TMC5在COAD中的表达分析
明确TMC5在COAD组织和细胞中的表达水平。
利用TIMER、GEPIA、UALCAN数据库分析TMC5表达,并用Western blot、RT-qPCR和IHC检测临床样本及细胞系中TMC5的表达。
RBM15 promotes COAD progression by regulating the m6A modification of TMC5.
包含数据库分析、临床组织样本、体外细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭、铁死亡)、体内异种移植模型以及分子机制实验(MeRIP、双荧光素酶报告基因)等多个证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
COAD细胞系(Caco-2、SW620、LoVo) 正常结肠黏膜上皮细胞系(NCM460) COAD临床组织样本(69例肿瘤及配对癌旁组织) BALB/C裸鼠异种移植瘤模型
TMC5和RBM15在COAD组织和细胞系中的表达水平(Western blot、RT-qPCR、IHC) sh-TMC5或sh-RBM15的敲低效率及TMC5过表达效率(Western blot验证) 细胞增殖(EdU)、凋亡(流式)、迁移和侵袭(Transwell)的实验条件 体内异种移植实验的细胞数量(2×10^6)、小鼠品系(BALB/C雄性裸鼠)和分组(n=5/组) RBM15与TMC5相互作用的验证(MeRIP、双荧光素酶报告基因)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确TMC5在COAD组织和细胞中的表达水平。
利用TIMER、GEPIA、UALCAN数据库分析TMC5表达,并用Western blot、RT-qPCR和IHC检测临床样本及细胞系中TMC5的表达。
验证TMC5对COAD细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭、EMT、铁死亡和糖酵解的影响。
通过慢病毒介导的shRNA敲低TMC5,进行EdU、流式细胞术、Transwell、伤口愈合、Western blot、ROS/Fe2+检测、RT-qPCR等实验。
验证TMC5对COAD体内肿瘤生长的影响。
将sh-NC或sh-TMC5转染的LoVo细胞皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并进行IHC染色分析。
验证RBM15是否通过m6A修饰调控TMC5 mRNA稳定性和表达。
使用SRAMP预测m6A位点,进行MeRIP-qPCR检测m6A水平,放线菌素D实验检测mRNA稳定性,Western blot检测蛋白水平,双荧光素酶报告实验验证相互作用。
证实RBM15通过TMC5影响COAD恶性行为。
在RBM15敲低的同时过表达TMC5,检测增殖、凋亡、迁移、侵袭、ROS/Fe2+水平和FTH1/xCT表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Caco-2细胞系 | Procell | -- |
| SW620细胞系 | Procell | -- | |
| LoVo细胞系 | Procell | -- | |
| NCM460细胞系 | SUNNCELL | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | CST | -- |
| TMC5抗体 | Invitrogen | PA5-95696 | |
| RBM15抗体 | Invitrogen | PA5-99993 | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Abcam | ab76055 | |
| N-钙粘蛋白抗体 | Abcam | ab76011 | |
| 波形蛋白抗体 | Abcam | ab20346 | |
| 纤连蛋白抗体 | Abcam | ab2413 | |
| RAD51抗体 | Abcam | ab133534 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Invitrogen | PA5-85271 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Solarbio | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime | -- | |
| TB Green Fast qPCR Mix | Takara | -- | |
| CFX6热循环仪 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞转染 | 慢病毒pLKO.1载体 | Genechem | -- |
| 聚乙烯亚胺 | PolySciences | -- | |
| 细胞增殖检测 | EdU溶液 | RiboBio | -- |
| 细胞凋亡检测 | 膜联蛋白V-FITC | KeyGEN BioTECH | -- |
| 碘化丙啶 | KeyGEN BioTECH | -- | |
| Caspase 3活性检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| Transwell实验 | 含8 μm孔径小室的Boyden腔 | Chemicon | -- |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | MCE | -- |
| 铁离子检测 | 总铁比色检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 免疫荧光 | γH2AX抗体 | Abcam | ab81299 |
| 53BP1抗体 | Abcam | ab175188 | |
| DAPI染料 | Beyotime | -- | |
| 糖酵解分析 | 葡萄糖检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- | |
| MeRIP | m6A抗体 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告实验 | pmirGLO荧光素酶报告质粒 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | COAD细胞系(Caco-2、SW620、LoVo)及正常细胞NCM460的培养条件:培养基、血清、温度、CO2、代次 阅读提示:材料与方法:临床样本和细胞培养 |
| TMC5敲低实验 | shRNA序列、转染方法(慢病毒)、细胞密度、筛选浓度(如嘌呤霉素) 阅读提示:材料与方法:细胞转染 |
| 细胞增殖和凋亡 | EdU浓度和孵育时间、Annexin V-FITC/PI染色步骤、流式细胞仪设置 阅读提示:材料与方法:EdU实验、细胞凋亡和caspase 3活性检测 |
| 迁移和侵袭 | 细胞数量、基质胶浓度、孵育时间、小室孔径 阅读提示:材料与方法:Transwell实验 |
| 体内异种移植 | 细胞系(LoVo)、注射细胞数(2×10^6)、小鼠品系(BALB/C裸鼠)、性别(雄性)、年龄(5-6周)、每组数量(n=5)、观察时间(30天)、肿瘤测量方法 阅读提示:材料与方法:肿瘤异种移植实验 |
| m6A调控机制 | MeRIP抗体和磁珠、RT-qPCR引物、双荧光素酶报告质粒构建(突变位点)、放线菌素D浓度和处理时间 阅读提示:材料与方法:MeRIP、双荧光素酶报告实验和RNA稳定性实验 |