临床样本和数据库分析
评估CKS1B在LUAD中的表达及其与临床病理特征和预后的关联
利用TCGA和GEO数据集(GSE10072, GSE19804, GSE31210)分析CKS1B表达,进行生存分析和Cox回归,构建列线图。
Multidimensional analysis of hsa-miR-140-3p and CKS1B correlation via the MAPK/ERK pathway in lung adenocarcinoma progression.
包含体外细胞实验(增殖、凋亡、迁移侵袭)、临床组织样本验证、生物信息学分析(TCGA/GEO)及信号通路机制验证,多层级证据。
LUAD患者肿瘤组织样本 A549细胞系 H1299细胞系 B2B细胞系
CKS1B敲低后增殖、凋亡、迁移侵袭及EMT标志物变化的具体时间点和剂量 MAPK/ERK通路磷酸化水平检测条件 TCGA/GEO数据集的样本量和分组标准 hsa-miR-140-3p相关性分析的数据库和样本量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CKS1B在LUAD中的表达及其与临床病理特征和预后的关联
利用TCGA和GEO数据集(GSE10072, GSE19804, GSE31210)分析CKS1B表达,进行生存分析和Cox回归,构建列线图。
验证CKS1B在LUAD细胞系中的表达水平
通过qPCR和Western blot检测B2B、A549和H1299细胞中CKS1B的表达。
评估CKS1B对细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响
使用siRNA敲低CKS1B,通过CCK-8、流式细胞术、Transwell和划痕实验检测细胞功能变化。
验证CKS1B敲低对MAPK/ERK信号通路的影响
通过Western blot检测敲低CKS1B后p-MEK和p-ERK水平的变化。
分析CKS1B表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因、MSI和TMB的相关性
使用ESTIMATE、CIBERSORT等生物信息学方法分析TCGA数据。
探讨hsa-miR-140-3p与CKS1B表达及预后的关系
在TCGA样本中分析hsa-miR-140-3p与CKS1B的相关性,并评估其生存影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995-500BT |
| 胎牛血清 | Baidi Biotech Ltd. | F801-500 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11705 |
| qPCR | SYBR Green Pro Taq HS | Accurate Biology | AG11702 |
| CKS1B引物 | Sangon | -- | |
| GAPDH引物 | Sangon | -- | |
| 基因敲低 | si-CKS1B-1 | GenePharma | -- |
| si-CKS1B-2 | GenePharma | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Epizyme Biomedical Technology | PC101 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme | ZJ101 |
| SDS-PAGE | SDS上样缓冲液 | Epizyme | -- |
| 预制胶(10-15%) | Epizyme | PG212, | |
| 转膜 | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 封闭 | 快速封闭液 | Epizyme | PS108P |
| Western blot | 抗CKS1B抗体 | Affinity | DF3221 |
| 抗Tubulin抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF6710 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | BF0219 | |
| 抗BAX抗体 | Affinity | AF0120 | |
| 抗BCL-2抗体 | Affinity | AF6139 | |
| 抗ERK抗体 | Epizyme Biomedical Technology | R013501 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Epizyme Biomedical Technology | R011978 | |
| 抗MEK抗体 | Epizyme Biomedical Technology | R013844 | |
| 抗磷酸化MEK抗体 | Epizyme Biomedical Technology | R012258 | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001-0 | |
| ECL发光液 | Epizyme | SQ201 | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0037 |
| 迁移侵袭 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 侵袭实验 | 基质胶 | Beyotime Biotechnology | C0371-5 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI染色试剂盒 | Key GEN Biotech | KGA1102-50 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养条件(温度、CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 基因敲低 | siRNA序列、转染试剂、转染时间、敲低效率验证方法 阅读提示:Methods - RT-qPCR methodology (siRNA sequences) |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、孵育时间、曝光条件 阅读提示:Methods - Western blot analysis |
| qRT-PCR | 引物序列、PCR条件、内参基因、相对定量方法 阅读提示:Methods - RT-qPCR methodology |
| 细胞功能实验 | CCK-8细胞数、孵育时间;Transwell细胞数、迁移/侵袭时间;划痕法血清浓度、观察时间 阅读提示:Methods - Cell viability assay, Transwell migration and invasion assay, Cell scratch assay |
| 凋亡分析 | Annexin V和PI用量、孵育时间、流式细胞仪设置、事件数 阅读提示:Methods - Flow cytometry analysis of apoptosis |