验证hsa_circRNA_0101125的亚细胞定位及基因表达
确定hsa_circRNA_0101125在细胞内的定位,并比较相关基因在两种细胞系中的基础表达水平。
使用FISH检测hsa_circRNA_0101125在KYSE150和ECA109细胞中的定位;通过RT-qPCR检测hsa_circRNA_0101125、miR-143-3p、ZEB1、ZHX3和ZNF148的表达。
Hsa_circRNA_0101125 Promotes Proliferation, Migration, and Invasion of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via miR-143-3p/ZNF148 Axis.
本研究包含细胞系模型、分子机制验证(双荧光素酶)和功能实验(CCK-8、划痕、Transwell),但缺乏动物模型或临床样本验证,实验完整度中等。
KYSE150细胞系 ECA109细胞系
细胞系:KYSE150和ECA109 转染:sh-hsa_circRNA_0101125载体和miR-143-3p抑制剂,浓度25 nM 检测时间:转染后48小时 CCK-8实验:每孔1×10^4细胞,检测24h和48h Transwell实验:每孔1×10^5细胞,基质胶稀释1:6
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定hsa_circRNA_0101125在细胞内的定位,并比较相关基因在两种细胞系中的基础表达水平。
使用FISH检测hsa_circRNA_0101125在KYSE150和ECA109细胞中的定位;通过RT-qPCR检测hsa_circRNA_0101125、miR-143-3p、ZEB1、ZHX3和ZNF148的表达。
评估敲低hsa_circRNA_0101125对细胞增殖、迁移和EMT标志物表达的影响。
用sh-hsa_circRNA_0101125转染细胞,通过CCK-8、划痕愈合实验和Western blot检测细胞活力和迁移能力及EMT相关蛋白表达。
通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-143-3p是否直接靶向ZNF148的3'UTR。
将野生型或突变型ZNF148 3'UTR克隆到pmirGLO载体,与miR-143-3p mimic或阴性对照共转染至KYSE150和ECA109细胞,检测荧光素酶活性。
确认miR-143-3p在hsa_circRNA_0101125介导的功能中的作用。
将miR-143-3p抑制剂与sh-hsa_circRNA_0101125共转染,检测细胞活力、迁移、侵袭及EMT相关蛋白表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 原位杂交 | hsa_circRNA_0101125原位杂交试剂盒 | Boster | MK11075-h |
| Cy3荧光抗体 | Boster | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | KeyGen Biotech | KGM31800S |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000001 |
| P3000试剂 | Thermo Fisher | L3000001 | |
| miR-143-3p模拟物 | General Biol (Anhui) Co. LTD | -- | |
| miR-143-3p抑制剂 | General Biol (Anhui) Co. LTD | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8细胞增殖检测试剂盒 | KeyGEN BioTECH | KGA317 |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶 | BD Biosciences | 356234 |
| 双荧光素酶实验 | pmirGLO双荧光素酶载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | CWBIO | CW0580S |
| RNA超纯提取试剂盒 | CWBIO | CW0581M | |
| miRNA超纯提取试剂盒 | CWBIO | CW0627S | |
| PrimeScriptTM RT试剂盒 | Takara Medical Technology | RR047A | |
| miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme Biotech | MR201-01 | |
| CFX Connect实时荧光PCR检测系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| Western blot | RIPA细胞裂解液 | ApplyGen | C1053 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | E-BC-K318-M | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 兔抗ZNF148抗体 | Affinity | AF0792 | |
| 小鼠抗Vimentin抗体 | Proteintech | 60330-1-Ig | |
| 兔抗E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF0131 | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | TransGen Biotech | HC201 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Servicebio | GB23301 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Servicebio | GB23303 | |
| 化学发光液 | Thermo Fisher | RJ239676 | |
| 细胞培养 | KYSE-150细胞系 | Procell | CL-0737 |
| ECA-109细胞系 | BeNa Culture Collection | BNCC342591 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源和培养条件(RPMI-1640培养基、10%FBS、37°C、5% CO2);转染试剂Lipofectamine 3000和P3000;工作浓度:miRNA mimic和inhibitor均为25 nM;转染后培养48小时。 阅读提示:Materials and Methods部分2.2节 |
| CCK-8实验 | 细胞接种密度:1×10^4细胞/孔;检测时间点:24h和48h;CCK-8试剂孵育时间:2小时;测量波长:450 nm。 阅读提示:Materials and Methods部分2.3节 |
| 划痕愈合实验 | 细胞接种密度:1×10^6细胞/孔;划痕工具:200 μL移液枪头;检测时间点:0h、24h、48h。 阅读提示:Materials and Methods部分2.4节 |
| Transwell侵袭实验 | Transwell孔径8 μm;基质胶稀释比例1:6,包被体积60 μL;细胞接种密度:1×10^5细胞/孔;下室含10% FBS;固定和染色条件。 阅读提示:Materials and Methods部分2.5节 |
| 双荧光素酶实验 | 报告载体pmirGLO WT/MUT ZNF148 3'UTR;共转染的miRNA mimic浓度25 nM;转染后48小时检测;荧光素酶活性归一化至Renilla。 阅读提示:Materials and Methods部分2.6和2.7节 |
| RT-qPCR | 内参基因:β-actin和U6;反转录条件(25°C 5min, 50°C 15min, 85°C 5min);PCR循环参数:预变性95°C 10min;40循环(95°C 10s, 58°C 30s, 72°C 30s)。 阅读提示:Materials and Methods部分2.8节 |
| Western blot | 抗体稀释比例:ZNF148、Vimentin、E-cadherin均为1:1000,β-actin为1:2000;封闭条件:3%脱脂牛奶1小时;二抗孵育2小时;内参蛋白:β-actin(但结果中部分图注以β-actin归一化,需核对)。 阅读提示:Materials and Methods部分2.9节及图注 |