建立营养剥夺模型并验证铁死亡抵抗表型
模拟胰腺癌营养剥夺微环境,确认营养剥夺对铁死亡敏感性的影响。
将PANC1和Patu8988T细胞培养于DMEM+2% FBS模拟营养剥夺,使用ferroptosis诱导剂处理,检测细胞活力、死亡及脂质过氧化指标。
SREBP1-SCD1 enhanced MUFAs Biosynthesis drives Nutrient Deprived Pancreatic cancer cell Ferroptosis Resistance.
包含体外细胞实验、基因敲除/敲低、体内荷瘤模型、临床样本及多组学分析,并进行了功能验证和机制验证。
PANC1细胞系 Patu8988T细胞系 Panc02皮下荷瘤小鼠模型
营养剥夺条件:DMEM+2% FBS 铁死亡诱导剂及其浓度:erastin、RSL3、索拉非尼(浓度文中未明确说明) 基因敲除:CRISPR-Cas9敲除SREBP1,shRNA敲低SCD1 脂质过氧化检测:C11 BODIPY染色、MDA测定 体内实验:Panc02细胞皮下注射C57BL/6小鼠,索拉非尼10 mg/kg、雷帕霉素3 mg/kg,隔天腹腔注射,共两周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟胰腺癌营养剥夺微环境,确认营养剥夺对铁死亡敏感性的影响。
将PANC1和Patu8988T细胞培养于DMEM+2% FBS模拟营养剥夺,使用ferroptosis诱导剂处理,检测细胞活力、死亡及脂质过氧化指标。
探究营养剥夺诱导铁死亡抵抗的分子机制,鉴定差异表达基因及通路。
对正常和营养剥夺条件下的PANC1细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集。
验证营养剥夺是否激活SREBP1-SCD1轴并导致MUFAs增加,以明确机制。
检测SREBP1、SCD1的mRNA和蛋白水平,并测定细胞内MUFAs含量。
证明SREBP1-SCD1轴对营养剥夺诱导的铁死亡抵抗的必要性。
利用CRISPR-Cas9敲除SREBP1,shRNA敲低SCD1,检测铁死亡诱导剂处理下的细胞活力和脂质ROS。并通过外源补充油酸或AA/DHA验证MUFA/PUFA比例的作用。
探讨mTOR抑制剂雷帕霉素能否通过抑制SREBP1-SCD1轴逆转铁死亡抵抗。
在营养剥夺条件下用雷帕霉素处理,检测mTOR/SREBP1/SCD1表达、MUFAs水平,以及与铁死亡诱导剂联合的细胞死亡和脂质过氧化。
评估索拉非尼与雷帕霉素联合治疗的体内抗肿瘤效果及对铁死亡的影响。
在C57BL/6小鼠皮下接种Panc02细胞,建立肿瘤模型后分组治疗,测量肿瘤体积、重量和MDA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | Erastin | MedChemExpress | HY-15763 |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| 索拉非尼 | MedChemExpress | HY-10201 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| Z-VAD-FMK | MedChemExpress | HY-16658 | |
| 坏死磺酰胺 | MedChemExpress | HY-100573 | |
| 药物处理(脂肪酸) | 油酸 | TargetMol | T2O2668 |
| 花生四烯酸 | TargetMol | T4129 | |
| 二十二碳六烯酸 | TargetMol | T5369 | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | APExBIO | K1018 |
| 细胞死亡检测 | SYTOX绿色荧光染料 | Thermo Fisher | S7020 |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化(MDA)检测试剂盒 | 南京建成 | A003-1-2 |
| 流式细胞术 | C11 BODIPY染料 | Abclonal | -- |
| 蛋白质印迹 | 细胞裂解液 | Leagene | PS0009 |
| BCA测定 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| mTOR抗体 | Proteintech | 66888-1-Ig | |
| 磷酸化mTOR (Ser2448)抗体 | Proteintech | 67778-1-Ig | |
| SREBP1抗体 | Santa Cruz | sc13551 | |
| SCD1抗体 | Abcam | ab19862 | |
| β-tubulin抗体 | Abcam | ab6046 | |
| 二抗 | Boster Biotechnology Company | -- | |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| cDNA合成 | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| QuantStudio 3实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基因敲除 | SREBP1敲除慢病毒 | GENECHEM | -- |
| 基因敲低 | SCD1-shRNA慢病毒 | -- | -- |
| RNA测序 | Trizol试剂 | -- | -- |
| 动物实验 | C57BL/6小鼠 | GemPharmatech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与营养剥夺 | 细胞系、培养条件(DMEM、FBS浓度)、营养剥夺条件(2% FBS) 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture and agents |
| 铁死亡诱导 | 铁死亡诱导剂(erastin、RSL3、sorafenib)及其浓度(文中未明确说明)、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture and agents |
| 基因敲除/敲低 | SREBP1敲除(CRISPR-Cas9)和SCD1敲低(shRNA)的序列、慢病毒来源、筛选标记(嘌呤霉素浓度) 阅读提示:Materials and Methods - CRISPR-Cas9 assay 和 RNAi and lentivirus infection |
| 脂质过氧化检测 | MDA检测试剂盒、C11 BODIPY染色步骤、流式细胞仪设置 阅读提示:Materials and Methods - Lipid peroxidation assay 和 Flow Cytometry |
| 蛋白表达检测 | 抗体信息(mTOR、p-mTOR、SREBP1、SCD1、β-tubulin)及稀释比例,裂解液配方,上样量 阅读提示:Materials and Methods - Western blot |
| mRNA表达检测 | 引物序列、RT-qPCR程序、内参基因(ACTB) 阅读提示:Materials and Methods - Quantitative real-time PCR |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、细胞系(Panc02)、接种数量(1×10^6)、分组(DMSO、Sor、Rapa、Sor+Rapa)、给药剂量(Sor 10 mg/kg、Rapa 3 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)、给药频率(隔天一次)、给药时间(两周) 阅读提示:Materials and Methods - Xenograft tumor models |