评估补骨脂素对NSCLC细胞活力的影响
确定补骨脂素对A549细胞活力的抑制效应及IC50。
使用CCK-8试剂盒,以不同浓度(0-160 μg/ml)补骨脂素处理A549细胞12、24、48小时,测量450nm吸光度。
Mitochondrial Damage-induced Ferroptosis: The Molecular Mechanism by Which Psoralen Inhibits the Proliferation and Invasion of Non-small-cell Lung Cancer Cells.
研究包含体外细胞实验(CCK-8、EdU、集落形成、划痕、Transwell)、铁死亡标志物检测(FerroOrange、ROS、MDA/LPO、GSH/GSSG、Western blot)、线粒体功能检测(JC-1、MitoTracker、MitoSOX、TEM)、生物信息学分析及分子对接,多层次验证了补骨脂素诱导铁死亡的机制。
A549人非小细胞肺癌细胞系 GEO和TCGA NSCLC患者组织数据集(GSE18842、GSE27262、TCGA-LUAD、TCGA-LUSC)
补骨脂素浓度0-160 μg/ml处理A549细胞12、24、48小时 铁死亡诱导剂erastin(10 μmol/l)作为阳性对照 铁死亡抑制剂ferrostatin-1(1 μmol/l)用于逆转验证 Western blot检测GPX4和SLC7A11蛋白表达 NSCLC相关数据集GSE18842和GSE27262的差异表达分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定补骨脂素对A549细胞活力的抑制效应及IC50。
使用CCK-8试剂盒,以不同浓度(0-160 μg/ml)补骨脂素处理A549细胞12、24、48小时,测量450nm吸光度。
验证补骨脂素对A549细胞增殖能力的抑制作用。
采用EdU掺入实验和集落形成实验,处理浓度0、15、30、60 μg/ml,观察增殖细胞比例和集落形成数。
验证补骨脂素对A549细胞迁移和侵袭能力的抑制作用。
划痕愈合实验和Transwell迁移实验,处理浓度0、15、30、60 μg/ml,观察迁移和侵袭细胞数。
验证补骨脂素是否诱导铁死亡。
使用FerroOrange探针检测Fe²⁺,DCFH-DA探针检测ROS,试剂盒检测MDA、LPO、GSH/GSSG,Western blot检测GPX4和SLC7A11蛋白表达。
探究补骨脂素诱导铁死亡是否与线粒体损伤相关。
使用JC-1探针检测线粒体膜电位,Mito-Tracker Green观察线粒体形态,MitoSOX Red检测线粒体ROS,TEM观察超微结构。
预测补骨脂素诱导铁死亡的潜在分子靶点和通路。
从GEO数据库获取NSCLC数据集GSE18842和GSE27262,进行差异表达分析;从PharmMapper、SwissTargetPrediction和TargetNet预测补骨脂素靶点,从FerrDb、GeneCards和MSigDB获取铁死亡相关基因,取交集;进行PPI网络、GO/KEGG富集分析;分子对接评估结合亲和力。
验证实验数据的统计显著性。
所有实验重复三次,数据以均值±标准差表示,使用SPSS 25.0进行单因素方差分析,Tukey或Dunn事后检验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 补骨脂素 | MedChemExpress | -- |
| Erastin | MedChemExpress | -- | |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Pricella Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 胎牛血清 | Pricella Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Pricella Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化丙二醛(MDA)检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 氧化应激检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1) | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 线粒体形态检测 | 线粒体绿色荧光染色试剂盒(Mito-Tracker Green) | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 线粒体超氧化物检测 | 线粒体超氧化物检测试剂盒(MitoSOX Red) | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | -- |
| Western blot | ECL检测试剂 | Beyotime Biotechnology Co., Ltd | P0018M |
| 抗GPX4抗体 | Abcam plc | ab125066 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Abcam plc | ab307601 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam plc | ab8227 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG H&L | Abcam plc | ab205718 | |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化(LPO)检测试剂盒 | Sangon Biotech Co., Ltd | D799602 |
| Fe2+检测 | FerroOrange探针 | Dojindo Chemical Technology Co., Ltd | F374 |
| 细胞系 | A549细胞系 | Pricella Biotechnology Co., Ltd | CL-0016 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | A549细胞接种密度(5×10³/孔)、补骨脂素浓度范围(0-160 μg/ml)、处理时间(12、24、48小时) 阅读提示:Materials and Methods,Cell viability assay |
| 细胞增殖与集落形成检测 | EdU实验细胞密度(3×10⁴/孔)、补骨脂素浓度(0, 15, 30, 60 μg/ml)、处理时间(24小时)、EdU孵育时间(3小时);集落形成实验细胞密度(500/孔)、处理时间(10天) 阅读提示:Materials and Methods,5-Ethynyl-2'-deoxyuridine (EdU) proliferation assay和Colony-formation assay |
| 迁移与侵袭检测 | 划痕实验细胞密度、补骨脂素浓度、观察时间(24、48小时);Transwell实验细胞密度(5×10⁴细胞/ml)、上室体积(200 μl)、下室含10% FBS、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods,Wound-healing and Transwell assays |
| 铁死亡标志物检测 | 补骨脂素浓度(0, 15, 30, 60 μg/ml)、erastin浓度(10 μmol/l)、处理时间(24小时)、FerroOrange工作液浓度(1 μmol/l)、DCFH-DA工作液浓度(10 μmol/l)、孵育时间(30分钟和20分钟) 阅读提示:Materials and Methods,Measurement of Fe2+ level和Measurement of ROS level |
| 脂质过氧化和抗氧化检测 | 补骨脂素浓度、erastin浓度(10 μmol/l)、处理时间(24小时)、MDA/LPO/GSH/GSSG试剂盒的具体操作步骤 阅读提示:Materials and Methods,LPO detection和Measurement of GSH/GSSG ratio |
| Western blot分析 | 抗体稀释比例(GPX4 1:5,000、SLC7A11 1:1,000、β-actin 1:5,000)、处理浓度和时间(24小时)、细胞裂解条件、SDS-PAGE电泳条件 阅读提示:Materials and Methods,Western blot analysis |
| 线粒体功能检测 | 分组:对照、补骨脂素60 μg/ml、erastin 10 μmol/l、补骨脂素60 μg/ml+ferrostatin-1 1 μmol/l、处理时间(24小时)、JC-1/Mito-Tracker Green/MitoSOX Red染色孵育时间(30分钟) 阅读提示:Materials and Methods,Mitochondrial membrane potential和Mito-Tracker Green staining and mitochondrial superoxide assay |
| 透射电子显微镜观察 | 处理分组:补骨脂素60 μg/ml、erastin 10 μmol/l、补骨脂素60 μg/ml+ferrostatin-1 1 μmol/l、固定条件(2.5%戊二醛2小时、1%锇酸2小时)、脱水系列(30%-100%乙醇)、包埋和染色条件 阅读提示:Materials and Methods,Transmission electron microscopy (TEM) |
| 生信分析 | GSE18842和GSE27262数据集、差异表达阈值(p<0.05, |log2FC|>1)、psoralen靶点预测数据库(PharmMapper、SwissTargetPrediction、TargetNet)、铁死亡相关基因来源(FerrDb V2、GeneCards、MSigDB) 阅读提示:Materials and Methods,Bioinformatics analysis |
| 分子对接 | 靶蛋白PDB结构、AutoDock 4.2.6参数、结合能数值 阅读提示:Materials and Methods,Bioinformatics analysis |