SPOCD1在透明细胞肾细胞癌中的表达:对预后和免疫治疗的意义

SPOCD1 expression in clear cell renal cell carcinoma: its implications for the prognosis and immunotherapy.

作者信息Wu Xu, Lingfei Yan, Yufeng Liu, Dawei Liu, Dali Wu, Yang Luo, Cuilian Li, Qing Li, Tao Wang
PMID41088273
发布时间2025-10-14
DOI10.1186/s12957-025-04028-1

实验完整度

中

研究包含TCGA等多数据库生物信息学分析、qRT-PCR、WB和IHC验证,但缺乏体外功能实验和动物模型等机制验证。

主要模型

TCGA ccRCC队列(539例肿瘤样本) ccRCC细胞系(A498、Caki-1、786-O) 人肾皮质近曲小管上皮细胞系(HK-2) ccRCC组织及邻近正常组织(13例)

重点核对

TCGA样本中SPOCD1表达高中低分组(269例高表达 vs 270例低表达,按中位数分组) qRT-PCR和WB验证SPOCD1表达,使用HK-2、A498、Caki-1和786-O细胞系,重复数n=3 IHC验证SPOCD1表达,组织样本n=13例ccRCC及匹配邻近正常组织 生存分析(OS、DSS、PFI)采用Cox回归和Kaplan-Meier方法,显著标准p<0.05 免疫浸润分析基于ssGSEA和TIMER数据库,使用Spearman相关分析

摘要

背景:近年来对SPOCD1的研究进展强调了其在致癌作用中的潜在作用。然而,SPOCD1表达水平、生存结果和免疫细胞浸润在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的具体相关性尚未完全阐明。方法:为了确定SPOCD1表达水平、临床病理信息和ccRCC患者总生存期(OS)之间可能的相关性,使用了多个数据库,包括TCGA、基因表达谱交互分析(GEPIA)和UALCAN。此外,通过TIMER、GEPIA和TISIDB数据库对肿瘤浸润免疫细胞(TIIC)与SPOCD1之间的关联进行了全面检查。采用Western blot(WB)和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测ccRCC细胞系中SPOCD1的表达水平。利用免疫组织化学(IHC)染色检测ccRCC组织中SPOCD1的表达。结果:发现SPOCD1表达与TNM分期、病理分期和组织学分级显著相关。SPOCD1高表达与较差的疾病特异性生存期(DSS)和总生存期(OS)结果相关(p < 0.01)。随后的评估发现SPOCD1过表达与免疫调节剂和趋化因子的表达之间存在显著关联。此外,SPOCD1过表达与ccRCC组织中巨噬细胞、调节性T细胞(Treg)、Th1细胞、树突状细胞(DC)和Th2细胞浸润增加有关。通过qRT-PCR、WB和IHC验证证实SPOCD1在ccRCC中作为癌基因发挥作用。结论:SPOCD1是ccRCC患者潜在的预后指标。SPOCD1高表达与ccRCC的不良临床病理特征、较差的生存结果和增加的免疫细胞浸润密切相关。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
SPOCD1表达水平与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的临床病理特征、生存结局和免疫细胞浸润之间的相关性尚不明确,本研究旨在探讨其潜在关联。
核心机制
SPOCD1可能通过激活PI3K/AKT、WNT和趋化因子信号通路促进ccRCC恶性进展,并与免疫调节分子(如IL2RA)和趋化因子(如CCL26)相关,参与免疫细胞浸润调控。
主要证据
通过TCGA等数据库生信分析显示SPOCD1高表达与较差OS、DSS和PFI相关;qRT-PCR、WB和IHC验证SPOCD1在ccRCC细胞系和组织中表达上调;免疫浸润分析显示SPOCD1与巨噬细胞、Th2细胞、DC等浸润正相关。
研究意义
作者提出SPOCD1可能成为ccRCC的预后生物标志物和潜在免疫治疗靶点,需进一步研究其分子机制和微环境作用。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

评估SPOCD1在ccRCC中的表达水平

确定SPOCD1在ccRCC组织和细胞系中的表达是否高于正常对照。

利用TCGA和GTEx数据库分析SPOCD1 mRNA在ccRCC(KIRC)和正常组织中的表达;通过qRT-PCR和WB检测HK-2、A498、Caki-1、786-O细胞系中SPOCD1表达;通过IHC检测13对ccRCC组织和邻近正常组织中SPOCD1蛋白表达。

2

分析SPOCD1表达与临床病理特征的关系

探讨SPOCD1表达水平是否与ccRCC患者的临床病理参数和预后相关。

基于TCGA数据,将患者按SPOCD1表达中位数分为高低组,分析组间TNM分期、病理分期、组织学分级等差异;运用单因素和多因素Cox回归评估OS、DSS和PFI,并构建列线图预测生存概率。

3

进行GO/KEGG和GSEA富集分析

揭示SPOCD1相关基因及信号通路,探索其潜在生物学功能。

利用TCGA数据识别SPOCD1高低表达组间的差异表达基因,并进行GO和KEGG富集分析;通过GSEA鉴定SPOCD1高表达富集的信号通路。

4

评估SPOCD1表达与免疫细胞浸润的关系

探究SPOCD1表达水平是否与ccRCC中免疫细胞浸润相关。

使用ssGSEA和TIMER数据库分析24种免疫细胞浸润与SPOCD1表达的相关性;分析SPOCD1与免疫刺激分子、免疫抑制分子、趋化因子及受体表达的关系。

5

在细胞系和组织中验证SPOCD1表达

通过实验方法验证SPOCD1在ccRCC细胞系和组织中的表达水平。

采用qRT-PCR和WB检测ccRCC细胞系(A498、Caki-1、786-O)和正常肾细胞系HK-2中SPOCD1表达;采用IHC检测ccRCC和邻近正常组织中SPOCD1表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM/F-12培养基Gibco--
MEM培养基Procell--
RPMI 1640培养基Gibco--
胎牛血清HyCyte--
青霉素/链霉素Invitrogen--
EZ-press RNA纯化试剂盒EZBioscience--
Nanophotometer N50超微量分光光度计IMPLEN--
Hifair® III第一链cDNA合成SuperMix(qPCR)Yeasen Biotechnology--
ChamQ SYBR qPCR预混液Vazyme Biotech Co., Ltd.--
荧光定量PCR检测系统BIOER Technology--
SPOCD1引物Sangon--
GAPDH引物Sangon--
RIPA裂解缓冲液Beyotime--
BCA蛋白定量试剂盒GLPBIO--
超敏ECL试剂盒GLPBIO--
Vilber成像系统Vilber Lourmat--
SPOCD1抗体Proteintech22243-1-AP
GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig
柠檬酸盐缓冲液Biosharp--
牛血清白蛋白Biosharp--
SPOCD1抗体Proteintech--
链霉亲和素-生物素复合物Dako--
DAB显色剂Dako--
奥林巴斯显微镜Olympus--
SPSS 24.0软件SPSS Inc.--
ImageJ软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
数据库分析
TCGA-KIRC队列样本量(539例)、按SPOCD1表达中位数分组(高表达270例,低表达269例);GEPIA、UALCAN、TIMER、TISIDB数据库版本及查询设置
阅读提示:Methods 'Data source' 和 'Immune infiltration analysis' 小节
细胞培养
细胞系来源(ATCC)、培养基类型(DMEM/F-12、MEM、RPMI 1640)、血清和抗生素浓度(10%FBS、1%青链霉素)、培养条件(37℃,5%CO2)
阅读提示:Methods 'Cell lines and cell culture' 小节
qRT-PCR
细胞系(HK-2、A498、Caki-1、786-O)、重复数n=3、内参基因(GAPDH)、引物序列、相对定量方法(2−ΔΔCt)
阅读提示:Figure 7A 图注及 Methods 'Quantitative Real-Time (qRT-PCR)' 小节
Western blot
一抗克隆号及稀释度(SPOCD1 1:1000,GAPDH 1:50000)、蛋白上样量、转膜条件、封闭及孵育时间
阅读提示:Figure 7B 图注及 Methods 'Western blot (WB)' 小节
免疫组织化学
组织样本数(13例ccRCC及配对正常组织)、一抗稀释度(1:300)、抗原修复条件(柠檬酸盐缓冲液pH 6.0)、H-Score评分标准
阅读提示:Figure 7C 图注及 Methods 'Immunohistochemistry (IHC)' 小节