Notch3表达分析
评估Notch3在NSCLC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关系。
通过数据库(GEPIA、TCGA、GEO)分析Notch3表达,并用免疫组化、RT-qPCR和Western blot验证;利用Kaplan-Meier plotter分析预后关联。
Notch3 mediated TGF‑β1 activation enhances epithelial‑mesenchymal transition and cancer stemness in non‑small lung cancer.
包含体外细胞系(A549、H1975等)功能实验、体内异种移植和转移模型、转录组测序及免疫组化等多层级验证。
A549细胞 H1975细胞 异种移植裸鼠模型 肺转移裸鼠模型
Notch3在NSCLC细胞系中表达水平高于正常支气管上皮细胞BEAS-2B shRNA沉默Notch3效率及N3ICD过表达效率 TGF-β1(10 ng/ml)处理48小时诱导EMT 体内实验中TGF-β1腹腔注射剂量及频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Notch3在NSCLC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关系。
通过数据库(GEPIA、TCGA、GEO)分析Notch3表达,并用免疫组化、RT-qPCR和Western blot验证;利用Kaplan-Meier plotter分析预后关联。
建立Notch3功能研究的细胞模型。
使用慢病毒介导的shRNA敲低Notch3,并使用N3ICD过表达质粒转染A549和H1975细胞。
验证Notch3是否通过影响TGF-β1产生来调节EMT。
在Notch3敲低或过表达的细胞中检测TGF-β1分泌和EMT标记物(E-Cadherin、Vimentin)的表达,并观察TGF-β1处理后的变化。
评估Notch3对肺癌细胞恶性行为的作用。
使用CCK-8、Transwell和伤口愈合实验检测细胞增殖、迁移和侵袭能力。
从A549细胞中富集CSCs并验证其特性。
通过无血清悬浮培养获得肿瘤球,并用免疫荧光、RT-qPCR、Western blot检测干细胞标志物。
验证Notch3是否通过TGF-β1调控癌症干细胞特性。
在Notch3敲低或过表达的A549球体细胞中评估成球能力和干细胞标志物表达。
验证Notch3敲低在体内对肿瘤生长和转移的影响。
将sh-Control或sh-Notch3 A549细胞接种裸鼠皮下或尾静脉,并腹腔注射TGF-β1,观察肿瘤体积、重量和肺转移结节。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Wuhan Pricella Life Science and Technology Co., Ltd. | -- |
| 青霉素-链霉素 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 重组人TGF-β1 | PeproTech, Inc. | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| Western blot | ECL检测试剂盒 | Abbkine Scientific Co., Ltd. | BMU102-CN |
| ECL HRP底物 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 34580 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | MilliporeSigma | -- | |
| BIO-RAD ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| RT-qPCR | FreeZol试剂 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | R711-01 |
| NanoDrop ONE分光光度计 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| PrimerScript反转录试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | R222-01 | |
| SYBR Green预混液 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | Q412-02 | |
| 慢病毒包装 | RNAi-Mate转染试剂 | Shanghai GenePharma Co., Ltd. | GO4001 |
| 聚凝胺 | 文中未明确说明 | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| Opti-MEM培养基 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 31985-062 | |
| ELISA | TGF-β1 ELISA试剂盒 | Boster Biological Technology, Ltd. | EK0513 |
| 细胞增殖 | CCK-8检测试剂盒 | 文中未明确说明 | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning, Inc. | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | S2110 |
| Triton X-100 | 文中未明确说明 | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 成球实验 | DMEM-F12培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 表皮生长因子 | PeproTech, Inc. | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech, Inc. | -- | |
| B27添加剂 | BD Biosciences | -- | |
| RNA测序 | GenSeq rRNA去除试剂盒 | GenSeq, Inc. | -- |
| GenSeq低起始量RNA文库制备试剂盒 | GenSeq, Inc. | -- | |
| BioAnalyzer 2100分析仪 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| Illumina NovaSeq测序仪 | Illumina, Inc. | -- | |
| 体内实验 | 基质胶 | 文中未明确说明 | -- |
| H&E染色 | 伊红 | 文中未明确说明 | -- |
| 免疫组化 | DAB底物 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件、TGF-β1处理浓度和时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| Notch3敲低/过表达 | shRNA序列、转染方法、过表达载体、筛选浓度 阅读提示:Materials and methods: Lentiviral and plasmid transfection |
| EMT功能实验 | TGF-β1处理浓度、时间、细胞活力、迁移和侵袭检测方法 阅读提示:Results: Notch3 mediates TGF-β1-induced proliferation, migration and invasion; Figure 4 legend |
| 癌症干细胞富集 | 球形培养条件(生长因子、密度、培养时间) 阅读提示:Materials and methods: Tumor sphere formation assay |
| 体内实验 | 动物品系、性别、年龄、细胞接种量、TGF-β1给药方案、观察时间 阅读提示:Materials and methods: Xenograft model and lung metastasis model |