NSUN2表达与临床相关性分析
探究NSUN2在TNBC中的表达水平及其与患者预后的关系。
分析TCGA数据库中14个m5C相关基因表达,并进行单因素Cox回归和生存分析;采用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测TNBC组织和细胞系中NSUN2表达。
NSUN2-tRNAVal-CAC-axis-regulated codon-biased translation drives triple-negative breast cancer glycolysis and progression.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植和肺转移模型、Ribo-seq和tRNA m5C-BisSeq等多组学分析,以及代谢和化疗敏感性验证。
三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231、HCC1937、HCC1806等) 正常乳腺上皮细胞系MCF10A BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 BALB/c裸鼠尾静脉肺转移模型
NSUN2在TNBC组织和细胞系中的表达水平(qRT-PCR、Western blot、IHC) NSUN2敲低或过表达后细胞增殖、迁移、侵袭能力(CCK-8、集落形成、Transwell) NSUN2催化活性位点突变(C271A和C321A)对m5C甲基转移酶活性的影响 NSUN2敲低后tRNAVal−CAC的m5C修饰水平(m5C-BisSeq)和表达变化 NSUN2敲低或过表达对糖酵解指标(葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP水平、ECAR)的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究NSUN2在TNBC中的表达水平及其与患者预后的关系。
分析TCGA数据库中14个m5C相关基因表达,并进行单因素Cox回归和生存分析;采用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测TNBC组织和细胞系中NSUN2表达。
评估NSUN2表达变化对TNBC细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响。
通过siRNA敲低或质粒过表达NSUN2,进行CCK-8、集落形成、Transwell和流式细胞术检测。
验证NSUN2对TNBC体内肿瘤生长和转移的影响。
构建BALB/c裸鼠皮下异种移植模型和尾静脉肺转移模型,分别检测NSUN2敲低和过表达对肿瘤生长和转移的影响。
确定NSUN2的m5C甲基转移酶活性是否是其致癌功能所必需。
构建NSUN2催化位点突变体(C271A和C321A),比较野生型和突变体对m5C水平、细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
鉴定NSUN2介导的tRNA m5C修饰及其对tRNA表达的影响。
利用m5C-tRNA-BS-seq和tRNA-seq分析NSUN2敲低后tRNA m5C修饰和表达变化,并通过qRT-PCR验证。
探究NSUN2调控的tRNA修饰如何影响翻译效率和密码子使用。
进行Ribo-seq和puromycin掺入实验,分析翻译效率变化;使用CodonW软件进行密码子使用偏好分析,比较TE变化基因的密码子使用情况。
验证NSUN2对糖酵解相关基因翻译的影响及对糖酵解代谢的调控。
检测NSUN2敲低或过表达后糖酵解相关基因(ALDH3A2、ALDH7A1、HK1、PFKM)的mRNA和蛋白水平,并进行多核糖体分析;检测葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP水平和ECAR。
探究NSUN2是否介导TNBC对多西他赛的耐药性。
检测NSUN2表达与多西他赛IC50的相关性;进行CCK-8和集落形成实验评估敲低或过表达NSUN2对多西他赛敏感性的影响;采用异种移植模型进行体内验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| MCF10A专用上皮培养基 | Procell | CL-0525 | |
| RNA干扰和慢病毒转导 | 靶向NSUN2的小干扰RNA | RiboBio | -- |
| 靶向tRNAVal−CAC的小干扰RNA | RiboBio | -- | |
| 携带NSUN2 shRNA的慢病毒 | Genechem | -- | |
| RNA提取 | AG RNAex Pro RNA提取试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG21101 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11728 |
| qRT-PCR | SYBR Green Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biotechnology | AG11701 |
| 多核糖体分析 | Beckman SW-41Ti转子 | Beckman | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | -- | -- | |
| RNA m5C dot blot | Hybond-N+尼龙膜 | Cytiva | -- |
| 抗m5C抗体 | Abcam | -- | |
| 亚甲基蓝 | Sangon Biotech | -- | |
| 细胞功能实验 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| Transwell小室(24孔,8μm孔径) | Corning Costar | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | SJA Laboratory Animal Company | -- |
| 蛋白质合成检测 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 抗嘌呤霉素抗体 | ABclonal | -- | |
| Ribo-seq | 哈林通碱 | -- | -- |
| 糖酵解测定 | ATP检测试剂盒 | Jiancheng Corporation | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | Jiancheng Corporation | -- | |
| 葡萄糖摄取检测试剂盒 | Abcam | -- | |
| Seahorse XFe96分析仪 | Agilent | -- | |
| tRNA m5C-BisSeq | TRIzol试剂 | Accurate Biotechnology | AG21101 |
| mirVana分离试剂盒 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| EZ RNA甲基化试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| tRNA文库构建 | GenSeq®小RNA文库制备试剂盒 | GenSeq, Inc. | -- |
| 测序平台 | NovaSeq平台 | Illumina | -- |
| 分子对接 | PyMol软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞模型和培养条件 | 细胞系来源(ATCC)、培养条件(培养基、血清浓度、抗生素浓度)、MCF10A专用培养基(CL-0525) 阅读提示:Materials and Methods: Cell cultures |
| NSUN2敲低/过表达 | siRNA序列、shRNA序列、转染或感染方法、敲低和过表达效率验证 阅读提示:Materials and Methods: RNA interference and lentivirus transduction; Supplementary Table S1 |
| 体内肿瘤生长模型 | 小鼠品系和年龄(BALB/c裸鼠4周龄)、细胞注入数量和方式(皮下、尾静脉)、肿瘤体积和重量测量时间 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |
| 翻译分析 | Ribo-seq处理条件(harringtonine浓度和时长、cycloheximide浓度)、翻译效率计算方法 阅读提示:Materials and Methods: Ribosome sequencing (Ribo-seq) |
| 代谢分析 | ATP、乳酸、葡萄糖摄取检测试剂的种类和品牌、ECAR测定条件 阅读提示:Materials and Methods: Glycolysis assay |