网络药理学与分子对接预测靶点
识别WGX50治疗放射性肠炎的潜在分子靶点。
利用SwissTargetPrediction预测WGX50靶点,通过GeneCards等数据库获取疾病靶点,取交集后构建PPI网络,筛选核心基因EGFR和CASP3,并进行分子对接和分子动力学模拟。
WGX50 attenuates radiation enteritis by targeting ferroptosis and redox homeostasis via EGFR.
研究包含体外细胞实验(HIEC6/NCM460)和体内小鼠模型,涉及多层级验证,包括分子对接、SPR、Western blot、转录组测序和16S rRNA测序,并包含功能验证和机制验证。
人小肠上皮细胞HIEC6 人结肠上皮细胞NCM460 C57BL/6小鼠放射性肠炎模型(腹部照射)
细胞实验中WGX50处理浓度20 μM,照射剂量6 Gy 动物实验中WGX50给药剂量28 mg/kg/天,照射剂量13 Gy 动物模型采用部分腹部照射(PBI),照射野约2.5 cm×1.5 cm 体外集落形成实验照射剂量梯度0/2/4/6 Gy 动物实验每组n=5,部分分析每组n=3
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别WGX50治疗放射性肠炎的潜在分子靶点。
利用SwissTargetPrediction预测WGX50靶点,通过GeneCards等数据库获取疾病靶点,取交集后构建PPI网络,筛选核心基因EGFR和CASP3,并进行分子对接和分子动力学模拟。
确定WGX50对肠道上皮细胞的无毒有效浓度。
使用CCK-8检测不同浓度WGX50处理后细胞活力,评估ROS水平和凋亡率。
评估WGX50长期给药对小鼠的毒性。
小鼠口服WGX50(28 mg/kg/天)4周或(28/56 mg/kg/天)6周,观察一般状态、体重、血液学、生化及组织病理学。
验证WGX50对辐射诱导细胞损伤的保护作用。
细胞经6 Gy照射后,检测增殖(CCK-8)、集落形成能力、凋亡(Annexin V/PI)、ROS水平及线粒体膜电位。
验证WGX50对小鼠放射性肠炎的保护作用。
小鼠在照射前3周给予WGX50,接受13 Gy腹部照射后观察体重变化、肠道大体形态、组织病理学(H&E)和隐窝存活。
评估WGX50对辐射诱导氧化应激和炎症的影响。
检测细胞ROS水平(免疫荧光、流式)、组织iNOS和Ki67表达、结肠组织中氧化产物和炎症因子水平(ELISA)。
探索WGX50保护作用的分子机制。
对结肠组织进行转录组测序,分析差异表达基因、GSEA富集分析,并验证EGFR-SLC7A11-GPX4通路。
评估WGX50对杯状细胞和黏蛋白分泌的影响。
通过PAS染色和免疫组化检测MUC2、CLCA1表达,评估杯状细胞数量和形态。
评估WGX50对放射性肠炎小鼠肠道菌群的影响。
收集粪便样本,提取DNA,扩增16S rRNA V3-V4区,测序并进行生物信息学分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 照射处理 | Faxitron MultiRad 225小动物辐照仪 | Faxitron | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Beyotime | -- |
| 酶标仪 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| DCFH-DA荧光探针 | -- | -- | |
| 流式分析 | CellROX™ Green探针 | ThermoFisher Scientific | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI双染试剂盒 | Beyotime | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染色试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Servicebio | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| GAPDH抗体 | Abcam | -- | |
| SLC7A11抗体 | Zenbio | -- | |
| GPX4抗体 | Huabio | -- | |
| EGFR抗体 | abmart | -- | |
| p-EGFR抗体 | abmart | -- | |
| β-actin抗体 | Abcam | -- | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Abcam | -- | |
| ECL底物 | -- | -- | |
| 组织学分析 | 伊红 | -- | -- |
| PAS染色 | 雪夫试剂 | -- | -- |
| 免疫组化 | iNOS抗体 | Zenbio | -- |
| Ki67抗体 | Abiowell | -- | |
| EGFR抗体 | Abiowell | -- | |
| SLC7A11抗体 | Abiowell | -- | |
| GPX4抗体 | Abiowell | -- | |
| CLCA1抗体 | Abiowell | -- | |
| MUC2抗体 | Abiowell | -- | |
| 抗兔IgG-HRP二抗 | -- | -- | |
| 组织学分析 | 全景扫描仪 | 3D HISTECH | -- |
| ELISA | 炎症因子和过氧化物ELISA试剂盒 | Enzyme-linked Biotechnology | -- |
| 16S rRNA测序 | DNA提取试剂盒D4015 | Omega Bio-Tek | D4015 |
| TruSeq® DNA PCR-Free样本制备试剂盒 | Illumina | FC-121-3001 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| SPR分析 | Biacore 8K仪器 | GE Healthcare | -- |
| CM5传感芯片 | Cytiva | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞实验 | 细胞系(HIEC6、NCM460),培养条件(RPMI-1640、10% FBS、1%青霉素-链霉素、37°C、5% CO2),WGX50浓度(20 μM),照射剂量(6 Gy,剂量率300 cGy/min),处理时间(照射前24 h),检测时间点(24、48 h),重复数(n=3) 阅读提示:Methods: Cell, animal, and reagent sources; Radiation treatment; CCK-8 assay; Colony formation assay; Immunofluorescence; Flow cytometric analysis |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6,6周龄,平均体重20 g),饲养条件(SPF级),WGX50剂量(28 mg/kg/天),给药途径(口服灌胃),照射剂量(13 Gy),剂量率(150 cGy/min),照射方式(腹部照射,屏蔽头和四肢),照射野大小(约2.5 cm×1.5 cm),每组样本量(n=5),照射后观察时间(7天) 阅读提示:Methods: Animal experiment; Radiation treatment; Histological analyses; 图3E |
| 分子机制验证 | Western blot检测SLC7A11、GPX4表达,细胞处理(WGX50 20 μM,照射6 Gy),抗体信息及稀释比例 阅读提示:Methods: Western blotting; 图5I |
| 肠道菌群分析 | 粪便样本采集,DNA提取试剂盒(D4015),16S rRNA引物(338F和806R),测序平台(Illumina NovaSeq 6000),每组样本量(n=5) 阅读提示:Methods: 16S rRNA gut microbiota profiling |
| 转录组测序 | 组织来源(结肠),RNA提取方法,文库构建试剂盒,测序平台(Illumina NovaSeq 6000),生物信息学分析流程 阅读提示:Methods: Transcriptomic sequencing; Results: WGX50 protects against radiation-induced intestinal injury via ferroptosis inhibition and goblet cell preservation |