNβ 100 ng/mL IFNBCOL01给药剂量:25 μg DNA/只或15 μg DNA/只,每3天一次,共4次 Ly6C中和抗体剂量:200 μg/只,腹腔注射 肿瘤接种细胞数:CT26和MC38为2.5×10^5,MC38-OVA-T为1×10^7 T细胞增殖共培养时间:4天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究IFNAR1在肿瘤微环境中的表达分布。
分析公共scRNA-seq数据集(结直肠癌和乳腺癌),评估IFNAR1在免疫细胞特别是髓系细胞中的表达。
验证IFNβ能否诱导髓系细胞向Ly6C+亚群分化。
使用RAW264.7和J774M细胞系,通过内源性过表达cuomIFNβ或外源性mIFNβ处理,流式检测Ly6C+细胞比例。
验证IFNβ对人单核细胞分化和抗原呈递功能的影响。
分离人PBMCs,在IL-2或anti-CD3刺激下加入hIFNβ,检测CD14+CD33+细胞比例,并与T细胞共培养评估增殖。
验证IFNβ过表达对肿瘤生长和髓系细胞分化的影响。
建立CT26和MC38皮下肿瘤模型,静脉注射IFNBCOL01,测量肿瘤体积和重量,并分析肿瘤浸润髓系细胞。
阐明IFNβ诱导Ly6C表达的具体分子机制。
通过Western blot检测STATs磷酸化,qPCR检测IRFs表达,ChIP-qPCR验证pSTAT1结合irf1启动子和IRF1结合Ly6C1启动子。
验证IFNβ的抗肿瘤效应是否依赖于Ly6C+髓系细胞。
在CT26荷瘤小鼠中,联合使用抗Ly6C抗体和IFNBCOL01,观察肿瘤生长、NOS2表达和T细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Pricella | PM150110 |
| DMEM培养基 | Pricella | PM150210 | |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210 | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | P1400-10 | |
| 细胞因子处理 | 重组小鼠GM-CSF | Solarbio | P00195 |
| 小鼠IFNβ重组蛋白 | Cloud Clone | EPA222Mu61 | |
| 人IFNβ | Cloud Clone | APA222Hu01 | |
| 人白细胞介素-2 | Cloud Clone | APA073Hu61 | |
| 细胞处理 | 抗人CD3抗体 | BioLegend | 317302 |
| 细胞分离 | 人外周血淋巴细胞分离液 | Solabrio | P8610 |
| 细胞处理 | 氟达拉滨 | -- | -- |
| 细胞培养 | Opti-MEM培养基 | -- | -- |
| 转染 | Lipomaster 2000转染试剂 | Vazyme | T201-01 |
| 细胞筛选 | G418 | Biosharp | BS111 |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Biosharp | BL628A |
| 组织消化 | 胶原酶 | Biosharp | BS163-1 |
| 透明质酸酶 | Biosharp | BS171 | |
| DNA酶I | Solabrio | D8071 | |
| 细胞分离 | 70 µm细胞筛网 | Sofa | 251200 |
| 小鼠CD11b分选试剂盒 | BioLegend | 480110 | |
| T细胞分选 | MojoSort™小鼠CD3 T细胞分选试剂盒 | BioLegend | 480031 |
| MojoSort™人CD3 T细胞分选试剂盒 | BioLegend | 480131 | |
| 细胞增殖检测 | CFSE染料 | Solarbio | IC2560 |
| 基因表达分析 | TriQuick RNA提取试剂 | Solarbio | R1100 |
| HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R312 | |
| Taq Pro通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q712 | |
| 2×Rapid Taq预混液 | Vazyme | P222-01 | |
| 蛋白分析 | Bradford蛋白定量试剂盒 | Meilunbio | MA0079 |
| 流式细胞术 | 固定/破膜试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Merck | 17-295 |
| 甲醛 | Macklin | F809702 | |
| 体内实验 | 抗小鼠Ly6C抗体 | BioXcell | BE0203 |
| 大鼠IgG2a同型对照 | Selleck | A2123 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞实验 | 细胞系类型、IFNβ浓度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture; Results: IFNβ promotes the differentiation of myeloid cells to Ly6C+ subset |
| 人PBMCs实验 | PBMCs来源、刺激条件(IL-2或anti-CD3)、hIFNβ浓度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods: Human specimens; Results: IFNβ promotes the differentiation of myeloid cells to Ly6C+ subset |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系、肿瘤细胞系及接种数量、IFNBCOL01给药剂量和频率、处理时间点 阅读提示:Materials and Methods: In vivo tumor mouse models; Results: IFNβ promotes Ly6C+ myeloid cells differentiation in vivo |
| 机制验证 | 细胞类型、处理方式(过表达或外源IFNβ)、ChIP抗体和引物覆盖区域 阅读提示:Materials and Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay; Results: IFNβ elevates Ly6C expression through pSTAT1-IRF1 axis |
| Ly6C中和实验 | 抗体克隆、剂量、给药途径、IFNBCOL01剂量 阅读提示:Materials and Methods: In vivo tumor mouse models; Results: The IFNβ-Ly6C axis exerts antitumor activity |