生物信息学分析
评估CDKN2A在ccRCC中的表达水平及其与临床特征、免疫浸润、药物敏感性的关联。
利用TCGA和GEO数据库分析CDKN2A表达差异,并进行生存分析、ROC曲线、免疫浸润分析、药物敏感性分析等。
Clinical value and mechanism of CDKN2A in clear cell renal cell carcinoma.
包含TCGA/GEO数据库分析、体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭)、临床样本验证(qPCR和免疫组化)等多层级证据,并进行了机制验证(MAPK通路激活剂回复实验)。
786-O细胞系 OS-RC-2细胞系 75对ccRCC患者组织样本
CDKN2A敲低使用的siRNA序列(hCDKN2A-412、hCDKN2A-770)及转染试剂 细胞增殖检测时间点(第3天和第5天) MAPK通路激活剂PMA处理浓度及时间 qPCR和免疫组化使用的样本来源及抗体(P16-INK4A, Proteintech)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CDKN2A在ccRCC中的表达水平及其与临床特征、免疫浸润、药物敏感性的关联。
利用TCGA和GEO数据库分析CDKN2A表达差异,并进行生存分析、ROC曲线、免疫浸润分析、药物敏感性分析等。
验证CDKN2A在ccRCC组织中的表达差异及其与临床特征的关系。
收集5对ccRCC患者肿瘤及正常组织进行qPCR,并对75例ccRCC患者组织进行免疫组化染色。
探究CDKN2A对ccRCC细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
在786-O和OS-RC-2细胞中敲低CDKN2A,进行细胞计数、EDU实验、集落形成实验、划痕实验和Transwell实验。
验证CDKN2A是否通过MAPK信号通路调控细胞增殖。
对敲低CDKN2A的细胞进行转录组测序和通路富集分析,并用MAPK通路激活剂PMA处理敲低细胞,观察增殖恢复情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 转染 | DharmaFECT 1 转染试剂盒 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | AG RNAex Pro | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green 混合液 | SYBR Green Pro Taq HS Premix | -- |
| 免疫组化 | P16-INK4A抗体 | Proteintech | 10883-1-AP |
| HRP标记二抗 | GeneTech | GK500705 | |
| 药物处理 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(786-O、OS-RC-2)及培养基(RPMI-1640) 阅读提示:Methods: Cell culture, RNA interference |
| CDKN2A敲低 | siRNA序列(hCDKN2A-412、hCDKN2A-770)及转染试剂 阅读提示:Methods: Cell culture, RNA interference |
| 功能实验 | 细胞增殖检测时间(第3、5天),划痕实验时间点(0、24、48小时) 阅读提示:Methods: Cell proliferation and migration function assays |
| 机制验证 | PMA处理浓度及时间 阅读提示:Results: CDKN2A affects the progress of CcRCC through MAPK signaling pathway |
| 临床样本 | 患者样本来源(中山医院),伦理审批 阅读提示:Methods: Collation of human samples |