KAT2A表达分析
验证KAT2A在LUAD组织和细胞中的表达水平
利用TIMER2.0、TCGA、CPTAC和GEO数据库分析KAT2A表达,并通过qPCR、Western blot和免疫组织化学验证临床组织和细胞系中的表达。
KAT2A: a prognostic biomarker influencing proliferation and immune escape in lung adenocarcinoma.
包含多组学数据库分析、临床组织样本验证、细胞功能实验及小鼠异种移植瘤模型的体内外验证,并进行了机制相关分析。
A549细胞系 PC-9细胞系 LUAD患者组织样本 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
细胞系:A549、PC-9、HCC827、H1975、HBE 敲低方法:shRNA转染(shKAT2A vs shNC) 动物模型:BALB/c裸鼠,6-8周龄,雄性,每组6只 细胞接种量:1×10⁷ cells/mL,200 μL皮下注射 检测指标:细胞活力(CCK-8)、集落形成、凋亡(流式)、LDH细胞毒性、PD-L1表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证KAT2A在LUAD组织和细胞中的表达水平
利用TIMER2.0、TCGA、CPTAC和GEO数据库分析KAT2A表达,并通过qPCR、Western blot和免疫组织化学验证临床组织和细胞系中的表达。
评估KAT2A表达与LUAD患者预后的相关性
使用Kaplan-Meier绘图仪和TCGA数据库进行生存分析,并通过单因素和多因素Cox回归建立列线图模型。
探索KAT2A相关基因的生物学功能和通路
使用LinkedOmics数据库鉴定KAT2A相关基因,进行GO和KEGG富集分析。
分析KAT2A表达与免疫细胞浸润的关系
使用ssGSEA和TIMER2.0数据库计算免疫细胞浸润分数并分析相关性。
验证KAT2A敲低对LUAD细胞增殖、凋亡和免疫逃逸的影响
使用shRNA敲低KAT2A,进行CCK-8、集落形成、流式凋亡检测、LDH细胞毒性实验和Western blot检测PD-L1。
验证KAT2A敲低对体内肿瘤生长的影响
将稳定转染shKAT2A或shNC的A549细胞皮下注射到裸鼠,监测肿瘤体积和重量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | HiScript IV RT SuperMix定量PCR逆转录试剂盒 | Vazyme | -- |
| qPCR | SupRealQ Purple通用SYBR qPCR预混液(U+) | Vazyme | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | SuperFemto ECL显影液 | Vazyme | -- |
| 免疫组化 | 抗KAT2A一抗 | -- | -- |
| HRP标记的二抗 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Yeasen | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen | -- |
| LDH细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| T细胞刺激 | 抗CD3e抗体 | BioLegend | -- |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | -- | |
| 重组人IL-2 | PeproTech | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI染料 | -- | -- |
| 荧光标记二抗 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(RPMI-1640+10% FBS+1%双抗)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 临床样本 | 患者数量(6例)、伦理审批号(2024-03-135-K01)、组织类型(肿瘤与癌旁) 阅读提示:Materials and methods: Tissue sample collection |
| 基因敲低 | shRNA序列(shKAT2A vs shNC)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、细胞系(A549、PC-9) 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection |
| 体外功能检测 | CCK-8检测时间点(0,24,48,72h)、集落形成时间(14天)、凋亡检测方法(Annexin V-FITC/PI) 阅读提示:Materials and methods: CCK-8, Colony formation, Flow cytometry |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、性别(雄性)、周龄(6-8周)、每组数量(6只)、细胞接种量(1×10⁷ cells/mL,200 μL)、肿瘤测量公式 阅读提示:Materials and methods: Animal study |