外泌体提取与表征
验证缺氧外泌体(HExs)和常氧外泌体(NExs)的成功提取及其基本特征。
通过差速离心提取外泌体,使用TEM观察形态,NTA测定粒径,Western blot检测标志物TSG101、CD81和阴性标志物calnexin。
Hsa-miR-423-5p selectively loaded in hypoxic exosomes reduces the sensitivity of normoxic hepatocellular carcinoma to sorafenib via autophagy.
包含体外细胞实验、外泌体表征与功能验证、高通量测序筛选、RNA pull-down/RIP机制验证、双荧光素酶报告基因、原位肝癌小鼠模型及LNPs递送验证,多层证据链完整。
人肝癌细胞系Huh7 人肝癌细胞系MHCC-97H 人肾上皮细胞系293T BALB/C-Nude小鼠原位肝癌模型
缺氧条件:1% O2,5% CO2,94% N2,处理48小时 外泌体处理浓度:5 μg/mL,共培养48小时 索拉非尼处理浓度:Huh7为0-5 μM,97H为0-10 μM,处理24小时 HNRNPA1敲低慢病毒及shRNA序列 LNPs-抑制剂治疗:每3天注射,共12天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证缺氧外泌体(HExs)和常氧外泌体(NExs)的成功提取及其基本特征。
通过差速离心提取外泌体,使用TEM观察形态,NTA测定粒径,Western blot检测标志物TSG101、CD81和阴性标志物calnexin。
确认外泌体能够被常氧肝癌细胞摄取。
用PKH67标记外泌体(5 μg/mL),与Huh7和97H细胞共培养24小时,激光共聚焦显微镜观察荧光分布。
检测缺氧外泌体是否通过自噬影响常氧肝癌细胞对索拉非尼的敏感性。
细胞预先与外泌体共培养,后给予索拉非尼处理,通过CCK-8、IC50、Annexin V-FITC/PI流式细胞术评估细胞活力和凋亡,Western blot检测自噬标志物,mCherry-GFP-LC3B腺病毒检测自噬流。
筛选在缺氧外泌体中选择性富集的miRNA。
对NExs和HExs及相应细胞进行miRNA测序,比较表达差异,筛选在HExs中上调且在缺氧细胞中未上调的miRNA,并通过RT-qPCR验证。
确认RNA结合蛋白HNRNPA1是否参与hsa-miR-423-5p装载入外泌体。
使用catRAPID预测RBPs,Western blot检测缺氧细胞中HNRNPA1表达,RNA pull-down和RIP实验验证HNRNPA1与hsa-miR-423-5p结合,并通过shRNA敲低HNRNPA1检测外泌体中miRNA水平。
证实hsa-miR-423-5p通过靶向TAB2影响自噬和索拉非尼敏感性。
将mimics转染至Huh7和97H细胞,通过Western blot检测自噬标志物和TAB2表达,双荧光素酶报告基因验证直接结合,并检测索拉非尼诱导的凋亡。
验证LNPs包裹的hsa-miR-423-5p抑制剂能否增强索拉非尼在体内的敏感性。
构建原位肝癌模型,尾静脉注射LNPs-inhibitor或对照,分组为LNPs-NC、LNPs-inhibitor、索拉非尼、索拉非尼+LNPs-inhibitor,每3天给药,12天后用活体成像检测肿瘤大小,H&E和TUNEL分析组织学变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | PAN-Biotech GmbH | -- | |
| 外泌体示踪 | PKH67绿色荧光细胞膜连接试剂盒 | Solarbio | -- |
| 转染 | Lipo8000转染试剂 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 细胞培养筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | -- | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 钙联蛋白抗体 | Abcam | ab22595 | |
| LC3B抗体 | Huabio | ET1701-65 | |
| SQSTM1抗体 | Cell Signaling Technology | #8025 | |
| HIF1α抗体 | Cell Signaling Technology | #36169 | |
| HNRNPA1抗体 | Huabio | ET1704-52 | |
| TAB2抗体 | Proteintech | 14410-1-AP | |
| RNA提取 | AFTSpin组织/细胞快速RNA提取试剂盒 | ABclonal | -- |
| 外泌体RNA提取 | BIOG外泌体RNA提取试剂盒 | BIOG | -- |
| 逆转录 | miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green快速qPCR预混液 | ABclonal | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC试剂盒 | Beyotime | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| RNA pull-down | RNA pull-down试剂盒 | BersinBio | -- |
| RIP | RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Genecreate | -- |
| LNP制备 | DLin-MC3-DMA | SunLipo NanoTech | -- |
| DSPC | Macklin | -- | |
| 胆固醇 | Macklin | -- | |
| DMG-PEG2000 | Macklin | -- | |
| 微流控芯片 | Microfluidic ChipShop | -- | |
| 动物实验 | D-荧光素钾盐 | Solarbio | -- |
| TUNEL | FITC TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Servicebio | -- |
| 免疫荧光 | 柠檬酸抗原修复液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 免疫染色透化缓冲液 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 内源性过氧化物酶封闭液 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 山羊血清 | AiFang Biological | -- | |
| 含DAPI的抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 自噬诱导 | 表达mCherry-GFP-LC3B融合蛋白的腺病毒 | Beyotime Biotechnology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 缺氧条件:1% O2,5% CO2,94% N2,37°C,处理48小时 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 外泌体提取与表征 | 外泌体分离方法:差速离心;鉴定标志物CD81和TSG101,排除calnexin;粒径约150nm 阅读提示:Methods: Exosome isolation, identification and tracing; Figure 1 |
| 外泌体处理 | 外泌体浓度5 μg/mL,处理时间48小时 阅读提示:Methods: Cell counting kit-8 (CCK-8) and IC50 assays; Figure 2 |
| 药物处理 | 索拉非尼浓度:Huh7 0-5 μM,97H 0-10 μM,处理24小时 阅读提示:Methods: Cell counting kit-8 (CCK-8) and IC50 assays |
| 基因操作 | mimics序列:5'-UGAGGGGCAGAGAGCGAGACUUU-3';inhibitor序列:5'-AAAGUCUCGCUCUCUGCCCCUCA-3';sh-HNRNPA1序列:5'-GAAGAGTTGTGGAACCAAAGA-3' 阅读提示:Methods: Mimics or inhibitor transfection and lentiviral transfection |
| 自噬检测 | 自噬标志物LC3B和SQSTM1;Ad-mCherry-GFP-LC3B转染24小时,外泌体处理48小时 阅读提示:Methods: Ad-mCherry-GFP-LC3B transfection and autophagy induction; Figure 5B |
| 双荧光素酶报告基因 | 293T细胞,TAB2-WT和TAB2-MUT质粒,转染后48小时检测 阅读提示:Methods: Dual luciferase reporter assay; Figure 5D |
| 体内动物模型 | BALB/C-Nude小鼠,4周龄,原位接种1×10^6 Huh7细胞;分组:LNPs-NC、LNPs-inhibitor、索拉非尼、索拉非尼+LNPs-inhibitor;每3天给药,共12天 阅读提示:Methods: Therapeutic evaluation in an orthotopic hepatocellular carcinoma mouse model |
| LNP制备 | 脂质摩尔比:DLin-MC3-DMA/DSPC/胆固醇/DMG-PEG2000 = 50/10/38.5/1.5;水相/有机相体积比3:1 阅读提示:Methods: LNPs production and characterization |