G-GEB制备与提取
获得姜制天麻药材及其提取物,用于后续药效和成分分析
天麻饮片用姜汁闷润2小时后,在150℃下与20 mL姜汁炒制7分钟制备G-GEB;GEB和G-GEB粉末用50%乙醇回流提取两次,合并滤液浓缩冻干。
Parishin E from ginger-processed Gastrodia elata Bl. alleviates rheumatoid arthritis by regulating histone 3 lactylation at H3K18la and H3K27la sites.
包含CFA诱导的AIA大鼠模型、RAW264.7细胞炎症模型,以及植物/血浆代谢组学、转录组学、GC-MS代谢组学、Western blot、分子对接等多层级验证,并进行了功能验证和机制研究。
Sprague-Dawley (SD)大鼠CFA诱导的佐剂性关节炎(AIA)模型 RAW264.7小鼠巨噬细胞系(LPS诱导的炎症模型)
G-GEB剂量为201.39 mg/kg/day(高剂量),连续给药28天 RAW264.7细胞LPS刺激浓度为1 μg/mL PE处理浓度为32 μM(体外实验) 分子对接预测PE与SIRT6的结合能为-8.4 kcal/mol 实验重复次数:体内实验每组n=6,体外实验重复3次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得姜制天麻药材及其提取物,用于后续药效和成分分析
天麻饮片用姜汁闷润2小时后,在150℃下与20 mL姜汁炒制7分钟制备G-GEB;GEB和G-GEB粉末用50%乙醇回流提取两次,合并滤液浓缩冻干。
在体内验证G-GEB对类风湿关节炎的治疗效果
42只雄性SD大鼠随机分为7组(n=6),除对照组外,所有大鼠在第0天于左后爪皮下注射0.1 mL CFA诱导AIA模型。第7天开始给药,MTX组口服0.2 mg/kg甲氨蝶呤,每周三次;GEB和G-GEB组分别灌胃相应剂量的提取物,每天一次,连续28天。通过测量体重、足趾肿胀、关节炎评分、胸腺和脾脏指数以及组织病理学染色评估疗效。
比较GEB和G-GEB的化学成分差异,识别加工后含量显著变化的化合物
对GEB和G-GEB样本进行非靶向代谢组学分析,使用UPLC-QE-HF高分辨质谱仪检测,通过PCA、OPLS-DA等多元统计分析和数据库比对鉴定差异化合物。
鉴定G-GEB给药后大鼠血浆中的原型成分和代谢物,确定体内暴露的关键活性成分
SD大鼠灌胃G-GEB乙醇提取物(201.39 mg/kg/day)7天,收集血浆,经蛋白沉淀处理后进行UPLC-QE-MS分析,通过数据库比对鉴定血浆中的化学成分。
评估PE对RAW264.7细胞的毒性,确定后续实验的安全浓度范围
将RAW264.7细胞以每孔5000个接种于96孔板,用不同浓度PE (1-256 μM)处理24小时,然后加入CCK-8试剂孵育3小时,在450 nm处测量吸光度。
验证PE对LPS诱导的RAW264.7细胞炎症反应的抑制作用
用LPS刺激RAW264.7细胞建立炎症模型,并用不同浓度PE (8,16,32 μM)处理。通过观察细胞形态、免疫荧光检测M1标志物(CD86, iNOS)、RT-PCR检测炎症因子基因表达、Western blot检测炎症相关蛋白表达。
揭示PE对LPS刺激的RAW264.7细胞基因表达谱的影响,特别是与糖酵解相关的通路
提取对照组、LPS组、LPS+PE组的RAW264.7细胞RNA,进行转录组测序(BGISEQ-500平台),分析差异表达基因、GO富集和GSEA通路富集。
分析PE对LPS刺激的RAW264.7细胞代谢谱的影响,特别是糖酵解相关代谢物
用LPS和PE处理细胞24小时,提取细胞内代谢物,通过GC-MS检测,并使用PCA、PLS-DA、OPLS-DA等多元统计分析和KEGG通路富集分析。
验证PE对糖酵解通路关键酶表达的影响
通过RT-PCR和Western blot检测LPS和PE处理细胞中GLUT1, HK2, PKM2, LDHA的mRNA和蛋白表达水平。
检测PE对组蛋白乳酸化修饰的影响,特别是H3K18la和H3K27la
通过Western blot检测总蛋白乳酸化水平(Pan Kla)、核组蛋白乳酸化水平及特定位点(H3K18la, H3K27la),并使用In-cell Western验证。
预测并验证PE与乳酸化修饰相关酶的相互作用,确定关键靶点
使用AutoDock Vina分子对接预测PE与25种乙酰转移酶/去乙酰化酶的结合能力,筛选出结合最强的酶。通过Western blot检测LPS和PE处理后相关酶的表达变化,并使用免疫荧光验证SIRT6的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | Parishin E | ProSpec Bio-Tech Co., Ltd. | 952068-57-4 |
| 甲氨蝶呤 | ProSpec Bio-Tech Co., Ltd. | 498-02-2 | |
| 细胞炎症模型诱导 | 脂多糖 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 动物模型诱导 | 完全弗氏佐剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | HRP标记的山羊抗小鼠IgG (H+L) | Solarbio | SE131 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Solarbio | SE134 | |
| IL-6抗体 | Proteintech | IL6-b | |
| TNF-α抗体 | ABclonal | A20851 | |
| MMP1抗体 | Boster Bio | PB0764 | |
| MMP9抗体 | Boster Bio | BM4089 | |
| MMP13抗体 | Abcam | ab315267 | |
| GLUT1抗体 | WanLeiBio | WL01163 | |
| HK2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| PKM2抗体 | Proteintech | 15822-1-AP | |
| LDHA抗体 | Beyotime | AF0216 | |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-158 | |
| H3K27la抗体 | PTM BIO | PTM-160 | |
| Pan Kla抗体 | PTM BIO | PTM-1425 | |
| β-Actin抗体 | Solarbio | K101527P | |
| Histone H3抗体 | PTM BIO | PTM-312 | |
| SIRT6抗体 | ZenBio | AR381408 | |
| HDAC1抗体 | ZenBio | R24533 | |
| SIRT1抗体 | Zen Bio | R25721 | |
| SIRT2抗体 | Zen Bio | R25722 | |
| SIRT7抗体 | Proteintech | 12994-1-AP | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | 164210-50 |
| 胎牛血清 | Pricella | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| Beyotime试剂盒 | Beyotime | -- | |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-PCR | 逆转录试剂盒 | Vazyme Biotech | -- |
| In-cell western | Cell Label 700 Staining ICW试剂盒 | Gene Company | 926-42091 |
| 代谢组学分析 | Waters ACQUITY UPLC I-Class plus超高效液相色谱 | Waters | -- |
| Thermo-QE-HF高分辨质谱仪 | Thermo | -- | |
| ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| GC-MS分析 | Trace 1300 气相色谱-质谱联用仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| CCK-8检测 | 酶标仪 | BioTek | -- |
| RNA-seq | BGISEQ-500测序平台 | BGI Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AIA大鼠模型建立与给药 | SD大鼠品系、体重(180±20g)、CFA注射剂量(0.1 mL)和部位(左后爪)、给药方案(剂量、频率、时长) 阅读提示:Materials and Methods:Construction and treatment of CFA-Induced Adjuvant Arthritis (AIA) in rats |
| 体外细胞炎症模型 | RAW264.7细胞来源、LPS浓度(1 μg/mL)、PE处理浓度(8,16,32 μM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods:Cell culture、Cell viability of RAW264.7 cells was detected by the CCK-8 method;Results:PE significantly inhibits LPS-induced inflammatory response |
| Western blot分析 | 一抗和对应二抗的稀释比例、抗体来源和货号、蛋白上样量、封闭条件(5%脱脂牛奶,2小时)、抗体孵育时间和温度 阅读提示:Materials and Methods:Western blotting assay |
| RT-PCR分析 | 引物序列、RNA提取方法、逆转录反应条件、qPCR反应条件(循环参数) 阅读提示:Materials and Methods:Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR)、Table 1 |
| 分子对接 | 软件版本(AutoDock Vina)、蛋白和配体结构来源、结合能阈值(-8.4 kcal/mol) 阅读提示:Results:PE attenuates cellular inflammation and ameliorates RA in vitro model systems by modulating SIRT6-mediated H3K18la and H3K27la |