临床样本与生物信息学分析
评估TM9SF1在HER2+ BC中的表达、临床意义及与脂噬的相关性
分析TCGA-BRCA数据库中180例HER2+ BC和22例正常组织的转录组数据,进行差异表达、GSEA富集分析;收集78例HER2+ BC组织及配对正常组织进行IHC;利用Kaplan-Meier plotter和GEO数据集(GSE1456、GSE45255)分析预后。
TM9SF1 drives the lipophagic flux via AMPK-ULK1 signaling to sustain metabolic fitness in HER2-positive breast cancer.
包含临床样本分析、体外细胞实验、体内动物模型、脂质组学及蛋白质组学等多层级验证,并明确功能与机制验证。
HER2阳性乳腺癌细胞系(SKBR3、JIMT1、AU565、MDA-MB-361) 非致瘤性乳腺上皮细胞系MCF10A BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 HER2阳性乳腺癌患者组织样本
TM9SF1表达在HER2+ BC组织与细胞系中上调,与不良预后相关(IHC、TCGA数据) TM9SF1敲低/过表达对自噬标志物LC3B-II/I、脂噬相关蛋白及LD积累的影响 通过BafA1和雷帕霉素的药理学处理验证自噬通量与脂噬依赖性 AMPK激活剂AICAR对TM9SF1敲低细胞脂噬缺陷的挽救作用 细胞内FFA水平、ATP水平及Seahorse FAO分析验证能量代谢效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TM9SF1在HER2+ BC中的表达、临床意义及与脂噬的相关性
分析TCGA-BRCA数据库中180例HER2+ BC和22例正常组织的转录组数据,进行差异表达、GSEA富集分析;收集78例HER2+ BC组织及配对正常组织进行IHC;利用Kaplan-Meier plotter和GEO数据集(GSE1456、GSE45255)分析预后。
建立TM9SF1敲低和过表达的HER2+ BC细胞模型
在SKBR3、JIMT1等细胞中通过慢病毒载体转染shRNA或TM9SF1编码序列,经嘌呤霉素筛选,并通过RT-qPCR和WB验证效率。
评估TM9SF1对HER2+ BC细胞增殖的影响
通过CCK-8、集落形成、EdU掺入实验检测敲低或过表达TM9SF1后的细胞增殖能力。
验证TM9SF1对自噬通量和脂滴周转的影响
使用MDC染色和TEM观察自噬体;油红O和尼罗红染色评估LD积累;LysoTracker和BODIPY共定位分析溶酶体-脂滴相互作用;检测自噬标志物(LC3B、BECN1)及脂解基因(LIPA、CPT1A等)表达;使用BafA1和雷帕霉素进行药理调节。
验证TM9SF1在体内对肿瘤生长的影响
将5×10^6个稳转细胞皮下注射至5周龄BALB/c雌性裸鼠乳腺脂肪垫,定期测量肿瘤体积,实验终点称重。
阐明TM9SF1调控脂噬的分子机制
通过定量蛋白质组学分析SKBR3-shTM9SF1细胞中差异表达蛋白,KEGG富集发现AMPK通路;WB检测AMPK和ULK1磷酸化水平;IHC检测临床样本和异种移植瘤中p-AMPK、p-ULK1;使用AICAR激活AMPK观察对脂噬的影响。
评估TM9SF1驱动的脂噬对脂肪酸氧化和能量代谢的影响
使用LC-MS/MS进行脂质组学分析;Seahorse分析检测FAO;检测细胞内FFA和ATP水平。
验证TM9SF1通过脂噬增强细胞在营养剥夺下的适应能力
将细胞在EBSS中饥饿处理,检测自噬标志物、脂噬通量、LD清除、细胞活力和增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ProCell | PM153312 |
| 胎牛血清 | ProCell | 164210 | |
| L-15培养基 | ProCell | PM151010 | |
| Earle平衡盐溶液 | ProCell | PB180337 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 10296-010 |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | ABM | G592 |
| SYBR Green Mix | Vazyme | Q111 | |
| 实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | 4351107 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1005 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Beyotime | P1082 | |
| Western blot | ECL化学发光液 | Biosharp | BL520B |
| 增殖检测 | CCK8试剂盒 | MCE | HY-K0301 |
| 集落形成 | 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121 |
| 增殖检测 | EdU试剂 | Beyotime | C0078S |
| 荧光显微镜 | LysoTracker Red | Beyotime | C1046 |
| BODIPY 493/503 | Beyotime | C2053S | |
| 脂滴染色 | 尼罗红 | Beyotime | C2051S |
| 油红O溶液 | Beyotime | C0158S | |
| 自噬检测 | MDC-PI染色试剂 | Beyotime | C3019S |
| 免疫组化 | EDTA抗原修复液 | MXB | MVS-0099 |
| DAB显色试剂盒 | MXB | DAB-0031 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 |
| 代谢分析 | Seahorse XF培养基 | Agilent | 103672-100 |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Solarbio | BC0305 |
| FFA检测 | 游离脂肪酸检测试剂盒 | Solarbio | BC0595 |
| 蛋白质组学 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| Orbitrap Astral质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 脂质组学 | Thermo Accucore C30色谱柱 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | TM9SF1表达水平、患者分组、样本量(肿瘤78例,正常63例)、配对关系 阅读提示:Methods: Clinical samples and ethics statement; Figure 2E-G |
| 细胞培养与稳转株 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、培养条件、慢病毒载体信息、嘌呤霉素筛选浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and stable cell line generation |
| 增殖检测 | 细胞接种密度、检测时间点、EdU浓度和孵育时间、重复次数 阅读提示:Methods: Cell proliferation and viability assays; Figure 3C-E |
| 自噬和脂噬检测 | BafA1浓度和处理时间、雷帕霉素浓度和处理时间、EBSS饥饿时间、染色剂浓度和孵育时间 阅读提示:Methods: Fluorescence microscopy and staining; Figure 4E, 5D-E |
| 体内实验 | 动物品系、年龄、性别、细胞注射数量、注射部位、分组方式、肿瘤体积测量公式和频率 阅读提示:Methods: In vivo tumor formation; Figure 3F-H |
| 机制验证 | AICAR浓度和处理时间、抗体信息(p-AMPK、p-ULK1)、蛋白质组学参数 阅读提示:Methods: WB, Quantitative proteomics; Figure 5I-L |