hsa-miR-140-3p与CKS1B通过MAPK/ERK通路在肺腺癌进展中的相关性多维分析

Multidimensional analysis of hsa-miR-140-3p and CKS1B correlation via the MAPK/ERK pathway in lung adenocarcinoma progression.

作者信息Kexin Luo, Meihan Liu, Yaoshu Song, Haiyang Zhao, Yuanze Cai, Shan Chen, Yumeng Lei, Daiyuan Ma, Hongpan Zhang, Yongsheng Zhao
PMID41171587
发布时间2025-10-31
DOI10.1007/s12672-025-03768-6

实验完整度

包含体外细胞实验(增殖、凋亡、迁移侵袭)、临床组织样本验证、生物信息学分析(TCGA/GEO)及信号通路机制验证,多层级证据。

主要模型

LUAD患者肿瘤组织样本 A549细胞系 H1299细胞系 B2B细胞系

重点核对

CKS1B敲低后增殖、凋亡、迁移侵袭及EMT标志物变化的具体时间点和剂量 MAPK/ERK通路磷酸化水平检测条件 TCGA/GEO数据集的样本量和分组标准 hsa-miR-140-3p相关性分析的数据库和样本量

摘要

细胞周期蛋白依赖性激酶亚基1B(CKS1B)在肺腺癌(LUAD)组织中显著上调,并与较差的临床结局相关,如较短的总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)。CKS1B高表达与晚期肿瘤分期、侵袭性病理和增加的免疫细胞浸润相关,表明其在调节肿瘤微环境和促进免疫逃逸中的作用。我们通过实时定量PCR和Western blot分析证实了LUAD细胞系中CKS1B的升高表达。使用小干扰RNA(siRNA)敲低CKS1B可减少细胞增殖,增加凋亡,并损害侵袭。此外,CKS1B敲低上调E-钙黏蛋白并下调N-钙黏蛋白,表明抑制上皮间质转化(EMT)。我们进一步证明CKS1B敲低降低了MEK和ERK的磷酸化,提示抑制MAPK/ERK信号通路。生物信息学分析显示,高水平的hsa-miR-140-3p与CKS1B表达负相关,并与更好的生存结局相关,指向一个潜在的肿瘤抑制轴。LUAD组织中CKS1B启动子甲基化降低,及其与肿瘤突变负荷(TMB)和免疫检查点表达的相关性,突显了其在肿瘤进展和对免疫治疗耐药中的作用。整合CKS1B表达与临床参数的列线图有效预测了3年和5年生存概率,为个性化风险评估提供了工具。总之,我们的发现将CKS1B定位为LUAD进展的关键因子,并提示靶向MAPK/ERK信号通路可增强免疫治疗疗效并克服化疗耐药。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
CKS1B在LUAD进展中的作用及其与hsa-miR-140-3p和MAPK/ERK通路的相关性
核心机制
CKS1B通过激活MAPK/ERK信号通路促进LUAD进展,并可能受hsa-miR-140-3p负向调控
主要证据
基于TCGA/GEO数据分析、细胞实验(敲低CKS1B影响增殖、凋亡、迁移侵袭、EMT及MEK/ERK磷酸化)和患者样本验证
研究意义
CKS1B可作为LUAD预后生物标志物和治疗靶点,靶向MAPK/ERK信号可能增强免疫治疗疗效并克服化疗耐药

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本和数据库分析

评估CKS1B在LUAD中的表达及其与临床病理特征和预后的关联

利用TCGA和GEO数据集(GSE10072, GSE19804, GSE31210)分析CKS1B表达,进行生存分析和Cox回归,构建列线图。

2

细胞系验证CKS1B表达

验证CKS1B在LUAD细胞系中的表达水平

通过qPCR和Western blot检测B2B、A549和H1299细胞中CKS1B的表达。

3

CKS1B敲低的功能研究

评估CKS1B对细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响

使用siRNA敲低CKS1B,通过CCK-8、流式细胞术、Transwell和划痕实验检测细胞功能变化。

4

机制验证:MAPK/ERK通路

验证CKS1B敲低对MAPK/ERK信号通路的影响

通过Western blot检测敲低CKS1B后p-MEK和p-ERK水平的变化。

5

免疫微环境和相关分析

分析CKS1B表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因、MSI和TMB的相关性

使用ESTIMATE、CIBERSORT等生物信息学方法分析TCGA数据。

6

hsa-miR-140-3p关联分析

探讨hsa-miR-140-3p与CKS1B表达及预后的关系

在TCGA样本中分析hsa-miR-140-3p与CKS1B的相关性,并评估其生存影响。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基GibcoC11995-500BT
胎牛血清Baidi Biotech Ltd.F801-500
青霉素-链霉素BeyotimeC0222
TRIzol试剂Thermo Fisher15596026
逆转录试剂盒Accurate BiologyAG11705
SYBR Green Pro Taq HSAccurate BiologyAG11702
CKS1B引物Sangon--
GAPDH引物Sangon--
si-CKS1B-1GenePharma--
si-CKS1B-2GenePharma--
RIPA裂解液Epizyme Biomedical TechnologyPC101
BCA蛋白定量试剂盒EpizymeZJ101
SDS上样缓冲液Epizyme--
预制胶(10-15%)EpizymePG212,
PVDF膜MilliporeIPVH00010
快速封闭液EpizymePS108P
抗CKS1B抗体AffinityDF3221
抗Tubulin抗体Proteintech66031-1-Ig
抗N-钙黏蛋白抗体AffinityAF6710
抗E-钙黏蛋白抗体AffinityBF0219
抗BAX抗体AffinityAF0120
抗BCL-2抗体AffinityAF6139
抗ERK抗体Epizyme Biomedical TechnologyR013501
抗磷酸化ERK抗体Epizyme Biomedical TechnologyR011978
抗MEK抗体Epizyme Biomedical TechnologyR013844
抗磷酸化MEK抗体Epizyme Biomedical TechnologyR012258
HRP标记二抗ProteintechSA00001-0
ECL发光液EpizymeSQ201
CCK-8试剂盒Beyotime BiotechnologyC0037
Transwell小室Corning3422
基质胶Beyotime BiotechnologyC0371-5
Annexin V-FITC/PI染色试剂盒Key GEN BiotechKGA1102-50

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养条件(温度、CO2)
阅读提示:Methods - Cell culture
基因敲低
siRNA序列、转染试剂、转染时间、敲低效率验证方法
阅读提示:Methods - RT-qPCR methodology (siRNA sequences)
Western blot
蛋白提取方法、抗体稀释比例、孵育时间、曝光条件
阅读提示:Methods - Western blot analysis
qRT-PCR
引物序列、PCR条件、内参基因、相对定量方法
阅读提示:Methods - RT-qPCR methodology
细胞功能实验
CCK-8细胞数、孵育时间;Transwell细胞数、迁移/侵袭时间;划痕法血清浓度、观察时间
阅读提示:Methods - Cell viability assay, Transwell migration and invasion assay, Cell scratch assay
凋亡分析
Annexin V和PI用量、孵育时间、流式细胞仪设置、事件数
阅读提示:Methods - Flow cytometry analysis of apoptosis