生物信息学筛选候选基因
识别与神经病理性疼痛和脊髓损伤相关的共享基因。
利用SMR和HEIDI分析GWAS和eQTL数据,WGCNA分析GEO数据集,机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、RF)筛选核心基因。
Exploring the role of cytochrome P450 family 1 subfamily B member 1 and quercetin in modulating neuropathic pain after spinal cord injury.
研究包含生物信息学分析(SMR、WGCNA、机器学习、分子对接)和体外细胞实验及体内动物模型验证,但体内实验主要依赖行为学和蛋白表达检测,缺乏功能缺失或过表达的直接操作验证。
小鼠脊髓损伤模型 NRK-49F大鼠成纤维细胞系
小鼠品系:C57BL/6J雄性,6-8周龄 SCI模型:T9节段挫伤,撞击速度1.5 m/sec,深度0.2 mm,停留0.5秒 Que给药:腹腔注射7.5 mg/kg,每日两次,持续14天 细胞实验:NRK-49F细胞,TGF-β(10 ng/ml)激活,Que(10 µmol/ml)处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与神经病理性疼痛和脊髓损伤相关的共享基因。
利用SMR和HEIDI分析GWAS和eQTL数据,WGCNA分析GEO数据集,机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、RF)筛选核心基因。
评估槲皮素与CYP1B1的结合亲和力和稳定性。
使用AutoDock进行分子对接,计算结合能;使用GROMACS进行40纳秒MD模拟,分析RMSD、RMSF、Rg等指标。
验证CYP1B1在SCI后的表达变化及槲皮素的治疗效果。
建立小鼠SCI模型,分组为SHAM、SCI和SCI+Que,每天两次腹腔注射Que(7.5 mg/kg)14天,评估机械和热痛阈值、运动功能,并检测脊髓组织中CYP1B1表达。
验证TGF-β激活成纤维细胞中CYP1B1和纤维连接蛋白的表达,以及槲皮素的抑制作用。
使用NRK-49F细胞,分别处理TGF-β(10 ng/ml)和TGF-β+Que(10 µmol/ml)24小时,检测CYP1B1和Fn蛋白及mRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物麻醉 | 阿佛丁(三溴乙醇) | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | 75-80-9 |
| 动物抗生素处理 | 头孢噻肟 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | 64485-93-4 |
| 动物药物处理 | 槲皮素 | MedChemExpress | hy-18085 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Shanghai ExCell Biology, Inc. | FSP500 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 转化生长因子-β | -- | -- |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 23227 | |
| CYP1B1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 18505-1-AP | |
| 纤连蛋白抗体 | Abcam | ab2413 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 1E6D9 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab205718 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150113 | |
| ECL化学发光HRP底物 | Bioworld Technology, Inc. | BLH01S100 | |
| 化学发光成像系统 | Tanon Science and Technology Co., Ltd. | TANON-5200 | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Biosharp Life Sciences | bs258A |
| HiScript II Q RT SuperMix qPCR试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | R222-01 | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | Q711-02 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | 9036-19-5 |
| 山羊血清封闭液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| PDGF-D抗体 | Proteintech Group, Inc. | 14075-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG H&L | Abcam | ab150080 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | F6057 | |
| 荧光显微镜 | Olympus Corporation | -- | |
| 动物行为学 | Von Frey纤毛测试仪 | KEW BASIS; Nanjing Calvin Biotechnology Co., Ltd. | KW-CT-1 |
| 足底测试(Hargreaves法) | IITC, Inc. | 390G | |
| 细胞系 | NRK-49F | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-0854 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型构建 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;麻醉方式(Avertin 250 mg/kg);手术节段(T9挫伤);撞击参数(速度1.5 m/sec,深度0.2 mm,时间0.5秒);术后护理(膀胱挤压、抗生素)。 阅读提示:材料方法:Construction of the SCI model |
| 药物干预 | Que剂量(7.5 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)、频率(每日两次)、持续时间(14天);对照组设置。 阅读提示:材料方法:Construction of the SCI model |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(NRK-49F)、培养条件(DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素,37°C,5%CO2);密度(2×10^5 cells/ml);诱导剂TGF-β浓度(10 ng/ml);Que浓度(10 µmol/ml);处理时间(24小时)。 阅读提示:材料方法:Cell culture |
| Western blot检测 | 蛋白提取使用的裂解液和蛋白酶抑制剂;BCA定量;抗体稀释比例;孵育时间和温度;ECL底物和成像系统。 阅读提示:材料方法:Western blotting |
| RT-qPCR检测 | RNA提取和cDNA合成条件;qPCR循环参数;内参基因(GAPDH);引物序列(表SI)。 阅读提示:材料方法:Reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR) |
| 行为学评估 | 机械性 withdrawal 阈值(MWT)和热性 withdrawal 潜伏期(TWL)的测量方法;测试时间点(术后14天);BMS评分时间点。 阅读提示:材料方法:Construction of the SCI model |