临床样本中circ0002898的表达及临床相关性分析
检测circ0002898在HCC组织与配对癌旁组织中的表达差异,并评估其与临床病理特征和预后的关系。
利用qRT-PCR检测80例HCC及癌旁组织中circ0002898表达,并采用RNA原位杂交(RNA-ISH)评估组织表达,分析其与肿瘤分级、Gleason评分及生存期的相关性,通过ROC曲线评估诊断价值。
Transcription factor FOXC2 regulates miR-145/ADAMTS5 axis to inhibit angiogenesis in hepatocellular carcinoma via circular RNA 0002898.
研究包含体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭、集落形成)、体内裸鼠移植瘤模型、机制验证(ChIP、RIP、RNA pull-down、双荧光素酶报告基因)及临床样本分析,具有多个独立证据层级。
HCC细胞系(Hep3B、Huh7等) 正常肝细胞系HL-7702 HUVEC内皮细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 80例HCC患者肿瘤及癌旁组织
在HCC细胞系和临床样本中验证circ0002898的表达差异和临床相关性 验证FOXC2对circ0002898的直接转录调控(ChIP和双荧光素酶报告基因) 确认circ0002898与miR-145的相互作用(RIP、RNA pull-down和双荧光素酶报告基因) 验证miR-145对ADAMTS5的直接靶向调控(双荧光素酶报告基因和表达分析) 在体外和体内验证FOXC2/circ0002898/miR-145/ADAMTS5轴的抗肿瘤和抗血管生成功能
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测circ0002898在HCC组织与配对癌旁组织中的表达差异,并评估其与临床病理特征和预后的关系。
利用qRT-PCR检测80例HCC及癌旁组织中circ0002898表达,并采用RNA原位杂交(RNA-ISH)评估组织表达,分析其与肿瘤分级、Gleason评分及生存期的相关性,通过ROC曲线评估诊断价值。
验证circ0002898的环状结构及其受转录因子FOXC2的转录调控。
通过Sanger测序验证circ0002898的剪接位点;RNase R和放线菌素D处理验证其稳定性;核质分离验证其定位。通过双荧光素酶报告基因和ChIP实验验证FOXC2与circ0002898启动子的结合及调控。
研究circ0002898对HCC细胞增殖、迁移、侵袭和集落形成能力的影响。
在Hep3B和Huh7细胞中敲低或过表达circ0002898,通过CCK-8、划痕实验、Transwell、集落形成实验检测细胞增殖、迁移、侵袭和无限增殖能力。
在裸鼠异种移植模型中验证circ0002898对肿瘤生长和生存期的影响。
将稳定敲低或过表达circ0002898的Hep3B和Huh7细胞皮下植入裸鼠,定期测量肿瘤体积,最终测量肿瘤重量,并记录生存期。通过免疫组化检测CD31和Ki67表达。
验证circ0002898作为miR-145的分子海绵并调控其表达。
RNA免疫沉淀(RIP)和RNA pull-down实验验证circ0002898与miR-145的结合;双荧光素酶报告基因确认结合位点;qRT-PCR检测circ0002898对miR-145表达的影响。
研究miR-145对HCC细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
在Hep3B和Huh7细胞中转染miR-145 mimics或inhibitors,通过CCK-8、划痕实验、Transwell、集落形成实验检测细胞功能。
验证ADAMTS5是否为miR-145的直接靶基因。
通过TargetScan预测miR-145靶基因,qRT-PCR和Western blot检测miR-145对候选基因表达的影响;构建ADAMTS5 3'UTR WT和Mut双荧光素酶报告基因载体,验证直接相互作用。
验证circ0002898通过miR-145/ADAMTS5轴发挥功能。
在circ0002898敲低或miR-145 mimics处理的细胞中,分别加入miR-145抑制剂或共表达ADAMTS5,检测细胞增殖、迁移、侵袭和集落形成能力的变化,以确认功能依赖于该轴。
验证ADAMTS5在体外对肿瘤血管生成的抑制作用及分子机制。
过表达ADAMTS5的Hep3B和Huh7细胞条件培养基处理HUVEC细胞,观察管形成、增殖和凋亡的变化;加入重组VEGF或Z-VAD-FMK验证机制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| DMEM培养基 | Biological Industries | 01-055-1A | |
| HUVEC专用培养基 | Pricella | CM-0122 | |
| 载体构建 | pcDNA3.1载体 | Tsingke Biotechnology | -- |
| QuikChange定点突变试剂盒 | Agilent | 200519 | |
| 细胞系构建 | pLKO.1质粒 | -- | -- |
| pLV-circ-puro质粒 | -- | -- | |
| FUGW质粒 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 聚合酶链反应 | PCR预混液 | Thermo | K0171 |
| RNA提取与逆转录 | RNA提取试剂盒 | Promega | LS1040 |
| SuperScript III第一链合成系统 | Thermo | 18080051 | |
| qRT-PCR | AceQ qPCR SYBR Green预混液 | Vazyme | Q111-02 |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 细胞染色 | 磷酸盐缓冲液 | Beyotime | C0221A |
| 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121-100mL | |
| 细胞迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | SPL Life Sciences | 36224 |
| Matrigel基质胶 | BD | 356234 | |
| ChIP实验 | ChIP试剂盒 | Bersin Bio | Bes5001 |
| 抗FOXC2抗体 | Abcam | ab5060 | |
| RIP实验 | Magna RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Sigma | 17-700 |
| AGO2抗体 | CST | 2897 | |
| IgG抗体 | CST | 2729S | |
| RNA pull-down实验 | 生物素化RNA pull-down试剂盒 | Beyotime | P0654S |
| TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| RNA原位杂交 | RNA原位杂交试剂盒 | Boster | MK11303 |
| 内皮细胞管形成实验 | VEGF蛋白 | Abcam | ab259412 |
| EVOS M5000显微镜 | Thermo | -- | |
| 凋亡实验 | Z-VAD-FMK | Sigma | 627610 |
| 细胞凋亡ELISA检测试剂盒 | Roche | 11544675001 | |
| 统计学分析 | GraphPad Prism 9 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | HCC和癌旁组织样本数量(n=80),样本来源(手术切除或活检),患者纳入和排除标准,circ0002898表达检测方法(qRT-PCR和RNA-ISH),临床分期和Gleason评分,生存数据收集和随访时间。 阅读提示:Materials and methods: Clinical material and patient inclusion criteria; Results: 图1及相关描述。 |
| 细胞培养 | 细胞系名称(HL-7702, SNU-182, SNU-449, PLC/PRF/5, MHCC97H, HepG2, Hep3B, Huh7, HUVEC),培养基类型和添加成分(血清浓度、青链霉素),培养条件(37°C, 5% CO2)。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture。 |
| 载体构建和细胞系建立 | 过表达和敲低载体(pcDNA3.1, pLKO.1, pLV-circ-puro, FUGW),shRNA序列(Supplementary Table 1),转染试剂(Lipofectamine 3000)及用量,病毒包装细胞(293T),病毒收集时间。 阅读提示:Materials and methods: Construction of vectors, Construction of cell lines; Supplementary Table 1。 |
| 体外功能实验 | 增殖实验细胞接种密度(1×10^4/孔),Transwell实验细胞数(迁移2×10^5,侵袭3×10^5),依赖Matrigel与否,培养时间(迁移36h,侵袭48h),集落形成实验接种细胞数(1000/孔)和培养时间(13天),划痕实验细节。 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Colony formation assay, Cell migration and invasion assays; Results: 图3。 |
| 体内动物实验 | 动物品系(BALB/c nude mice),性别和年龄(6周龄雄性),细胞接种数量(2×10^6),接种部位(皮下),肿瘤体积测量时间点,实验终点(体积超过2000 mm3),每组动物数(n=8),生存分析。 阅读提示:Materials and methods: In vivo tumor growth assays; Results: 图3。 |
| 机制研究 | ChIP实验所用抗体(anti-FOXC2, ab5060),RIP实验所用抗体(AGO2, IgG),双荧光素酶报告基因构建(WT和Mut序列),RNA pull-down探针设计(生物素标记),miR-145 mimics和inhibitors浓度及处理时间。 阅读提示:Materials and methods: Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assay, RNA binding protein Immunoprecipitation (RIP) assay, Biotin-coupled probe pull-down assay, Dual-luciferase reporter assay; 图2, 图4, 图5。 |
| 血管生成实验 | HUVEC细胞培养条件,条件培养基浓度(100%, 50%, 25%),VEGF浓度(20 ng/mL),管形成实验细胞数(4×10^4)和培养时间(12h),凋亡实验细胞数(1×10^4)和培养时间(24h),Z-VAD-FMK使用浓度和处理时间。 阅读提示:Materials and methods: Endothelial cells tube formation assay, Apoptosis assay; 图7。 |
| 数据分析与统计 | 统计方法(Student's t-test, one-way/two-way ANOVA, chi-square test, Pearson's correlation, ROC曲线, Kaplan-Meier),多重比较校正方法(Tukey-Kramer),显著性水平(p<0.05),数据呈现(mean±SD)。 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis。 |