构建FAMG预后模型
基于TCGA-LUAD队列建立脂肪酸代谢相关基因的预后模型,以预测患者生存和药物反应。
从TCGA获取LUAD转录组和临床数据,使用Limma筛选差异表达基因,LASSO Cox回归构建风险评分模型,并通过GSE68465验证。
Integrative analysis of fatty acid metabolism and identification of ANLN as a novel prognostic marker in lung adenocarcinoma.
包含TCGA/GEO多组学分析、细胞功能实验(增殖、迁移、凋亡)及机制验证(AKT/mTOR/HIF-1α通路),但缺少体内动物模型和患者样本验证。
A549细胞系 NCI-H1299细胞系 TCGA-LUAD队列 GSE68465数据集
细胞系:A549和NCI-H1299 siRNA序列:ANLN sense GGCGAUGCCUCUUUGAAUATT 转染分组:siANLN vs siNC CCK-8实验:播种密度3×10^3细胞/孔,孵育24-72小时 Transwell迁移:细胞数3×10^4,孵育24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
基于TCGA-LUAD队列建立脂肪酸代谢相关基因的预后模型,以预测患者生存和药物反应。
从TCGA获取LUAD转录组和临床数据,使用Limma筛选差异表达基因,LASSO Cox回归构建风险评分模型,并通过GSE68465验证。
评估模型对免疫治疗和化疗/靶向药物反应的预测能力。
使用TIDE算法评估免疫逃逸潜力;使用pRRophetic预测药物IC50,比较高低风险组对化疗和靶向药物的敏感性。
通过多组学分析筛选与预后相关的关键基因。
通过PPI网络和CytoHubba分析筛选核心基因,进行生存分析和多因素Cox回归,最终确定ANLN。
描述ANLN在LUAD中的表达、突变及其与临床病理特征的关系。
使用cBioPortal获得突变频率,HPA数据库获得免疫组化图像,单细胞数据从IMMUcan和CancerSEA分析。
验证ANLN敲低对细胞增殖、凋亡和迁移的影响。
使用siRNA转染A549和H1299细胞,通过CCK-8、克隆形成、流式凋亡、Transwell和划痕实验检测。
阐明ANLN敲低对代谢和EMT的调控机制。
通过qRT-PCR和WB检测FASN、HK2、PKM2及EMT标志物;检测葡萄糖摄取和乳酸产生;WB检测AKT/mTOR/HIF-1α通路蛋白;使用AKT激活剂SC-79进行救援实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 转染 | 靶向ANLN的小干扰RNA | GenePharma | -- |
| 乱序siRNA | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | TargetMol | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| RNA提取 | RNA-easy提取试剂 | Vazyme | R701 |
| qRT-PCR | ChamQ SYBR Green预混液 | Vazyme | Q711a |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- | |
| ECL检测试剂 | -- | -- | |
| HRP标记的二抗 | -- | -- | |
| 代谢检测 | 葡萄糖摄取和乳酸产生试剂盒 | Jiancheng Bioengineering | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:A549(Ham's F-12K培养基)和NCI-H1299(RPMI-1640培养基);培养条件:37°C, 5% CO2;培养基添加10% FBS和1%青霉素/链霉素。 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| siRNA转染 | siRNA序列:ANLN sense GGCGAUGCCUCUUUGAAUATT;对照组:scrambled siRNA。转染效率和具体浓度验证方法:Western blot。 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| CCK-8实验 | 细胞接种密度:3×10^3细胞/孔;孵育时间:24-72小时;CCK-8试剂添加比例:1/10体积;孵育时间:1小时;检测波长:450nm。 阅读提示:Methods: Cell Counting Kit-8 (CCK-8) assay |
| 克隆形成实验 | 细胞接种密度:1×10^3细胞/孔;培养时间:10天;固定:4% PFA;染色:0.1%结晶紫。 阅读提示:Methods: Colony formation assay |
| 流式凋亡分析 | 细胞培养时间:24小时;染色:Annexin V-FITC/PI;试剂盒来源:Beyotime。 阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis |
| Transwell迁移实验 | 细胞密度:3×10^4细胞/200 μL无血清培养基;下室:600 μL趋化培养基;孵育时间:24小时;固定:4% PFA;染色:0.1%结晶紫。 阅读提示:Methods: Transwell migration assay |
| 划痕实验 | 细胞融合度:90-100%;划痕工具:200 μL移液器吸头;培养基:1% FBS;观察时间点:0, 24, 48小时。 阅读提示:Methods: Wound healing |
| 葡萄糖摄取和乳酸产生检测 | 细胞接种密度:3×10^5细胞/孔;培养时间:48小时;试剂盒:Jiancheng Bioengineering。 阅读提示:Methods: Glucose uptake and lactic acid production detection |
| qRT-PCR | RNA提取:RNA-easy试剂(Vazyme R701);逆转录;qPCR:ChamQ SYBR Green Master Mix(Vazyme Q711a);定量方法:2^-ΔΔCt。 阅读提示:Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) |
| Western blot | 裂解液:RIPA缓冲液含蛋白酶/磷酸酶抑制剂;SDS-PAGE:8-10%;转膜:硝酸纤维素膜;封闭:5%脱脂牛奶/TBST;一抗4°C孵育过夜;二抗HRP标记室温2小时;检测:ECL。 阅读提示:Methods: WB |