生物信息学分析MAFF表达及通路
探究MAFF在泛癌及LUAD中的表达差异及潜在相关信号通路。
利用TIMER2.0分析MAFF泛癌表达;对TCGA-LUAD配对数据进行分析;GSEA和ssGSEA分析相关通路及免疫浸润;对GEO数据集GSE198099进行单细胞RNA测序分析。
MAFF inhibits angiogenesis in non-small cell lung cancer by suppressing YAP1 nuclear translocation.
包含体外细胞功能实验、蛋白表达检测、免疫荧光、临床样本IHC分析、体内裸鼠移植瘤模型等多层级验证。
NSCLC细胞系(A549、H1299) 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) 裸鼠异种移植瘤模型 NSCLC患者临床样本(77例LUAD组织及56例癌旁正常组织)
MAFF过表达稳定细胞系的建立(A549和H1299,经慢病毒感染和嘌呤霉素筛选) MAFF过表达对细胞增殖(CCK-8)、克隆形成、迁移(划痕实验)和侵袭(Transwell)的影响 HUVEC管形成实验中,使用条件培养基(无血清培养基孵育24小时)及Matrigel包被 YAP1核转位评估(免疫荧光检测核内表达量) 体内实验中,每只裸鼠皮下注射2×10^6个A549细胞(对照组与MAFF过表达组,每组4只),监测18天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究MAFF在泛癌及LUAD中的表达差异及潜在相关信号通路。
利用TIMER2.0分析MAFF泛癌表达;对TCGA-LUAD配对数据进行分析;GSEA和ssGSEA分析相关通路及免疫浸润;对GEO数据集GSE198099进行单细胞RNA测序分析。
验证MAFF在NSCLC组织中的表达及其与临床病理特征和微血管密度的关联。
对77例LUAD和56例癌旁正常组织进行MAFF和CD34免疫组化染色,采用IRS评分系统评估表达,并分析MAFF表达与T分期、MVD等参数的相关性。
评估MAFF过表达对NSCLC细胞增殖、克隆形成、迁移、侵袭的影响。
构建MAFF稳定过表达的A549和H1299细胞系,采用CCK-8检测增殖,克隆形成实验检测克隆能力,划痕实验检测迁移,Transwell检测侵袭。
检测MAFF过表达对HUVEC管形成能力的影响及条件培养基中血管生成因子的变化。
用MAFF过表达A549和H1299的条件培养基处理HUVEC,在Matrigel包被的96孔板上观察管形成,并通过WB检测VEGFA和CTGF表达。
验证MAFF过表达对YAP1表达及核转位的影响。
通过WB检测MAFF过表达细胞中YAP1总蛋白水平,通过免疫荧光检测YAP1在细胞核内的定位。
验证MAFF过表达对肿瘤生长的影响及肿瘤组织中相关蛋白和微血管密度的变化。
将MAFF过表达和对照A549细胞皮下注射裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过WB和IHC检测肿瘤组织中MAFF、YAP1、VEGFA、CTGF表达及MVD。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源(A549、H1299、BEAS-2B、HUVEC、293T);培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5%CO2);慢病毒载体pReceiver-Lv201及感染后嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, lentiviral vector |
| 体外功能实验 | CCK-8检测时间点及吸光度测量;克隆形成实验的培养时间(7天)和染色方法;划痕实验的细胞融合度和划痕后检测时间(24小时);Transwell侵袭实验中Matrigel包被浓度和细胞接种密度 阅读提示:Materials and Methods: In vitro functional studies |
| 血管生成实验 | 条件培养基的制备(无血清培养基孵育24小时);HUVEC接种密度(3×10^4细胞/孔);管形成观察时间(8小时);Matrigel包被96孔板 阅读提示:Materials and Methods: In vitro functional studies; Results: MAFF inhibits HUVEC angiogenesis in vitro |
| 蛋白质检测 | 一抗稀释比例(MAFF 1:200, YAP1 1:200);二抗稀释比例;蛋白上样量及转膜条件 阅读提示:Materials and Methods: IHC; Results: MAFF inhibits YAP1 expression and its nuclear translocation |
| 动物实验 | 裸鼠品系、性别、周龄、体重;细胞注射数量(2×10^6个/100μL);肿瘤测量频率(每48小时);实验终点(18天);肿瘤体积计算公式 阅读提示:Materials and Methods: In vivo tumorigenicity assay |