建立ALI细胞模型并验证HOXA5作用
验证HOXA5在LPS诱导的ATII细胞焦亡中的作用
用LPS处理ATII细胞,检测细胞活力、HOXA5表达、焦亡相关蛋白和炎症因子;转染oe-HOXA5后观察对LPS诱导焦亡的影响。
HOXA5 Suppresses NEK7-Mediated Alveolar Epithelial Pyroptosis in Acute Lung Injury by Transcriptionally Inhibiting KAT2A.
研究包含体外细胞模型、体内小鼠模型、分子机制验证(Co-IP、ChIP、荧光素酶报告基因)及功能验证,证据层级丰富。
LPS诱导的II型肺泡上皮细胞(ATII细胞) LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型(C57BL/6)
LPS浓度:10 μg/mL,处理24小时(体外);5 mg/kg气管滴注(体内) HOXA5过表达方式:oe-HOXA5质粒转染(体外),慢病毒载体injected intratracheally(体内) 细胞焦亡检测:FAM-FLICA Caspase-1 YVAD试剂盒(ICT-97)结合流式细胞术 机制验证:ChIP、Co-IP、荧光素酶报告基因实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HOXA5在LPS诱导的ATII细胞焦亡中的作用
用LPS处理ATII细胞,检测细胞活力、HOXA5表达、焦亡相关蛋白和炎症因子;转染oe-HOXA5后观察对LPS诱导焦亡的影响。
探究HOXA5是否通过NEK7调控NLRP3炎症小体激活
检测LPS处理后NEK7表达及与NLRP3的相互作用;过表达NEK7或HOXA5联合NEK7,观察对NLRP3炎症小体相关蛋白的影响。
验证KAT2A是否通过促进NEK7启动子组蛋白乙酰化上调NEK7表达
利用Cistrome数据库预测NEK7启动子表观修饰;ChIP检测H3K9ac、H3K27ac富集;过表达KAT2A后检测NEK7表达和乙酰化水平。
验证HOXA5是否直接结合KAT2A启动子并抑制其转录活性
JASPAR预测结合位点;荧光素酶报告基因和ChIP验证HOXA5与KAT2A启动子结合;检测HOXA5过表达对KAT2A表达及NEK7启动子乙酰化的影响。
验证HOXA5是否通过下调KAT2A抑制LPS诱导的焦亡
ATII细胞共转染oe-HOXA5和oe-KAT2A,检测焦亡相关蛋白、细胞因子及焦亡率;IF检测NEK7与NLRP3共定位。
验证HOXA5过表达是否通过抑制KAT2A/NEK7轴改善LPS诱导的小鼠ALI
通过气管滴注LPS建立ALI小鼠模型,并通过慢病毒载体过表达HOXA5,检测肺组织病理、肺指数、肺湿干比、焦亡相关蛋白和炎症因子。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青链霉素双抗 | Beyotime | -- | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Invitrogen | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖检测 | MTT溶液 | Beyotime | -- |
| 二甲基亚砜 | Beyotime | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | 抗HOXA5抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-69008 |
| 抗NEK7抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-47007 | |
| 抗KAT2A抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-14884 | |
| 抗NLRP3抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-32255 | |
| 抗ASC抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-50915 | |
| 抗Cleaved Caspase-1抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-99390 | |
| 抗Cleaved GSDMD抗体 | Abcam | ab215203 | |
| 抗Cleaved GSDMD抗体 | CST | 10137 | |
| 抗β-actin抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA1-140 | |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Beyotime | PI305 |
| 小鼠IL-18 ELISA试剂盒 | Beyotime | PI558 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| RT-qPCR | SYBR Premix Ex Taq | Takara | -- |
| 流式分析 | FAM-FLICA Caspase-1 YVAD检测试剂盒 | ImmunoChemistry | ICT-97 |
| 免疫共沉淀 | Pierce免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26149 |
| 抗NEK7抗体 | Thermo Fisher Scientific | A302-684A | |
| 正常IgG | Abcam | ab172730 | |
| ChIP | EZ-ChIP试剂盒 | Sigma-Aldrich | 17-10461 |
| 抗H3K9ac抗体 | Abcam | ab32129 | |
| 抗H3K27ac抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-23516 | |
| 抗H4K8ac抗体 | Thermo Fisher Scientific | 701796 | |
| 抗HOXA5抗体 | Santa Cruz | sc-365784 | |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因分析系统 | Promega | -- |
| 免疫荧光 | 抗NEK7抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-101861 |
| 抗NLRP3抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-34969 | |
| 抗表面活性蛋白A(SP-A)抗体 | Proteintech | 11850-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | LPS浓度(10 μg/mL)、处理时间(24小时)、培养条件(DMEM+10% FBS, 37°C, 5% CO2) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 细胞转染 | 质粒(oe-HOXA5, oe-NEK7, oe-KAT2A, oe-NC)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(48小时) 阅读提示:Methods 2.2 |
| 体内模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雄性)、年龄(6-8周)、体重(20-24g)、分组(control, LPS, LPS+oe-NC, LPS+oe-HOXA5)、每组数量(6只)、LPS剂量(5 mg/kg)、给药方式(气管滴注)、慢病毒剂量(5×10^7 UT/mL, 5 μL)、注射时间(提前5天) 阅读提示:Methods 2.4 |
| 焦亡检测 | FAM-FLICA Caspase-1 YVAD检测试剂盒(ICT-97)、孵育时间(60分钟)、流式细胞仪 阅读提示:Methods 2.8 |
| 分子互作验证 | Co-IP试剂盒(Pierce Co-IP Kit)、抗体(anti-NEK7, IgG)、ChIP试剂盒(EZ-ChIP Kit)、抗体(anti-H3K9ac, anti-H3K27ac, anti-H4K8ac, anti-HOXA5) 阅读提示:Methods 2.9, 2.10 |