分析DDR1在泛癌及宫颈癌中的表达
利用公共数据库确认DDR1在宫颈癌中的表达水平。
通过GEPIA2和TCGA数据库分析DDR1的表达，比较宫颈癌与正常组织的差异表达基因。
关于丁香通
公司信息
个人用户
企业机构
无忧采购 轻松科研
- 移动端
DDR1驱动宫颈癌进展和免疫逃逸：一项生物信息学分析及实验验证
DDR1 drives cervical cancer progression and immune evasion: a bioinformatics analysis with experimental verification.
实验完整度
中包含TCGA/GEPIA2数据库分析、免疫组化临床样本验证以及细胞功能实验（CCK8、Transwell）和Western blot验证，但缺少动物模型和机制验证。
主要模型
宫颈癌细胞系HeLa 宫颈癌细胞系C33A、SiHa、CaSki 正常宫颈细胞系H8 40例宫颈癌和20例正常宫颈组织样本
重点核对
DDR1表达水平（mRNA和蛋白） siRNA敲低效率（si-DDR1-s1/s2） 细胞增殖能力（CCK8，OD450） 细胞迁移能力（Transwell，迁移细胞数） 免疫检查点CD47和LAG3的表达水平
摘要
背景：宫颈癌仍然是全球女性健康的主要威胁。盘状结构域受体1（DDR1）在多种癌症中驱动免疫逃逸，但其在宫颈癌中的表达模式、临床意义和免疫调节机制尚未阐明。方法：基于TCGA和GEPIA2数据库解析DDR1表达谱；通过GO/KEGG/GSEA富集DDR1相关通路；在40例宫颈癌和20例正常组织中进行免疫组织化学，评估DDR1蛋白与临床病理特征和生存预后的关联，进行临床验证。此外，通过Western blot、CCK8和transwell检测DDR1在宫颈癌中的生物学作用。结果：DDR1在宫颈癌中显著过表达，并与晚期FIGO分期和较差的总生存期相关；DDR1可促进宫颈癌细胞的增殖和迁移，同时通过重塑肿瘤微环境和代谢重编程影响免疫逃逸。结论：DDR1能够重塑免疫抑制性微环境。靶向DDR1可能克服免疫逃逸，为宫颈癌提供新的治疗策略。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- DDR1在宫颈癌中的表达模式、临床意义及其促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制尚不明确。
- 核心机制
- DDR1通过重塑肿瘤微环境、调节免疫检查点（上调CD47、下调LAG3）以及代谢重编程，促进宫颈癌细胞增殖和迁移，并介导免疫逃逸。
- 主要证据
- TCGA/GEPIA2数据库分析显示DDR1在宫颈癌中高表达；免疫组化显示DDR1蛋白在宫颈癌组织中阳性率80%，与FIGO分期和组织学分级相关；细胞实验显示敲低DDR1抑制HeLa细胞增殖和迁移，并影响CD47和LAG3表达。
- 研究意义
- DDR1可能作为预测预后和免疫治疗反应的生物标志物，靶向DDR1可能成为宫颈癌治疗的新策略。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DDR1表达与肿瘤免疫微环境的关系
探究DDR1表达水平与免疫细胞浸润和免疫检查点的关联。
利用ESTIMATE和CIBERSORT算法分析免疫评分和免疫细胞比例，并比较DDR1高/低表达组的免疫检查点表达差异。
GO/KEGG/GSEA富集分析
揭示DDR1相关信号通路和生物学过程。
基于DDR1高/低表达组的差异基因进行功能富集分析。
临床样本免疫组化验证
验证DDR1蛋白在宫颈癌组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关联。
对40例宫颈癌和20例正常宫颈组织进行免疫组化染色，评分并统计分析DDR1表达与临床参数和生存的关系。
细胞系中验证DDR1表达并敲低
在细胞模型中确认DDR1表达并建立敲低模型。
通过RT-qPCR和Western blot检测几种宫颈癌细胞系和正常细胞中DDR1表达，并通过siRNA敲低HeLa细胞中的DDR1。
功能实验：增殖和迁移检测
评估DDR1敲低对宫颈癌细胞增殖和迁移能力的影响。
通过CCK8和Transwell实验检测敲低DDR1后HeLa细胞的增殖和迁移变化。
检测DDR1对免疫检查点蛋白的影响
探究DDR1敲低对免疫检查点分子表达的影响。
利用Western blot检测敲低DDR1后CD47和LAG3的蛋白水平。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素双抗 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| siRNA合成 | si-DDR1-s1 | genepharma | -- |
| si-DDR1-s2 | genepharma | -- | |
| si-NC | genepharma | -- | |
| 免疫组织化学 | 兔抗DDR1抗体 | Huabio | HA500141 |
| 山羊抗兔IgG H&L/HRP抗体 | abcam | ab6702 | |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Proteintech | -- |
| ECL发光液 | Meilunbio | MA0186 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Beyotime | R0016 |
| NovoScript®多重探针一步法qRT-PCR 5×SuperMix | novoprotein | E395-01 A | |
| Nearshore蛋白逆转录试剂盒 | Novoprotein | E046-01 A | |
| 细胞培养 | C33A | Procell | -- |
| SiHa | Procell | -- | |
| CaSki | Procell | -- | |
| HeLa | Procell | -- | |
| H8 | ATCC | -- | |
| 免疫组织化学 | DAB底物试剂盒 | -- | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本和免疫组化 | 样本来源（40例宫颈癌和20例正常宫颈）、DDR1抗体（兔抗DDR1，1:3000，Huabio）、评分标准（强度×百分比，≥4为阳性）、统计方法（χ2检验，生存分析） 阅读提示：Materials and methods: Collection of clinical tissue specimens, Immunohistochemistry; Results: DDR1 expression and clinical verification in 40 patients; Table 1 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系（C33A, SiHa, CaSki, HeLa, H8）、siRNA序列（si-DDR1-s1/s2）、转染试剂（Lipofectamine 3000）、转染时间（48h） 阅读提示：Materials and methods: Cells and cell culture, RNA interference and cell transfection |
| 功能实验（增殖和迁移） | CCK8实验的细胞数、检测时间点（1-5天）、OD450；Transwell实验的细胞数（8.0×10^4）、迁移时间（24-48h） 阅读提示：Materials and methods: CCK8 proliferation assay, Transwell migration assay; Results: DDR1 promotes the proliferation and migration ability of Hela cells |
| 分子表达检测 | RT-qPCR引物序列（GAPDH, DDR1）、Western blot抗体（anti-DDR1, anti-GAPDH, anti-CD47, anti-LAG3）、ECL试剂 阅读提示：Materials and methods: RT-qPCR, Western blot; Results: DDR1 promotes the proliferation and migration ability of Hela cells |
| 生物信息学分析 | TCGA和GEPIA2数据库版本、DEG筛选阈值（|log2FC|>1, FDR<0.05）、分组方法（中位数）、ESTIMATE/CIBERSORT参数 阅读提示：Materials and methods: Data sources, Analysis of immune cell infiltration and immune checkpoints, Differential expression gene (DEG) functional enrichment analysis; Results: DDR1 is significantly expressed in various tumors, The relationship between DDR1 mRNA expression and the tumor immune microenvironment, Enrichment analysis of DDR1 differential genes in GO, KEGG and GSEA |