进化分析
检测自然隐睾哺乳动物中INSL3和RXFP2的选择压力变化。
对46种哺乳动物的INSL3和RXFP2编码序列进行系统发育分析,计算dN/dS比值,使用RELAX和PGLS分析选择压力松弛和相关因素。
Evolutionary relaxation and functional change of INSL3 and RXFP2 may underlie natural cryptorchidism in mammals.
包含进化分析、细胞实验、敲入小鼠模型和转录组测序等多层级验证,明确了功能变化和机制。
HEK293T细胞 小鼠原代引带细胞 INSL3敲入小鼠 RXFP2敲入小鼠 INSL3/RXFP2双敲入小鼠
物种序列分析:46种哺乳动物INSL3和RXFP2的dN/dS比值 细胞实验:鲸类INSL3处理浓度(10^-8 M)及时间点 小鼠模型:INSL3-KI、INSL3-KO和WT的睾丸位置及引带组织学 生育力评估:6个月交配实验及精子活力参数 转录组分析:P8、P23、P40阶段睾丸和引带的RNA-seq
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测自然隐睾哺乳动物中INSL3和RXFP2的选择压力变化。
对46种哺乳动物的INSL3和RXFP2编码序列进行系统发育分析,计算dN/dS比值,使用RELAX和PGLS分析选择压力松弛和相关因素。
评估鲸类INSL3对引带细胞增殖和下游信号的影响。
用重组小鼠和鲸类INSL3处理原代小鼠引带细胞,检测cAMP水平、PKA活性和CREB磷酸化,以及细胞增殖和F-actin含量。
在体内验证鲸类INSL3的功能是否导致隐睾表型。
通过同源重组将鲸类INSL3编码序列替换到小鼠内源Insl3位点,生成INSL3-KI小鼠,并进一步生成RXFP2-KI和INSL3/RXFP2双敲入小鼠,评估睾丸位置、引带发育和生育能力。
阐明引带和睾丸中分子和结构的变化。
对引带和睾丸进行组织学染色(H&E、Masson),并对P8和P23引带以及P8、P23、P40睾丸进行RNA-seq分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | WISENT | 319-005 |
| 胎牛血清 | WISENT | 086-150/110 | |
| 胰蛋白酶0.25%/2.21 mM EDTA(HBSS缓冲液) | WISENT | 325-043 | |
| I型胶原酶 | Diamond | A004194-0001 | |
| 6孔TC处理培养板 | BBI | F603201-0001 | |
| 药物处理 | 重组INSL3蛋白 | Bankpeptide | Customization |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞计数试剂盒 | Vazyme | A311-01 |
| 细胞信号检测 | 小鼠环磷酸腺苷酶联免疫吸附测定试剂盒 | JONLNBIO | JL13362 |
| 小鼠蛋白激酶A酶联免疫吸附测定试剂盒 | JONLNBIO | JL20309 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 180 kDa Plus预染蛋白分子量标准 | Vazyme | MP201 | |
| RT-qPCR | 2 × Rapid Taq预混液 | Vazyme | P222 |
| RNA提取 | VeZol试剂 | Vazyme | R411 |
| RT-qPCR | Hifair III第一链cDNA合成SuperMix qPCR | YEASEN | 11141ES10 |
| 组织学分析 | Bouin固定液 | Servicebio | G1121 |
| 精子分析 | 改良HTF培养基 | FUJIFILM Irvine Scientific | 90126 |
| 载体构建 | pcDNA3.1(+)载体 | Thermo Fisher | V79020 |
| 免疫共沉淀 | 兔抗INSL3抗体 | ABclonal | A5728 |
| 兔抗Flag标签抗体 | Affinity | T0003 | |
| Western blot | 兔抗CREB(磷酸化S133)抗体[E113] | Abcam | ab32096 |
| 兔抗β-微管蛋白抗体 | ABclonal | A12289 | |
| 免疫荧光染色 | Actin-Tracker Green-488 | Beyotime | C2201S |
| RNA-seq | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 进化分析 | 物种列表和序列来源、系统发育树、dN/dS计算方法 阅读提示:Methods: Species coverage and sequence acquisition, Molecular evolution analyses |
| 细胞培养 | 原代引带细胞分离的动物周龄、培养条件、重组蛋白浓度 阅读提示:Methods: Primary cell culture, Cell proliferation assay |
| 信号通路检测 | ELISA试剂盒品牌、检测时间点、PKA活性测定方法 阅读提示:Methods: ELISA for cAMP and PKA |
| 小鼠模型 | 敲入策略、基因型验证、动物饲养条件、时间点 阅读提示:Methods: Animals |
| 组织学分析 | 固定液、切片厚度、染色方法 阅读提示:Methods: Histomorphological analysis |
| 转录组分析 | RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台、差异表达阈值 阅读提示:Methods: RNA-seq analysis |
| 生育力评估 | 交配方案、评估时间、精子采样和分析参数 阅读提示:Methods: Fertility studies, Computer-assisted sperm analysis |