SLC25A39被鉴定为通过线粒体ROS-细胞色素c-半胱天冬酶信号轴调控肝细胞癌进展的关键调控因子

SLC25A39 identified as a key regulator of hepatocellular carcinoma progression through the mitochondrial ROS-cytochrome c-caspase signaling axis.

作者信息Manqiu Yuan, Meng Du, Jiachi Yu, Jinyang Wang, Tian Xia, Qi Shen, Chengbin Wang, Ruibing Li
PMID41430562
发布时间2025-12-22
DOI10.1186/s11658-025-00829-0

实验完整度

高

包括多组学分析(单细胞测序、空间转录组)、体外功能实验(增殖、迁移、侵袭、凋亡)、体内异种移植模型及蛋白质组学和线粒体功能验证。

主要模型

Huh7细胞 Hep3B细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型

重点核对

SLC25A39敲低效率验证(Western blot和RT-qPCR) Huh7和Hep3B细胞系 siRNA和shRNA序列 BALB/c裸鼠(5周龄)及皮下注射细胞数(2×10^6) mitoTEMPO浓度(Huh7为100 μM,Hep3B为200 μM)

摘要

肝细胞癌(HCC)仍然是全球癌症相关死亡的主要原因,强调了对新型诊断和治疗靶点的迫切需求。尽管线粒体载体(MCs)在肿瘤代谢中发挥关键作用,但它们对HCC发病机制的具体贡献知之甚少。通过利用多组学分析,包括单细胞测序和空间转录组学,SLC25A39被鉴定为HCC中的关键线粒体载体。为了评估其诊断潜力,在多个回顾性独立队列中构建了受试者工作特征(ROC)曲线。在体外(细胞增殖、Transwell迁移和侵袭以及细胞凋亡测定)和体内(异种移植实验)进行了SLC25A39敲低的HCC细胞系的功能实验。为了更深入的机制见解,我们采用了蛋白质组学分析和线粒体功能测定。此外,使用线粒体靶向抗氧化剂(2-氧代-2-((2,2,6,6-四甲基-1-氧基-哌啶-4-基)氨基)乙基)三苯基氯化膦(mitoTEMPO)来逆转观察到的表型。SLC25A39在HCC组织中显著过表达,特别是在晚期肿瘤中,并表现出强大的诊断准确性(各队列中曲线下面积(AUC)> 0.900)。SLC25A39的缺失显著降低了HCC细胞的增殖、迁移和侵袭能力,触发caspase-9/3依赖性凋亡。与体外发现一致,异种移植模型显示SLC25A39抑制后肿瘤生长受损。机制上,SLC25A39缺失诱导线粒体功能障碍,其特征是过量的线粒体活性氧(ROS)、膜电位降低、三磷酸腺苷(ATP)合成减少、异常的线粒体通透性转换孔(mPTP)开放和细胞色素c释放。值得注意的是,mitoTEMPO处理逆转了这些效应,恢复了线粒体氧化还原稳态并拯救了恶性表型。我们的研究揭示了SLC25A39通过线粒体ROS-细胞色素c-caspase信号轴作为HCC进展的关键调控因子,突出了其作为HCC诊断生物标志物和治疗靶点的潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
SLC25A39在肝细胞癌进展中的作用及其分子机制是什么?
核心机制
SLC25A39缺失导致线粒体功能障碍,包括线粒体ROS过量、膜电位降低、ATP合成减少、mPTP异常开放,进而释放细胞色素c,激活caspase-9/3依赖的凋亡信号通路。
主要证据
体外SLC25A39敲低实验显示细胞增殖、迁移和侵袭能力下降,caspase-9/3激活;体内异种移植实验显示肿瘤生长抑制(约85%);mitoTEMPO处理逆转了线粒体功能障碍和细胞表型。
研究意义
SLC25A39可作为HCC的潜在诊断生物标志物和治疗靶点,为基于线粒体氧化应激的HCC治疗策略提供基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

多组学筛选与临床相关性分析

鉴定与HCC进展相关的关键线粒体载体分子。

基于TCGA、ICGC和HCCDB等数据库,分析MC表达差异,构建风险模型,通过单细胞测序和空间转录组学筛选关键分子SLC25A39,并评估其诊断价值。

2

体外细胞功能实验

验证SLC25A39敲低对HCC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。

在Huh7和Hep3B细胞中通过siRNA敲低SLC25A39,利用CCK-8、EdU实验检测增殖,Transwell实验检测迁移和侵袭,Western blot检测凋亡相关蛋白。

3

体内异种移植实验

验证SLC25A39敲低对HCC肿瘤生长的影响。

使用慢病毒介导的shRNA稳定敲低Huh7细胞中的SLC25A39,将细胞皮下注射到裸鼠,监测肿瘤生长。

4

线粒体功能检测

评估SLC25A39敲低对线粒体功能的影响。

检测线粒体膜电位(JC-1)、mPTP开放、ATP水平、线粒体形态、线粒体ROS和细胞ROS。

5

机制验证

验证SLC25A39缺失诱导细胞凋亡的分子机制。

通过蛋白质组学分析、Western blot检测细胞色素c释放,并使用mitoTEMPO和NAC进行救援实验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
抗SLC25A39抗体NovusNBP2-94802
DAB显色液SolarbioDA1010
DMEM培养基文中未明确说明--
MEM培养基文中未明确说明--
胎牛血清文中未明确说明--
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Invitrogen13778,150
RNA提取试剂盒VazymeRC112-01
逆转录试剂盒Bio-Rad--
SYBR Green染料Bio-Rad1708891
PVDF膜MilliporeISEQ00010
抗SLC25A39抗体NovusNBP2-94802
抗活化的caspase-9抗体HuabioR1308-12
抗pro-caspase-3抗体HuabioET1602-39
抗细胞色素c抗体Proteintech10993-1-AP
抗β-微管蛋白抗体HuaxingbioAB_3662663
HRP标记的山羊抗兔二抗HuaxingbioHX2031
HRP标记的山羊抗小鼠二抗HuaxingbioHX2032
嘌呤霉素文中未明确说明--
Transwell小室BD353097
基质胶BD354234
CCK-8试剂DojindoCK04
EdU试剂RiboBioC10310
Hoechst染料BeyotimeC1027
JC-1检测试剂盒BeyotimeC2006
mPTP检测试剂盒BeyotimeC2009S
ATP检测试剂南京建成生物工程研究所A095-1-1
BCA蛋白定量试剂盒VazymeE112-02
MitoTracker Red染料BeyotimeC1035
MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂InvitrogenM36008
DCFH-DA探针BeyotimeS0033S
抗细胞色素c抗体Proteintech10993-1-AP
DAPI染料文中未明确说明--
MitoTEMPOMedChemExpress (MCE)HY-112879
N-乙酰-L-半胱氨酸MedChemExpress (MCE)HY-B0215

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
Huh7和Hep3B细胞系,培养基(DMEM和MEM),FBS浓度(10%),培养条件(37°C,5% CO2),细胞系STR验证
阅读提示:Methods – Cell culture and transfection
基因敲低
siRNA序列(SLC25A39 siRNA和si-NC),转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX),转染时间(48小时)
阅读提示:Methods – Cell culture and transfection
体外功能实验
细胞浓度(Transwell:2.5×10^5/mL和4×10^5/mL),迁移时间(30小时),Matrigel稀释比(1:8),CCK-8孵育时间(2小时),EdU浓度(10 μM)
阅读提示:Methods – Transwell cell migration and invasion assays, Cell proliferation assay
体内异种移植实验
裸鼠品系(BALB/c nude),年龄(5周龄),注射细胞数(2×10^6),注射部位(右腋窝),每组小鼠数(6),肿瘤测量频率(每周一次,共4周)
阅读提示:Methods – Xenograft experiment in nude mice
线粒体功能检测
JC-1孵育时间,mPTP检测步骤,ATP测定方法,MitoSOX浓度(2 μM)和孵育时间(15分钟),MitoTracker浓度(100 nM)
阅读提示:Methods – Mitochondrial membrane potential assay, mPTP assay, ATP assay, Mitochondrial morphology analysis, Detection of mitochondrial and cellular ROS
救援实验
mitoTEMPO浓度(Huh7: 100 μM,Hep3B: 200 μM)和处理时间(24小时),NAC浓度(1 mM)和处理时间(24小时)
阅读提示:Methods – MitoTEMPO and NAC rescue experiment