GEO数据挖掘与差异基因分析
筛选与IA相关的关键差异表达基因
整合GSE54083和GSE75436数据集,进行差异表达分析、Venn分析、GO和KEGG富集分析,构建PPI网络,识别ACTN2为关键基因。
ACTN2, regulated by PRDM9, affects the growth and inflammation of vascular smooth muscle cells by interacting with PDLIM1 in intracranial aneurysms.
结合GEO数据集、体内动物模型、体外细胞实验及多种分子生物学验证,包括功能验证和机制验证。
人颅内动脉瘤组织样本 大鼠颅内动脉瘤模型 人主动脉血管平滑肌细胞
ACTN2在颅内动脉瘤中的表达水平 大鼠动脉瘤模型的构建方法(单侧颈总动脉结扎和肾血管性高血压) 体内ACTN2敲低/过表达慢病毒给药剂量(50 μL,尾静脉注射) 体外HAVSMC的ACTN2敲低/过表达处理 Hippo信号通路激活状态
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与IA相关的关键差异表达基因
整合GSE54083和GSE75436数据集,进行差异表达分析、Venn分析、GO和KEGG富集分析,构建PPI网络,识别ACTN2为关键基因。
验证ACTN2在IA患者组织中的表达
收集IA患者和创伤性脑损伤患者的正常颞浅动脉组织,通过qRT-PCR和Western blot检测ACTN2表达。
评估ACTN2对IA进展的影响
通过单侧颈总动脉结扎和肾血管性高血压诱导大鼠IA模型,分为假手术组、IA组、IA+sh-ACTN2组、IA+OE-ACTN2组,进行HE染色、EVG染色、免疫组化、TUNEL和ELISA检测。
检测ACTN2对VSMC增殖、凋亡和炎症的影响
在人主动脉血管平滑肌细胞中敲低或过表达ACTN2,通过CCK-8、EdU、流式细胞术、TUNEL和ELISA检测细胞功能。
验证PRDM9通过H3K4me3修饰调控ACTN2表达
通过USUC数据库预测、ChIP-qPCR验证H3K4me3和PRDM9在ACTN2启动子上的结合,使用CRISPR-Cas9敲除增强子,并过表达PRDM9观察效应。
验证ACTN2与PDLIM1的相互作用及功能
通过生物信息学预测、GST pull-down、共定位验证ACTN2与PDLIM1相互作用,并在VSMC中过表达PDLIM1观察对ACTN2敲低效应的逆转。
验证PDLIM1对大鼠IA模型的影响
在大鼠IA模型中敲低或过表达PDLIM1,通过病理染色和Western blot评估血管损伤。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| EVG染色 | 改良VG染色液 | Yeasen | R20390 |
| 免疫组织化学 | 抗ACTN2抗体 | Proteintech | 68223-1-Ig |
| 抗PDLIM1抗体 | Proteintech | 11674-1-AP | |
| 抗H3K4me3抗体 | Abcam | Ab8580 | |
| TUNEL | TUNEL检测液 | Vazyme | A211-01 |
| 细胞培养 | 人主动脉血管平滑肌细胞 | Procell | CP-H116 |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11965092 | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10099141C | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| CCK8 | CCK-8溶液 | Beyotime | C0037 |
| EdU | EdU工作液 | Beyotime | C0071S |
| Western blot | 抗YAP1抗体 | Proteintech | 81090-1-RR |
| 抗CTGF抗体 | Proteintech | 23903-1-AP | |
| 抗CYR61抗体 | Proteintech | 26689-1-AP | |
| 抗Caspase-3抗体 | Proteintech | 82202-1-RR | |
| 抗裂解Caspase-3抗体 | Proteintech | 25128-1-AP | |
| 抗PARP抗体 | Abcam | ab191217 | |
| 抗裂解PARP抗体 | Abcam | ab32064 | |
| 抗PRDM9抗体 | Abcam | ab191524 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| 山羊抗兔IgG抗体 | Abcam | ab6721 | |
| 兔抗鼠IgG抗体 | Abcam | ab6728 | |
| CRISPR-Cas9 | Dharmacon Edit-R CRISPR-Cas9基因工程系统 | Dharmacon | -- |
| 慢病毒ACTN2-sgRNA | Dharmacon | VSGH12608-256887302 | |
| RNA pull-down | Pierce™ RNA 3'末端脱硫生物素化试剂盒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GEO数据筛选 | 数据集GSE54083和GSE75436的原始数据、样本分组、差异分析参数(|log2FC| > 1, p < 0.05) 阅读提示:Materials and Methods: Data acquisition and differential gene analysis |
| 大鼠IA模型建立 | Sprague-Dawley大鼠品系、结扎方法、分组(Sham, IA, IA+sh-ACTN2, IA+OE-ACTN2)、慢病毒注射体积和途径(50 μL尾静脉)、模型成功标准 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |
| 细胞培养与处理 | HAVSMC细胞系(CP-H116)、培养条件(DMEM, 10% FBS, 1% P/S, 37°C, 5% CO2)、shRNA/过表达转染方法 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture |
| 分子实验 | ChIP-qPCR抗体(H3K4me3, PRDM9)、CRISPR-Cas9 sgRNA序列(ACTN2)、RNA pull-down试剂盒型号、GST pull-down条件 阅读提示:Materials and Methods: ChIP, CRISPR-Cas9, RNA pull-down |
| 统计分析 | 统计软件(SPSS 22.0)、组间比较方法(t检验或ANOVA)、样本重复数(体外实验三次重复) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analyses |