生物信息学分析
识别与Dox耐药和预后相关的关键基因,并分析CAPG表达与临床特征及信号通路的关系。
利用TCGA和GEO数据集,进行差异表达分析、Venn图、回归分析、生存分析、GO/KEGG和GSEA分析。
CAPG Regulates Doxorubicin Resistance in Hepatocellular Carcinoma Cells via TGFB1/Smad/Nrf2 Signalling Pathway.
研究包含体外细胞实验(MTT、FACS、Western blot、铁死亡检测)、体内裸鼠移植瘤模型、临床样本(4对)及生物信息学分析(TCGA、GSEA),并进行功能获得和丧失验证,证据层级独立且完整。
HepG2/Dox细胞 Hep3B/Dox细胞 SNU-398细胞 SNU-475细胞 BALB/c裸鼠移植瘤模型
CAPG表达水平(WB验证) Dox浓度及处理时间(IC50、5 μM Dox等) erastin浓度(2.5、5、10 μM) shRNA敲低和过表达效率 动物模型分组及Dox给药方案(10 mg/kg,14天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与Dox耐药和预后相关的关键基因,并分析CAPG表达与临床特征及信号通路的关系。
利用TCGA和GEO数据集,进行差异表达分析、Venn图、回归分析、生存分析、GO/KEGG和GSEA分析。
建立Dox耐药细胞模型,用于功能研究。
培养HepG2和Hep3B细胞,并通过递增浓度Dox处理10个月构建耐药株HepG2/Dox和Hep3B/Dox。
验证CAPG对细胞增殖、耐药和铁死亡的影响。
通过慢病毒感染敲低或过表达CAPG,然后进行MTT、EdU、克隆形成、Transwell、FACS和铁死亡相关检测。
验证CAPG调控铁死亡及TGFB1/Smad/Nrf2信号通路。
通过Western blot检测CAPG、TGFB1、p-Smad2/3、Nrf2等蛋白表达,分析TCGA数据中基因表达相关性。
验证CAPG对肿瘤生长和Dox敏感性的影响。
皮下注射稳转细胞至裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并进行免疫组化检测CAPG表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | PM150110A | |
| 药物处理 | 阿霉素 | Sigma-Aldrich | D1515 |
| 质粒转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| Opti-MEM培养基 | -- | -- | |
| 慢病毒感染 | CAPG shRNA慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-44920-V |
| 对照shRNA慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-108080 | |
| 聚凝胺 | Santa Cruz | sc-134220 | |
| 嘌呤霉素 | Santa Cruz Biotechnology | sc-108071 | |
| 蛋白质印迹 | 抗CAPG抗体 | Abcam | ab181095 |
| Nrf2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365949 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab115777 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Life Technologies | -- | |
| 铁浓度检测 | 铁检测试剂盒 | Abcam | ab83366 |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A006-2 |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Abcam | ab118970 |
| 免疫组织化学 | CAPG抗体 | Santa Cruz | sc-166428 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与耐药株建立 | 细胞系来源(ATCC)、培养基组分(DMEM+10%FBS)、Dox耐药株建立方法(递增浓度处理10个月)。 阅读提示:见Methods 2.6 Cell Lines and Agents |
| CAPG敲低与过表达 | shRNA慢病毒滴度及感染复数(MOI)、Polybrene浓度(5 μg/mL)、嘌呤霉素筛选浓度(2 mg/mL)及时间(2周)。 阅读提示:见Methods 2.7和2.8 Transfection, Lentivirus Infection |
| 药物处理 | Dox浓度(IC50测定、5 μM处理)、erastin浓度(2.5, 5, 10 μM)、处理时间(24或48小时)。 阅读提示:见Results 3.6-3.8及图3-7 |
| 铁死亡相关检测 | 铁浓度、GSH、MDA检测试剂盒及操作细节。 阅读提示:见Methods 2.11 Iron Concentration, GSH and MDA Assay |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、周龄(6周)、细胞接种量(2×10^6或3×10^7 cells/mL)、Dox给药剂量(10 mg/kg)和周期(14天)、观察时间(5周)。 阅读提示:见Methods 2.12 Xenograft Model及图9 |