数据获取与差异表达分析
识别喉鳞状细胞癌中类泛素化相关差异表达基因
从Reactome数据库获取246个NRGs,从TCGA获取115例LSCC患者的转录组数据,使用DESeq2进行差异表达分析,筛选出79个NRG-DEGs。
Screening and regulatory mechanisms of biomarkers related to neddylation in laryngeal squamous cell carcinoma.
包含生信分析(差异表达、预后模型、免疫浸润)和体外细胞实验(沉默WSB2验证功能),但缺乏体内实验及机制深入验证。
喉鳞状细胞癌组织样本(TCGA-HNSC,115例) TU-138细胞系 TR-LCC-1细胞系 HaCaT细胞系
NRGs筛选阈值:|log2FC|>0.5且P.adj<0.05 预后模型构建:LASSO回归,λ.min=-5.548,风险评分公式 风险分层临界值:风险评分=0.8155 细胞实验:siRNA转染(si-WSB2),浓度未明确 体外功能实验:CCK-8、克隆形成、划痕、Transwell
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别喉鳞状细胞癌中类泛素化相关差异表达基因
从Reactome数据库获取246个NRGs,从TCGA获取115例LSCC患者的转录组数据,使用DESeq2进行差异表达分析,筛选出79个NRG-DEGs。
构建基于类泛素化相关基因的预后风险模型并验证其预测能力
采用单因素Cox回归和LASSO回归筛选预后基因,建立风险评分模型,并通过Kaplan-Meier、ROC和列线图评估模型性能。
探讨风险模型与免疫细胞浸润及药物敏感性的关系
使用ssGSEA评估免疫细胞浸润,分析高风险与低风险组的差异;利用pRRophetic预测药物IC50。
预测调控预后基因的miRNA并验证其表达
利用miRTarBase和miRDB等数据库预测共同miRNA,通过ENCORI数据库及qRT-PCR验证miRNA表达,并通过荧光素酶报告基因验证靶向关系。
验证关键基因WSB2对LSCC细胞恶性行为的影响
通过siRNA沉默WSB2,检测细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | Xiamen Immocell Biotechnology Co., Ltd. | IMC-202-2 | |
| 胎牛血清 | Shanghai Basal Media | S615JY | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体3000 | Invitrogen | L3000015 |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | E2920 |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Abclonal | RM02823 |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Servicebio | G1014-50ML |
| 实时荧光定量PCR | RNAiso Easy | Takara | TCH022 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047Q | |
| SYBR Green | Abclonal | RK21203 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Abclonal | RM02916 | |
| 蛋白质定量 | BCA法 | Beyotime | P0009 |
| 蛋白质印迹 | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | HVHP01300 |
| 抗WSB2抗体 | Sangon | D123580 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | A19056 | |
| 抗兔抗体 | Abclonal | AS014 | |
| ECL发光试剂 | Sangon | C500044 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与差异表达分析 | 数据库版本、样本数量、差异表达阈值 阅读提示:Materials and methods: Data sources, Differential expression gene analysis |
| 预后风险模型构建 | 训练集和验证集划分比例、LASSO参数、风险评分公式 阅读提示:Materials and methods: Construction of the risk score model; Results |
| 免疫微环境与药物敏感性分析 | ssGSEA算法、免疫细胞类型、药物列表 阅读提示:Materials and methods: Immune microenvironment analysis, Drug sensitivity exploration |
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基、转染试剂及浓度、转染时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、培养时间、检测时间点 阅读提示:Materials and methods: Cell viability, Colony formation assay, Wound healing assay, Transwell assay |