WDR4介导的tRNA m7G修饰促进线粒体自噬和白色脂肪组织褐变以改善雄性小鼠肥胖

WDR4-mediate tRNA m7G modification to promote mitophagy and browning of white adipose tissue for ameliorating obesity in male mice.

作者信息Beisi Lin, Chaofan Wang, Yanling Yang, Zhigu Liu, Panwei Mu, Wen Xu, Yonghui Li
PMID41292047
期刊Adipocyte
发布时间2025-12
DOI10.1080/21623945.2025.2588888

实验完整度

包含体外细胞实验(3T3-L1、原代脂肪细胞)、功能获得与抑制实验、TRAC-seq和数据集分析等多个独立证据层级,并验证了功能与机制。

主要模型

3T3-L1小鼠胚胎成纤维细胞 小鼠原代SVF来源脂肪细胞 高脂饮食诱导的肥胖雄性小鼠模型

重点核对

WDR4在HFD小鼠附睾脂肪组织中的表达下调 WDR4过表达对3T3-L1和原代脂肪细胞褐变及线粒体自噬的影响 3-MA和巴弗洛霉素A1处理对WDR4介导的褐变和自噬的抑制作用 BMP8B敲低对WDR4介导的线粒体自噬和褐变的影响

摘要

目的:棕色脂肪组织激活是一种潜在的抗肥胖策略。N7-甲基鸟苷(m7G)修饰是一种新型RNA表观遗传修饰,但其在脂肪代谢中的作用尚未被探索。方法:雄性小鼠被喂食高脂饮食(HFD),随后进行PCR阵列筛选。采用功能获得实验和TRAC-seq来探索WDR4的功能。结果:小鼠表观遗传修饰酶PCR阵列显示,在HFD小鼠中,WDR4的表达表现出最显著的下调。在3T3-L1细胞和原代脂肪细胞中过表达WDR4显著增加了UCP1的表达并抑制了脂滴的形成,且增强了线粒体自噬,这通过线粒体超微结构、自噬囊泡和LC3表达得以证实。使用3-MA和巴弗洛霉素A1抑制线粒体自噬减弱了WDR4诱导的脂肪细胞褐变。WDR4过表达增强了翻译活性并重塑了3T3-L1脂肪细胞中的tRNA m7G甲基化组,特异性诱导了38个独特的tRNA m7G修饰位点,并增加了多个tRNA的切割评分。GSE229240数据集显示,WDR4突变显著降低了195个富集于TGF-β信号通路(包括BMP8B)的基因的翻译效率。敲低BMP8B部分抵消了WDR4介导的线粒体自噬。结论:WDR4通过tRNA m7G修饰增强BMP8B翻译来促进脂肪细胞褐变,揭示了一种新型m7G表观转录组机制,具有治疗肥胖的潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
WDR4介导的tRNA m7G修饰是否以及如何通过线粒体自噬调控脂肪细胞褐变,从而影响肥胖。
核心机制
WDR4通过tRNA m7G修饰增强BMP8B的翻译效率,进而促进线粒体自噬和脂肪细胞褐变。
主要证据
在3T3-L1细胞和原代脂肪细胞中过表达WDR4显著增加褐变标志物和线粒体自噬,3-MA和巴弗洛霉素A1抑制线粒体自噬后褐变效应减弱;TRAC-seq和GSE229240数据集分析表明WDR4调控tRNA m7G修饰和BMP8B翻译效率;敲低BMP8B部分逆转上述效应。
研究意义
揭示WDR4介导的m7G表观转录组调控在脂肪组织代谢和肥胖中的新机制,为肥胖的潜在治疗策略提供理论依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立肥胖模型并筛选关键表观修饰酶

鉴定与肥胖和棕色脂肪组织功能障碍相关的表观修饰酶

雄性C57BL/6J小鼠随机分为NCD和HFD组,HFD喂养8周后收集附睾脂肪组织,进行IHC、PCR阵列和RT-qPCR分析。

2

过表达WDR4并观察其对脂肪细胞褐变的影响

验证WDR4过表达是否促进脂肪细胞褐变

在3T3-L1细胞分化第6天转染pcDNA3.1-WDR4或空载体,通过RT-qPCR、Western blot检测褐变标志物,油红O染色观察脂滴。

3

检测WDR4过表达对线粒体自噬的影响

探究WDR4是否促进线粒体自噬

通过TEM观察线粒体超微结构和自噬囊泡,IF检测DRP1和LC3表达。

4

抑制线粒体自噬并检测WDR4介导的褐变是否被逆转

验证WDR4介导的褐变是否依赖于线粒体自噬

用3-MA或巴弗洛霉素A1处理WDR4过表达的3T3-L1细胞,检测LC3、UCP1、p62、TOM20等表达。

5

在原代脂肪细胞中验证WDR4的作用

在更接近生理的模型中验证WDR4促进褐变和自噬的结论

从iWAT分离SVF细胞并诱导分化为脂肪细胞,过表达WDR4,检测LC3B puncta、UCP1和PPARA。

6

TRAC-seq分析tRNA m7G修饰谱

绘制WDR4过表达后tRNA m7G修饰图谱,并验证翻译活性变化

提取RNA,进行m7G Trac-seq,分析m7G修饰位点和切割评分;同时进行嘌呤霉素掺入实验检测翻译活性。

7

关联tRNA m7G修饰与BMP8B翻译效率

揭示WDR4调控BMP8B翻译的机制

分析GSE229240数据集,识别差异翻译效率基因,KEGG通路富集,并验证TGIF2、AMH、BMP8B蛋白表达。

8

敲低BMP8B验证其对WDR4介导效应的必要性

确认BMP8B是WDR4促进线粒体自噬和褐变的关键下游因子

在WDR4过表达的3T3-L1细胞中敲低BMP8B,检测LC3-II、p62、TOM20和UCP1。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
C57BL/6J小鼠Beijing SPF Biotechnology Co., Ltd.--
抗UCP1抗体ProteintechCat# 23,673–1-AP
山羊抗兔Alexa Flour 488Abcam#ab150077
RNeasy迷你试剂盒QiagenCat#74104
RT2第一链cDNA合成试剂盒QiagenCat#330401
RT2 SYBR Green qPCR预混液QiagenCat#330500
RevertAid第一链cDNA合成试剂盒Thermo Scientific™Cat#K1622
2x Master Mix试剂盒RocheCat#04913914001
青霉素-链霉素SangonCat# E607011
DMEM/F12培养基CorningCat# 10–092-CVR
II型胶原酶SigmaCat# C6885
CO2培养箱ThermoFORMA SERIES II WATER JACKET
细胞筛网CorningCat# 352,360 and 352,340
Falcon六孔板FalconCat# 353,108
地塞米松BeyotimeST1258
3-异丁基-1-甲基黄嘌呤BeyotimeST1398
牛胰岛素iCelliCell-0016-a
罗格列酮BeyotimeY174537
3T3-L1细胞iCell Bioscience Inc#iCell-m066
DMEM培养基--#iCell-128–0001
谷氨酰胺补充剂iCell#iCell-0900
MEM非必需氨基酸iCell#iCell-01000
成脂诱导培养基Procell#PD-031
脂质体转染试剂2000Invitrogen#1166019
3-甲基腺嘌呤MCE#HY-19312
巴弗洛霉素A1MCE#HY-100558
RIPA裂解液Thermo--
BCA蛋白定量试剂盒Pierce--
抗WDR4抗体Santa Cruz#sc100894
抗UCP1抗体Proteintech23,673–1-AP
抗PGC-1α抗体AffinityAF5301
抗PPARA抗体AffinityAF5395
抗嘌呤霉素抗体MERCKZMS1016-25 UL
抗TGIF2抗体Proteintech11,522–1-AP
抗BMP8B抗体AffinityDF3850
抗AMH抗体Proteintech14,461–1-AP
抗GAPDH抗体Proteintech60,004–1-lg
山羊抗小鼠IgG H&L(HRP)Abcam#ab205719
山羊抗兔IgG H&L(HRP)Abcam#ab6721
增强化学发光底物Thermo--
徕卡超薄切片机Leica Microsystems--
透射电子显微镜JEM-1200EXNippon Electronics Corporation--
抗DRP1抗体Proteintech#12957–1-AP
抗LC3抗体Proteintech#14600–1-AP
DAPI染色液----
荧光显微镜CKX53Olympus--
mirVana miRNA分离试剂盒Thermo Fisher Scientific#AM1561
NEBNext多重小RNA文库制备试剂盒(Illumina,Set 1)NEB#E7300S
AMPure XP磁珠Beckman Coulter--
Qubit™RNA荧光计Thermo Fisher Scientific#Q32852
Illumina NovaSeq X Plus测序平台Illumina--
GraphPad Prism 9.0GraphPad--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型
小鼠品系、性别、年龄、HFD配方、喂养时长
阅读提示:Materials and methods: Mice treatment
细胞培养和分化
细胞系来源、培养条件、分化诱导方案
阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection
WDR4过表达
转染质粒、转染时间、转染试剂
阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection
线粒体自噬抑制
3-MA浓度和处理时间、巴弗洛霉素A1浓度和处理时间
阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection
TRAC-seq
RNA提取、AlkB处理、NaBH4还原、苯胺裂解、建库、测序平台
阅读提示:Materials and methods: tRNA reduction and cleavage sequencing (Trac-seq)