临床样本分析
评估AML患者乳酸水平、组蛋白乳酸化与血栓风险的相关性。
检测AML患者和健康对照PBMC的糖酵解率、血浆乳酸、D-dimer,分析血栓事件发生率,并检测骨髓和PBMC中组蛋白乳酸化水平。
Hexokinase 2-mediated histone H3K18la promotes PAI-1-dependent thrombosis in acute myeloid leukemia via tumor-endothelial crosstalk.
包含临床样本分析、体外细胞实验、动物模型(IVC狭窄血栓模型)及机制验证(ChIP、CUT&Tag、代谢流分析),多层级证据相互支撑。
AML患者外周血单个核细胞(PBMC) AML细胞系(NB4、MOLM13) NCG小鼠异种移植瘤模型 HUVEC细胞
乳酸处理浓度(20 mM)及时间(12或24小时) HK2敲低细胞系(shHK2 NB4/MOLM13)及对照(shNC) IVC狭窄手术诱导血栓模型(48小时) MCT1 siRNA敲低HUVEC 2-DG(0.5 g/kg)和AZD3965(50 mg/kg)给药方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AML患者乳酸水平、组蛋白乳酸化与血栓风险的相关性。
检测AML患者和健康对照PBMC的糖酵解率、血浆乳酸、D-dimer,分析血栓事件发生率,并检测骨髓和PBMC中组蛋白乳酸化水平。
验证外源乳酸对AML细胞PAI-1表达和纤维蛋白溶解功能的影响。
用20 mM乳酸处理NB4和MOLM13细胞,检测组蛋白乳酸化、PAI-1表达、纤溶酶生成和纤维蛋白溶解。
确定HK2介导的乳酸产生对组蛋白乳酸化和PAI-1表达的调控作用。
敲低或过表达HK2,检测糖酵解率、乳酸水平、组蛋白乳酸化、PAI-1表达及功能,并通过ChIP和CUT&Tag分析H3K18la在PAI-1启动子的富集。
验证HK2介导的乳酸产生在AML相关血栓形成中的作用。
将HK2敲低的NB4/MOLM13细胞注射入NCG小鼠,建立异种移植模型,通过IVC狭窄诱导血栓,检测血栓重量、乳酸水平、H3K18la和PAI-1表达。
探讨AML细胞释放的乳酸是否通过MCT1影响内皮细胞PAI-1表达。
用AML细胞条件培养基处理HUVEC,敲低MCT1,检测组蛋白乳酸化、PAI-1表达和纤溶功能。
评估靶向HK2或MCT1的药理抑制剂对AML小鼠血栓形成的影响。
使用MOLM13异种移植模型,给予2-DG(HK2抑制剂)和/或AZD3965(MCT1抑制剂),诱导血栓后检测相关指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| IMDM培养基 | Procell | -- | |
| HUVEC专用培养基 | Procell | -- | |
| 细胞分离 | Ficoll-Hypaque密度梯度离心液 | -- | -- |
| 纤溶酶生成实验 | 纤溶酶原 | Diapharma | -- |
| S-2251显色底物 | Boatman | -- | |
| 纤维蛋白形成和溶解实验 | 氯化钙 | Sangon | -- |
| 纤维蛋白原 | Boatman | -- | |
| 凝血酶 | Boatman | -- | |
| 纤维蛋白溶解实验 | 组织型纤溶酶原激活物 | ProSpec | -- |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| cDNA合成 | PrimeScript™ RT试剂盒 | Takara | -- |
| qPCR | TB Green Premix Ex Taq™ II | Takara | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | GlpBio | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Merck Millipore | -- | |
| 抗Pan-Kla抗体 | PTM Bio | PTM-1401RM | |
| 抗H3K9la抗体 | PTM Bio | PTM-1419RM | |
| 抗H3K14la抗体 | PTM Bio | PTM-1414RM | |
| 抗H3K18la抗体 | PTM Bio | PTM-1406RM | |
| 抗H4K5la抗体 | PTM Bio | PTM-1407 | |
| 抗H4K8la抗体 | PTM Bio | PTM-1415RM | |
| 抗H4K12la抗体 | PTM Bio | PTM-1411RM | |
| 抗H4K16la抗体 | PTM Bio | PTM-1417RM | |
| 抗组蛋白H3抗体 | PTM Bio | PTM-1001RM | |
| 抗PAI-1抗体 | Abmart | T56901S | |
| 抗HK2抗体 | Abmart | TD6176 | |
| 抗MCT1抗体 | ABclonal | A3013 | |
| 抗AARS1抗体 | Proteintech | 17394-1-AP | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 15822-1-AP | |
| 抗PFKP抗体 | ABclonal | A20983 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-2; | |
| ChIP-qPCR | BeyoChIP™ 酶法ChIP试剂盒 | Beyotime | -- |
| BeyoMag™ 磁珠PCR/DNA纯化试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 载体构建和病毒包装 | pHBLV-ZsGreen载体 | -- | -- |
| pLVX-ZsGreen载体 | -- | -- | |
| pSPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2G包膜质粒 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| siRNA转染 | Hieff Trans™ siRNA/miRNA转染试剂 | YEASEN | -- |
| 动物实验 | NCG小鼠 | Gempharmatech | -- |
| 标准啮齿动物饲料 | Jiangsu Xietong Pharmaceutical Bio-engineering Co., Ltd. | XTI01FZ | |
| 乳酸钠 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 2-脱氧-D-葡萄糖 | MCE | -- | |
| AZD3965 | MCE | -- | |
| 免疫荧光和免疫组化 | 抗CD31抗体 | AIFang | AFRM0001 |
| 抗PAI-1抗体 | AIFang | AF03419 | |
| K-Viewer分析软件 | -- | -- | |
| ELISA | PAI-1 ELISA试剂盒 | Bio-swamp | -- |
| t-PA/PAI-1复合物ELISA试剂盒 | Camilo Biological | -- | |
| TAT复合物ELISA试剂盒 | Elabscience | -- | |
| PAI-1 ELISA试剂盒 | BOSTER | -- | |
| 乳酸测量 | 乳酸检测试剂盒 | DiaSys | -- |
| L-乳酸检测试剂盒 | Solarbio | -- | |
| 代谢流分析 | Q Exactive PLUS质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| 糖酵解速率测定 | Seahorse XF 糖酵解速率测定试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| Cell-Tak细胞粘附剂 | Corning | -- | |
| RNA测序 | RNA Nano 6000检测试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| CUT&Tag | Hyperactive Universal CUT&Tag检测试剂盒(Illumina) | Vazyme | -- |
| 二抗 | Vazyme | Ab207 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | AML细胞系(NB4、MOLM13、THP-1)和HUVEC的培养条件,包括培养基、血清浓度、传代次数(HUVEC在5代内使用)。 阅读提示:Methods 中 'Cell culture' 部分 |
| 乳酸处理 | 外源乳酸处理浓度(20 mM)和时间(12或24小时)。 阅读提示:Figure 2a 图注 |
| HK2敲低/过表达 | shRNA序列、敲低效率验证、过表达载体及筛选浓度。 阅读提示:Methods 中 'Establishment of overexpression and knockdown cell Lines' 及 Figure 3c 图注 |
| 体内血栓模型 | IVC狭窄手术具体步骤、麻醉剂(Delivector Avertin)、结扎线(4-0丝线)和针头规格(30-gauge),以及术后48小时取材时间。 阅读提示:Methods 中 'Thrombosis models' 部分 |
| 药物处理 | 2-DG剂量(0.5 g/kg)和给药时间(7天),AZD3965剂量(50 mg/kg)和频率(口服每日两次,7天)。 阅读提示:Methods 中 'Thrombosis models' 部分及 Figure 7 图注 |