临床样本分析
评估RCC1在结肠癌组织中的表达及其与患者预后和临床病理特征的关系。
使用组织微阵列(HColA180Su19)包含93例结肠肿瘤和85例配对的癌旁组织,通过IHC检测RCC1表达,分析其与总生存期的关联。
RCC1 knockdown sensitizes drug-resistant colorectal cancer to 5-fluorouracil or doxorubicin by impairing DNA repair.
研究包含组织微阵列、细胞实验、异种移植模型、转录组分析等多层次证据,并进行了功能验证和机制验证。
HCT116细胞系及其5-FU耐药和Doxo耐药衍生细胞系 DLD-1细胞系 裸鼠皮下异种移植瘤模型 结肠癌组织微阵列样本
RCC1敲低效率通过Western blot和qRT-PCR验证 药物浓度依据IC50值:5-FU耐药细胞用38.43 μM 5-FU,Doxo耐药细胞用800 nM Doxo 体内实验分组:5-FU组20 mg/kg每周3次持续2周,Doxo组10 mg/kg每周1次 DNA损伤检测方法:γ-H2AX表达、彗星实验、免疫荧光监测修复动态 统计方法:GraphPad Prism 5.0,使用非配对t检验和方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估RCC1在结肠癌组织中的表达及其与患者预后和临床病理特征的关系。
使用组织微阵列(HColA180Su19)包含93例结肠肿瘤和85例配对的癌旁组织,通过IHC检测RCC1表达,分析其与总生存期的关联。
验证RCC1敲低对CRC细胞增殖、细胞周期、凋亡和药物敏感性的影响。
在HCT116和DLD-1细胞中敲低RCC1,通过CCK-8、克隆形成、流式细胞术和细胞球实验检测细胞功能。
评估RCC1敲低联合5-FU或Doxo在体内的抗肿瘤效果和耐受性。
将耐药HCT116细胞(shRCC1或对照)皮下注射到裸鼠,成瘤后分组给药,监测肿瘤体积和体重。
研究RCC1敲低对化疗药物诱导DNA损伤及修复能力的影响。
通过γ-H2AX表达、彗星实验和免疫荧光检测DNA损伤,并在药物撤除后不同时间点监测修复动态。
揭示RCC1敲低影响的分子通路和DNA修复相关基因。
对5-FU耐药HCT116细胞(sh3或对照)进行RNA-seq,进行GSEA、KEGG和GO富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织样本分析 | 人结肠组织微阵列 | Shanghai Outdo Biotech Co., Ltd. | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | C11330500BT |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-50 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | C11875500BT | |
| DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| 细胞染色 | 结晶紫染色液 | Beyotime | C0121 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| Triton X-100 | Beyotime | P0096 | |
| 凋亡检测 | FITC-Annexin V凋亡检测试剂盒 | ThermoFisher | 88-8005-74 |
| 彗星实验 | 彗星电泳试剂盒 | Beyotime | C2041M |
| 细胞球形成 | 超低吸附96孔U底板 | Corning | 7007 |
| 超低吸附6孔板 | Corning | 3471 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基组成、血清和抗生素浓度 阅读提示:Methods:Cell lines and CRC tissue microarray |
| RCC1敲低 | shRNA序列、转染方法、敲低效率验证 阅读提示:Methods:Lentiviral packaging and establishment of stable cell lines(具体细节见补充方法) |
| 药物处理 | 药物浓度、处理时间、细胞系类型(亲本或耐药) 阅读提示:Results:Figure 4和Supplementary Figures 4-6 |
| 细胞周期和凋亡检测 | PI染色、Annexin V染色、流式细胞仪型号 阅读提示:Methods:Cell cycle and apoptosis assays |
| 彗星实验 | 细胞处理时间、药物浓度、恢复时间 阅读提示:Methods:Comet assay |
| 体内实验 | 动物种类、注射细胞数量、给药剂量和频率、分组 阅读提示:Figure 5A和Supplementary Figure 7A |