网络药理学预测靶点
预测quercetagitrin治疗AD的潜在靶点。
利用GeneCards、TTD、DisGeNET等数据库获取AD相关靶点,并通过SwissTargetPrediction等预测化合物靶点,取交集得到潜在治疗靶点,并通过PPI网络和GO/KEGG富集分析。
Quercetagitrin Ameliorates Alzheimer-Like Pathologies Associated with TNFα/NFκB Pathway in APP/PS1 Mice.
包含网络药理学预测、分子对接验证、体内行为学及病理学检测、体外Aβ聚集抑制实验,多个独立证据层级并含机制验证。
APP/PS1转基因小鼠 C57BL/6小鼠 体外Aβ聚集体系(Aβ1-42肽)
quercetagitrin给药浓度:10 μg/mL,溶解于含0.05% DMSO的饮用水中 给药周期:6月龄至9月龄,共3个月 动物分组:C57BL/6、APP/PS1-vehicle、APP/PS1-quercetagitrin,每组10只,雌雄各半 行为学测试:旷场、新物体识别、新位置识别、Y迷宫、Morris水迷宫 分子靶点验证:TNFα,经网络药理学预测和分子对接验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测quercetagitrin治疗AD的潜在靶点。
利用GeneCards、TTD、DisGeNET等数据库获取AD相关靶点,并通过SwissTargetPrediction等预测化合物靶点,取交集得到潜在治疗靶点,并通过PPI网络和GO/KEGG富集分析。
验证quercetagitrin与预测靶点的直接结合能力。
使用AutoDock Tools进行半柔性和柔性分子对接,计算结合能。
评估quercetagitrin对APP/PS1小鼠认知功能、Aβ病理和神经炎症的影响。
对6月龄APP/PS1小鼠给予quercetagitrin(10 μg/mL,溶于饮用水)3个月,然后进行行为学测试(旷场、新物体识别、新位置识别、Y迷宫、水迷宫),并取材进行Western blot、ThS染色、免疫组化和免疫荧光检测。
验证quercetagitrin是否直接抑制Aβ聚集。
将Aβ1-42肽与不同浓度quercetagitrin(0、20、40 μM)在PBS中混合,37℃孵育48小时,通过ThT荧光和TEM检测纤维形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 槲皮素万寿菊苷 | MedChemExpress | HY-N4150 |
| 动物麻醉 | 水合氯醛 | Macklin | C875281 |
| 组织脱水 | 蔗糖 | Macklin | S818046 |
| 组织处理 | 磷酸盐缓冲液 | Pricella | PB180327 |
| 组织包埋 | OCT包埋剂 | GOLab | 4583 |
| 组织切片 | Leica CM1950切片机 | Leica | -- |
| 蛋白提取 | 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Thermo Scientific | 78440 |
| RIPA裂解液 | Beyotime | p0013b | |
| 蛋白定量 | BCA分析试剂盒 | Beyotime | p0009 |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | pg112-113 |
| 封闭液 | Beyotime | p0252 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Protein Tech | 66009-1-Ig | |
| sAPPα抗体 | Immuno-Biological Laboratories | 11088 | |
| sAPPβ抗体 | Immuno-Biological Laboratories | 10321 | |
| BACE1抗体 | Abcam | ab108394 | |
| PSD95抗体 | Cell Signaling Technology | 36233S | |
| 突触素抗体 | Selleckchem | F1215 | |
| 微管蛋白抗体 | Starter | S0B0004 | |
| TNFα抗体 | Cell Signaling Technology | 11948S | |
| iNOS抗体 | Cell Signaling Technology | 13120S | |
| COX-2抗体 | Cell Signaling Technology | 12282S | |
| NFκB抗体 | Abcam | ab76302 | |
| p-NFκB(S468)抗体 | Cell Signaling Technology | 3039S | |
| p-NFκB(S536)抗体 | Cell Signaling Technology | 3033S | |
| 增强化学发光试剂盒 | Beyotime | P0018FM | |
| ThS染色 | 硫黄素S | -- | -- |
| 免疫组化 | 6E10抗体 | BioLegend | 803001 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | p0096 |
| DAPI | Beyotime | c1002 | |
| ThT荧光检测 | Aβ1-42肽 | ChinaPeptides | -- |
| 硫黄素T | -- | -- | |
| 酶标仪 | Biotek | Synergy | |
| TEM | 碳包覆铜网 | EMCN | BZ1102 |
| 透射电子显微镜 | JEOL | JEM1230 | |
| 荧光显微镜 | 荧光显微镜 | Olympus | BX53 |
| 病理切片扫描 | 病理切片扫描仪 | Leica | Aperio |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 药物处理 | quercetagitrin浓度:10 μg/mL;溶剂:0.05% DMSO;给药方式:饮水;给药周期:6至9月龄 阅读提示:见Materials and Methods 2.5 Animals and Drug Treatment |
| 行为学测试 | 旷场、新物体识别、新位置识别、Y迷宫、水迷宫的实验参数和条件 阅读提示:见Materials and Methods 2.6-2.10及Figure legends |
| 组织学检测 | ThS染色、免疫组化、免疫荧光的抗体浓度、孵育时间、成像条件 阅读提示:见Materials and Methods 2.14-2.16 |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、内参选择 阅读提示:见Materials and Methods 2.12-2.13及Figure legends |
| 体外Aβ聚集实验 | Aβ浓度(40 μM)、ThT浓度(5 μM)、quercetagitrin浓度(0、20、40 μM)、孵育条件(37℃,48小时) 阅读提示:见Materials and Methods 2.17-2.18 |