建立肥胖模型并筛选关键表观修饰酶
鉴定与肥胖和棕色脂肪组织功能障碍相关的表观修饰酶
雄性C57BL/6J小鼠随机分为NCD和HFD组,HFD喂养8周后收集附睾脂肪组织,进行IHC、PCR阵列和RT-qPCR分析。
WDR4-mediate tRNA m7G modification to promote mitophagy and browning of white adipose tissue for ameliorating obesity in male mice.
包含体外细胞实验(3T3-L1、原代脂肪细胞)、功能获得与抑制实验、TRAC-seq和数据集分析等多个独立证据层级,并验证了功能与机制。
3T3-L1小鼠胚胎成纤维细胞 小鼠原代SVF来源脂肪细胞 高脂饮食诱导的肥胖雄性小鼠模型
WDR4在HFD小鼠附睾脂肪组织中的表达下调 WDR4过表达对3T3-L1和原代脂肪细胞褐变及线粒体自噬的影响 3-MA和巴弗洛霉素A1处理对WDR4介导的褐变和自噬的抑制作用 BMP8B敲低对WDR4介导的线粒体自噬和褐变的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与肥胖和棕色脂肪组织功能障碍相关的表观修饰酶
雄性C57BL/6J小鼠随机分为NCD和HFD组,HFD喂养8周后收集附睾脂肪组织,进行IHC、PCR阵列和RT-qPCR分析。
验证WDR4过表达是否促进脂肪细胞褐变
在3T3-L1细胞分化第6天转染pcDNA3.1-WDR4或空载体,通过RT-qPCR、Western blot检测褐变标志物,油红O染色观察脂滴。
探究WDR4是否促进线粒体自噬
通过TEM观察线粒体超微结构和自噬囊泡,IF检测DRP1和LC3表达。
验证WDR4介导的褐变是否依赖于线粒体自噬
用3-MA或巴弗洛霉素A1处理WDR4过表达的3T3-L1细胞,检测LC3、UCP1、p62、TOM20等表达。
在更接近生理的模型中验证WDR4促进褐变和自噬的结论
从iWAT分离SVF细胞并诱导分化为脂肪细胞,过表达WDR4,检测LC3B puncta、UCP1和PPARA。
绘制WDR4过表达后tRNA m7G修饰图谱,并验证翻译活性变化
提取RNA,进行m7G Trac-seq,分析m7G修饰位点和切割评分;同时进行嘌呤霉素掺入实验检测翻译活性。
揭示WDR4调控BMP8B翻译的机制
分析GSE229240数据集,识别差异翻译效率基因,KEGG通路富集,并验证TGIF2、AMH、BMP8B蛋白表达。
确认BMP8B是WDR4促进线粒体自噬和褐变的关键下游因子
在WDR4过表达的3T3-L1细胞中敲低BMP8B,检测LC3-II、p62、TOM20和UCP1。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | Beijing SPF Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| IHC染色 | 抗UCP1抗体 | Proteintech | Cat# 23,673–1-AP |
| IHC/IF染色 | 山羊抗兔Alexa Flour 488 | Abcam | #ab150077 |
| PCR array/QPCR | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | Cat#74104 |
| RT2第一链cDNA合成试剂盒 | Qiagen | Cat#330401 | |
| PCR array | RT2 SYBR Green qPCR预混液 | Qiagen | Cat#330500 |
| QPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific™ | Cat#K1622 |
| 2x Master Mix试剂盒 | Roche | Cat#04913914001 | |
| 细胞培养 | 青霉素-链霉素 | Sangon | Cat# E607011 |
| DMEM/F12培养基 | Corning | Cat# 10–092-CVR | |
| II型胶原酶 | Sigma | Cat# C6885 | |
| CO2培养箱 | Thermo | FORMA SERIES II WATER JACKET | |
| 细胞筛网 | Corning | Cat# 352,360 and 352,340 | |
| Falcon六孔板 | Falcon | Cat# 353,108 | |
| 地塞米松 | Beyotime | ST1258 | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Beyotime | ST1398 | |
| 牛胰岛素 | iCell | iCell-0016-a | |
| 罗格列酮 | Beyotime | Y174537 | |
| 3T3-L1细胞 | iCell Bioscience Inc | #iCell-m066 | |
| DMEM培养基 | -- | #iCell-128–0001 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | iCell | #iCell-0900 | |
| MEM非必需氨基酸 | iCell | #iCell-01000 | |
| 成脂诱导培养基 | Procell | #PD-031 | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | #1166019 |
| 药物处理 | 3-甲基腺嘌呤 | MCE | #HY-19312 |
| 巴弗洛霉素A1 | MCE | #HY-100558 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- | |
| 抗WDR4抗体 | Santa Cruz | #sc100894 | |
| 抗UCP1抗体 | Proteintech | 23,673–1-AP | |
| 抗PGC-1α抗体 | Affinity | AF5301 | |
| 抗PPARA抗体 | Affinity | AF5395 | |
| 抗嘌呤霉素抗体 | MERCK | ZMS1016-25 UL | |
| 抗TGIF2抗体 | Proteintech | 11,522–1-AP | |
| 抗BMP8B抗体 | Affinity | DF3850 | |
| 抗AMH抗体 | Proteintech | 14,461–1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60,004–1-lg | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L(HRP) | Abcam | #ab205719 | |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Abcam | #ab6721 | |
| 增强化学发光底物 | Thermo | -- | |
| TEM | 徕卡超薄切片机 | Leica Microsystems | -- |
| 透射电子显微镜JEM-1200EX | Nippon Electronics Corporation | -- | |
| IF | 抗DRP1抗体 | Proteintech | #12957–1-AP |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | #14600–1-AP | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 荧光显微镜CKX53 | Olympus | -- | |
| TRAC-seq | mirVana miRNA分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | #AM1561 |
| NEBNext多重小RNA文库制备试剂盒(Illumina,Set 1) | NEB | #E7300S | |
| AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | -- | |
| Qubit™RNA荧光计 | Thermo Fisher Scientific | #Q32852 | |
| Illumina NovaSeq X Plus测序平台 | Illumina | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.0 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、HFD配方、喂养时长 阅读提示:Materials and methods: Mice treatment |
| 细胞培养和分化 | 细胞系来源、培养条件、分化诱导方案 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| WDR4过表达 | 转染质粒、转染时间、转染试剂 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 线粒体自噬抑制 | 3-MA浓度和处理时间、巴弗洛霉素A1浓度和处理时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| TRAC-seq | RNA提取、AlkB处理、NaBH4还原、苯胺裂解、建库、测序平台 阅读提示:Materials and methods: tRNA reduction and cleavage sequencing (Trac-seq) |