生物信息学预测靶向MHCI的miRNA
识别可能调控HLA-A/B/C的miRNA
使用miRDB数据库预测靶向HLA-A、HLA-B和HLA-C的miRNA,并通过StarBase预测结合位点,鉴定出miR-518c-5p和miR-4524a-3p
MiR-518c-5p/miR-4524a-3p can mediate immune escape and chemotherapy resistance in triple-negative breast cancer and predict its outcome.
包含生物信息学预测、双荧光素酶验证、体外细胞功能实验(增殖、侵袭、凋亡)及临床样本RT-PCR和生存分析,多个独立证据层级。
TNBC细胞系MDA-MB-231/468 ADR耐药细胞系MDA-MB-231/ADR和MDA-MB-468/ADR 临床血清样本(88例TNBC患者和88例健康对照) CD8+ T细胞(ATCC)
血清样本来自88例TNBC患者和88例健康对照 miRNA mimics和inhibitors使用浓度:mimics 50 nM,inhibitors 100 nM ADR处理浓度:亲本细胞2 µg/mL和5 µg/mL,耐药细胞5 µg/mL 铬释放实验效应靶比:40:1, 20:1, 10:1, 5:1 转染后细胞传代3-4次再进行后续实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别可能调控HLA-A/B/C的miRNA
使用miRDB数据库预测靶向HLA-A、HLA-B和HLA-C的miRNA,并通过StarBase预测结合位点,鉴定出miR-518c-5p和miR-4524a-3p
验证miR-518c-5p和miR-4524a-3p是否直接结合HLA-A/B/C的3'UTR
在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中共转染miRNA mimic或对照与野生型或突变型报告质粒,测定荧光素酶活性
检测miR-518c-5p和miR-4524a-3p对MHCI mRNA和蛋白表达的影响
在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中转染miRNA mimics,通过RT-PCR检测HLA-A/B/C mRNA,通过Western blot检测MHCI蛋白
确定miR-518c-5p和miR-4524a-3p对MHCI介导的免疫逃逸的作用
在转染miRNA抑制剂(联合或不联合shMHCI)后,通过铬释放实验检测TNBC细胞被CD8+T细胞裂解的比率
研究miR-518c-5p和miR-4524a-3p对TNBC细胞增殖和侵袭能力的作用
在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中转染miRNA mimics或inhibitors,通过CCK-8实验检测增殖,通过Matrigel Transwell实验检测侵袭
研究miR-518c-5p和miR-4524a-3p对TNBC细胞阿霉素耐药性的影响
在亲本和ADR耐药细胞中测定IC50,检测MDR1表达,并观察miRNA mimics或inhibitors处理后细胞活力和凋亡的变化
评估血清miR-518c-5p和miR-4524a-3p在TNBC中的临床意义
通过RT-PCR检测88例TNBC患者和88例健康对照血清中的miRNA水平,并进行Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 血液样本采集 | 二氧化硅促凝管 | BD Vacutainer | 351060 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 阿霉素 | Macklin | D937611 |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000 | ThermoFisher | L3000015 |
| miRNA转染 | miR-518c-5p模拟物 | RiboBio | -- |
| miR-4524a-3p模拟物 | RiboBio | -- | |
| miR-518c-5p抑制剂 | RiboBio | -- | |
| miR-4524a-3p抑制剂 | RiboBio | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | KeyGEN | KGE3308 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| 抗MHCI抗体 | univ | sc-32235 | |
| 抗GAPDH抗体 | Thermo Fisher | A-2301 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Santa Cruz | sc-2004 | |
| ECL发光液 | -- | -- | |
| ChemiDoc XRS+系统 | Bio-Rad | -- | |
| RT-PCR | TRIzol试剂 | ThermoFisher | 15596026 |
| miRNeasy小型试剂盒 | ThermoFisher | 217004 | |
| miRNeasy血清/血浆试剂盒 | Qiagen | 217184 | |
| microRNA逆转录试剂盒 | ThermoFisher | 4366597 | |
| PrimeScript RT预混液 | TaKaRa | RR036A | |
| TaqMan通用预混液II | ThermoFisher | 4440040 | |
| BeyoFast探针qPCR预混液 | Beyotime | D7271 | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Topscience | TS-1002 |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | MCE | HY-Y0320 |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 356234 |
| 结晶紫 | MCE | W110794 | |
| 细胞凋亡实验 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | KeyGEN | KGA108 |
| 流式分析 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、ADR维持浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| miRNA转染 | 转染试剂、mimics和inhibitors浓度、质粒浓度、转染时间、细胞密度 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 双荧光素酶报告实验 | 报告质粒、miRNA mimic浓度、共转染DNA量、检测时间 阅读提示:Methods: Dual-luciferase reporter assay |
| 铬释放实验 | 效应靶比、共培养时间、细胞数量 阅读提示:Methods: Chromium release assay |
| 药物处理 | ADR浓度、处理时间 阅读提示:Methods: Cell proliferation and IC50 determination; Results 图4 |
| 临床样本 | 患者数量、对照数量、血清采集和处理条件、miRNA检测方法、内参基因 阅读提示:Methods: Study population, Blood sample collection and processing, RT-PCR |