单细胞分析揭示转移性葡萄膜黑色素瘤中胆固醇代谢失调并提示SLC45A2在其预后中的作用

Single-cell profiling deciphering cholesterol metabolism dysregulation in metastatic uveal melanoma and implicating SLC45A2 in its prognosis.

作者信息Yiming Zhou, Yuan Cao, Zhaohui Li, Xinlan Lei, Qiao Gao, Wen Yao, Jian Guan, Guojing Lu, Haiyu Deng, Lanyue Zhang, Xiaoxi Deng, Zhen Chen, Yiqiao Xing
PMID41103423
发布时间2025-10-01
DOI10.3389/fimmu.2025.1660268

实验完整度

中

包含生物信息学分析(单细胞、细胞通讯、GSEA、Cox回归)及体外细胞实验(siRNA敲低、qPCR、Western blot、划痕、克隆形成),但缺乏体内模型和临床样本验证。

主要模型

人转移性葡萄膜黑色素瘤细胞系C918 人转移性葡萄膜黑色素瘤细胞系MuM2B GSE139829单细胞数据集(含原发和转移样本)

重点核对

单细胞数据来源:GEO GSE139829(9例原发,2例转移) 胆固醇代谢评分算法:AUCell, UCell, Singscore, ssGSEA, AddModuleScore SLC45A2敲低细胞系:C918和MuM2B,siRNA转染浓度及时间:2.5*10^5 cells/well,24h后转染 功能实验:划痕实验(0h, 3h, 6h)和克隆形成实验(结晶紫染色) 统计分析:P<0.05为显著性阈值

摘要

引言:葡萄膜黑色素瘤(UM)是成人中最常见的原发性眼内恶性肿瘤,具有高转移潜力,主要转移至肝脏。UM具有独特的分子驱动因素,如GNAQ/GNA11突变,以及独特的免疫微环境。尽管如此,关于脂质和胆固醇代谢在UM发生发展中的相关性及潜在机制的研究却很少。方法:采用单细胞数据分析和细胞通讯分析来研究胆固醇代谢在UM中的作用及其与细胞间通讯和肿瘤免疫的关系。UM的单细胞数据从GEO数据库获取并使用R软件进行分析。使用人转移性葡萄膜黑色素瘤细胞系C918和MuM2B在体外验证与胆固醇代谢相关的关键基因。结果:单细胞分析揭示了原发性和转移性UM样本中的细胞异质性。转移性UM肿瘤细胞的胆固醇代谢评分显著低于原发性肿瘤细胞。细胞间通讯分析表明,Cho-high组表现出显著更高的通讯数量和强度。发现APP-CD74通路在Cho-high组中具有相对较高的 outgoing 配体-受体通讯。GSEA分析发现mTORC1信号通路和氧化磷酸化通路与UM数据集中黑色素瘤细胞的胆固醇代谢评分相关。通过相关分析和Cox回归,在TCGA-UVM数据集和GSE84976中鉴定出基因SLC45A2与总生存期相关。体外实验表明,SLC45A2敲低减弱了葡萄膜黑色素瘤细胞的转移和增殖能力。结论:总体而言,本研究提供了UM中胆固醇代谢的首次单细胞水平研究,并确定SLC45A2作为通过调节胆固醇代谢影响UM进展的潜在关键基因。这些发现为胆固醇代谢在UM中的作用提供了新的视角,并为未来的临床应用奠定了基础。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
胆固醇代谢在葡萄膜黑色素瘤发生发展中的作用及其与预后的关系如何?
核心机制
SLC45A2通过调节胆固醇代谢(可能涉及mTORC1和氧化磷酸化通路)影响UM进展。
主要证据
单细胞分析显示转移性UM细胞胆固醇代谢评分降低;细胞通讯分析显示Cho-high组通讯增强;SLC45A2敲低体外实验显示迁移和增殖能力减弱(划痕和克隆形成实验)。
研究意义
首次在单细胞水平揭示UM中胆固醇代谢特征,并提示SLC45A2作为潜在预后标志物和治疗靶点,为未来临床应用奠定基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组数据整合与细胞分群

描绘UM微环境的细胞组成和异质性。

从GSE139829获取11个UM样本的单细胞数据,使用harmony整合,基于标记基因鉴定细胞类型。

2

胆固醇代谢评分

量化不同细胞类型和样本的胆固醇代谢活性。

使用五种算法(AUCell, UCell, Singscore, ssGSEA, AddModuleScore)对每个细胞进行胆固醇代谢基因集评分。

3

细胞间通讯分析

比较胆固醇代谢高分组和低分组的细胞通讯差异。

根据中位评分将细胞分为Cho-high和Cho-low组,使用CellChat进行通讯分析,并比较配体-受体对。

4

关键基因筛选与生存分析

鉴定与胆固醇代谢相关且影响预后的基因。

通过差异表达分析(log2FC>2, P<10^-5)和相关性分析(top 500基因)筛选候选基因,再进行Cox回归分析。

5

体外功能验证

验证SLC45A2对UM细胞迁移和增殖的影响。

在C918和MuM2B细胞中敲低SLC45A2(siRNA),通过qRT-PCR和Western blot验证敲低效率,然后进行划痕实验和克隆形成实验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI-1640培养基----
胎牛血清----
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen--
si-SLC45A2Tsingke Biotechnology--
si-NC(对照siRNA)Tsingke Biotechnology--
SLC45A2抗体Proteintech10453-1-AP

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞数据处理和基因集评分
数据来源(GSE139829)、样本分组(9原发,2转移)、评分算法(五种)参数、基因集版本
阅读提示:Methods 2.1-2.2
细胞通讯分析
CellChat参数设置、分组阈值(中位评分)
阅读提示:Methods 2.3
体外细胞实验
细胞系来源(C918, MuM2B)、培养基(RPMI-1640+10% FBS)、细胞接种密度(2.5*10^5/孔)、转染试剂及用量、siRNA序列
阅读提示:Methods 2.5
qRT-PCR和Western blot
引物序列(Supplementary Table S3)、抗体信息(Proteintech, Cat#10453-1-AP)、内参基因
阅读提示:Methods 2.5,Supplementary Table S3
划痕实验和克隆形成
划痕时间点(0h, 3h, 6h)、克隆形成培养时间、结晶紫染色步骤
阅读提示:Results 3.5,Figure 4