多组学筛选与临床相关性分析
鉴定与HCC进展相关的关键线粒体载体分子。
基于TCGA、ICGC和HCCDB等数据库,分析MC表达差异,构建风险模型,通过单细胞测序和空间转录组学筛选关键分子SLC25A39,并评估其诊断价值。
SLC25A39 identified as a key regulator of hepatocellular carcinoma progression through the mitochondrial ROS-cytochrome c-caspase signaling axis.
包括多组学分析(单细胞测序、空间转录组)、体外功能实验(增殖、迁移、侵袭、凋亡)、体内异种移植模型及蛋白质组学和线粒体功能验证。
Huh7细胞 Hep3B细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型
SLC25A39敲低效率验证(Western blot和RT-qPCR) Huh7和Hep3B细胞系 siRNA和shRNA序列 BALB/c裸鼠(5周龄)及皮下注射细胞数(2×10^6) mitoTEMPO浓度(Huh7为100 μM,Hep3B为200 μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与HCC进展相关的关键线粒体载体分子。
基于TCGA、ICGC和HCCDB等数据库,分析MC表达差异,构建风险模型,通过单细胞测序和空间转录组学筛选关键分子SLC25A39,并评估其诊断价值。
验证SLC25A39敲低对HCC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在Huh7和Hep3B细胞中通过siRNA敲低SLC25A39,利用CCK-8、EdU实验检测增殖,Transwell实验检测迁移和侵袭,Western blot检测凋亡相关蛋白。
验证SLC25A39敲低对HCC肿瘤生长的影响。
使用慢病毒介导的shRNA稳定敲低Huh7细胞中的SLC25A39,将细胞皮下注射到裸鼠,监测肿瘤生长。
评估SLC25A39敲低对线粒体功能的影响。
检测线粒体膜电位(JC-1)、mPTP开放、ATP水平、线粒体形态、线粒体ROS和细胞ROS。
验证SLC25A39缺失诱导细胞凋亡的分子机制。
通过蛋白质组学分析、Western blot检测细胞色素c释放,并使用mitoTEMPO和NAC进行救援实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗SLC25A39抗体 | Novus | NBP2-94802 |
| DAB显色液 | Solarbio | DA1010 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| MEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778,150 |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| 逆转录试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| SYBR Green染料 | Bio-Rad | 1708891 | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| 抗SLC25A39抗体 | Novus | NBP2-94802 | |
| 抗活化的caspase-9抗体 | Huabio | R1308-12 | |
| 抗pro-caspase-3抗体 | Huabio | ET1602-39 | |
| 抗细胞色素c抗体 | Proteintech | 10993-1-AP | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Huaxingbio | AB_3662663 | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Huaxingbio | HX2031 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠二抗 | Huaxingbio | HX2032 | |
| 异种移植实验 | 嘌呤霉素 | 文中未明确说明 | -- |
| Transwell | Transwell小室 | BD | 353097 |
| 基质胶 | BD | 354234 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | CK04 |
| EdU试剂 | RiboBio | C10310 | |
| Hoechst染料 | Beyotime | C1027 | |
| 线粒体功能检测 | JC-1检测试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| mPTP检测试剂盒 | Beyotime | C2009S | |
| ATP检测 | ATP检测试剂 | 南京建成生物工程研究所 | A095-1-1 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Vazyme | E112-02 | |
| 线粒体形态分析 | MitoTracker Red染料 | Beyotime | C1035 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂 | Invitrogen | M36008 |
| 细胞ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | S0033S |
| 细胞色素c定位 | 抗细胞色素c抗体 | Proteintech | 10993-1-AP |
| DAPI染料 | 文中未明确说明 | -- | |
| 救援实验 | MitoTEMPO | MedChemExpress (MCE) | HY-112879 |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | MedChemExpress (MCE) | HY-B0215 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Huh7和Hep3B细胞系,培养基(DMEM和MEM),FBS浓度(10%),培养条件(37°C,5% CO2),细胞系STR验证 阅读提示:Methods – Cell culture and transfection |
| 基因敲低 | siRNA序列(SLC25A39 siRNA和si-NC),转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX),转染时间(48小时) 阅读提示:Methods – Cell culture and transfection |
| 体外功能实验 | 细胞浓度(Transwell:2.5×10^5/mL和4×10^5/mL),迁移时间(30小时),Matrigel稀释比(1:8),CCK-8孵育时间(2小时),EdU浓度(10 μM) 阅读提示:Methods – Transwell cell migration and invasion assays, Cell proliferation assay |
| 体内异种移植实验 | 裸鼠品系(BALB/c nude),年龄(5周龄),注射细胞数(2×10^6),注射部位(右腋窝),每组小鼠数(6),肿瘤测量频率(每周一次,共4周) 阅读提示:Methods – Xenograft experiment in nude mice |
| 线粒体功能检测 | JC-1孵育时间,mPTP检测步骤,ATP测定方法,MitoSOX浓度(2 μM)和孵育时间(15分钟),MitoTracker浓度(100 nM) 阅读提示:Methods – Mitochondrial membrane potential assay, mPTP assay, ATP assay, Mitochondrial morphology analysis, Detection of mitochondrial and cellular ROS |
| 救援实验 | mitoTEMPO浓度(Huh7: 100 μM,Hep3B: 200 μM)和处理时间(24小时),NAC浓度(1 mM)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods – MitoTEMPO and NAC rescue experiment |