验证TUFT1的中心体定位和与C-Nap1的相互作用
确定TUFT1是否定位于中心体及其招募机制。
通过免疫荧光和3D-SIM观察TUFT1与中心体标记物的共定位;通过免疫共沉淀检测TUFT1与C-Nap1的结合,并通过siRNA敲低C-Nap1检查TUFT1的中心体定位变化。
TUFT1 regulates cancer progression by suppressing centrosome amplification and mitotic spindle multipolarity.
包含体外细胞实验(HeLa、MDA-MB-231)的敲低/敲除和回补、蛋白互作、磷酸化位点突变、体内裸鼠移植瘤模型以及临床组织芯片和生存分析等多层级验证。
HeLa宫颈癌细胞系 MDA-MB-231乳腺癌细胞系 BALB/c裸鼠移植瘤模型 乳腺癌组织芯片
TUFT1 siRNA敲低序列及siRNA-resistant突变序列 PLK1抑制剂volasertib处理浓度10 nM和48 h 中心体扩增定量标准:Centrin-3 foci >4 NEK2磷酸化位点T29和S70及其突变体(2A和2D) 裸鼠注射细胞数:2×10^6,每组n=5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TUFT1是否定位于中心体及其招募机制。
通过免疫荧光和3D-SIM观察TUFT1与中心体标记物的共定位;通过免疫共沉淀检测TUFT1与C-Nap1的结合,并通过siRNA敲低C-Nap1检查TUFT1的中心体定位变化。
探究TUFT1是否调控中心体数量和有丝分裂纺锤体极性。
通过siRNA敲低和CRISPR/Cas9敲除TUFT1,免疫染色检测多极纺锤体和Centrin-3 foci数量,并进行回补实验。
验证TUFT1是否通过PLK1调控中心体扩增。
通过免疫共沉淀检测TUFT1与PLK1结合;通过Western blot和免疫荧光检测PLK1 T210磷酸化水平和中心体定位;使用PLK1抑制剂volasertib处理观察中心体扩增的挽救。
探索NEK2是否磷酸化TUFT1以及磷酸化如何调控TUFT1的定位和功能。
通过共表达NEK2和TUFT1验证磷酸化,突变T29和S70;比较TUFT1-WT、2A和2D突变体的C-Nap1结合和中心体定位;通过CCK-8和克隆形成实验检测细胞增殖。
验证TUFT1磷酸化状态是否影响体内肿瘤生长。
将稳定表达TUFT1-WT、2A或2D的TUFT1敲除MDA-MB-231和HeLa细胞注射到裸鼠体内,测量肿瘤体积和重量。
探讨NEK2和TUFT1表达与乳腺癌患者预后的相关性。
对乳腺癌组织芯片进行免疫组化染色,评分并分组,分析淋巴结转移和总生存期;利用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建 | p3×FLAG-CMV-7.1 | Sigma-Aldrich | -- |
| pEGFP-C1 | Clontech Laboratories | -- | |
| pCDH-CMV-MCS-EF1-Puro | System Biosciences | -- | |
| pEGFP-N3 | Clontech Laboratories | -- | |
| 抗体 | TUFT1抗体 | Proteintech | 23385-1-AP |
| Centrin-3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-100933 | |
| SAS-6抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-81431 | |
| C-Nap1抗体 | Beyotime Biotechnology | AG4725 | |
| FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| GFP抗体 | Proteintech | 66002-1-Ig | |
| α-tubulin抗体 | Sigma-Aldrich | T6199 | |
| γ-tubulin抗体 | Sigma-Aldrich | T6557 | |
| Cep97抗体 | Proteintech | 22050-1-AP | |
| PLK4抗体 | Proteintech | 28750-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| FLAG抗体(兔) | Proteintech | 20543-1-AP | |
| γ-tubulin抗体(兔) | Sigma-Aldrich | T3559 | |
| PLK1抗体(小鼠) | Abcam | ab17056 | |
| PLK1抗体(兔) | Cell Signaling Technology | 4513 | |
| PLK1磷酸化(T210)抗体 | Abcam | ab155095 | |
| STIL抗体 | Proteintech | 66876-1-Ig | |
| Cep152抗体 | Proteintech | 21815-1-AP | |
| Cep192抗体 | Proteintech | 18832-1-AP | |
| Cep164抗体 | Proteintech | 22227-1-AP | |
| Odf2抗体 | Proteintech | 12058-1-AP | |
| Cyclin B1抗体 | Cell Signaling Technology | 12231 | |
| NEK2抗体 | BD Biosciences | 610593 | |
| 免疫印迹二抗 | HRP标记的山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-1 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| 显微镜二抗 | CoraLite®488偶联的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00013-1 |
| CoraLite®594偶联的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00013-2 | |
| CoraLite®488偶联的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-3 | |
| CoraLite®594偶联的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-4 | |
| CoraLite®647偶联的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00014-10 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | BasalMedia | -- |
| 胎牛血清 | Sbjbio | -- | |
| 细胞转染 | JetPRIME®转染试剂 | Polyplus | -- |
| 细胞周期同步化 | 含羞草碱 | MedChemExpress | HY-N0928 |
| 胸苷 | MedChemExpress | HY-N1150 | |
| RO-3306 | MedChemExpress | HY-12529 | |
| 诺考达唑 | MedChemExpress | HY-13520 | |
| 药物处理 | 沃拉塞替 | Selleck | S2235 |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 共聚焦显微镜 | TCS SP8显微镜 | Leica | -- |
| 3D-SIM显微镜 | Elyra 7系统 | Zeiss | -- |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Merck Millipore | -- |
| 自动化化学发光免疫分析仪 | Tanon | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G-琼脂糖珠 | GE Healthcare | -- |
| 流式细胞术 | LSRFortessa™流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 包装慢病毒 | psPAX.2包装质粒 | -- | -- |
| pCMV-VSV-G包装质粒 | -- | -- | |
| 细胞感染 | 聚凝胺 | Selleck | E1299 |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂 | MedChemExpress | -- |
| 动物实验 | ABW®基质胶 | ABWbio | -- |
| 免疫组化 | 乳腺癌组织芯片 | Shanghai Outdo Biotech Company | HBreD180Bc01-2 |
| 统计分析 | ImageJ软件 | NIH | -- |
| GraphPad Prism 8软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和敲除 | 细胞系(HeLa, MDA-MB-231)来源;敲除方法(CRISPR/Cas9)的目标序列;培养条件(DMEM+10% FBS, 37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture, transfection, and chemical treatment; Generation of TUFT1-knockout cell lines |
| siRNA敲低 | siRNA序列(TUFT1 siRNA-1, siRNA-2, C-Nap1 siRNA, NEK2 siRNA);转染试剂和条件 阅读提示:Materials and methods - RNA interference |
| PLK1抑制 | volasertib的浓度(10 nM)和处理时间(48 h) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture, transfection, and chemical treatment |
| 中心体扩增检测 | Centrin-3 foci计数标准(>4);免疫荧光染色方法和显微镜设置 阅读提示:Figure legends 2B-D, S1D-E; Materials and methods - Immunofluorescence microscopy |
| 蛋白磷酸化检测 | TUFT1磷酸化突变体(2A:T29A/S70A; 2D:T29D/S70D);NEK2共转染;λPPase处理 阅读提示:Results - TUFT1 is phosphorylated by NEK2; Materials and methods - Plasmids, Immunoprecipitation, Immunoblotting |
| 体内肿瘤生长实验 | 小鼠品系(BALB/c nude, female, 5-6 weeks);每组数量(n=5);细胞注射数量(2×10^6)和部位;肿瘤测量和计算方式;观察时间(8周) 阅读提示:Materials and methods - Animal experiments |
| 临床样本分析和生存分析 | 组织芯片来源和编号;免疫组化评分标准(0-3分,低/高分界);Kaplan-Meier Plotter数据库使用方法(TUFT1高低分组) 阅读提示:Materials and methods - Immunohistochemical staining; Overall survival analysis |