NSUN2-tRNAVal-CAC轴调控的密码子偏向性翻译驱动三阴性乳腺癌糖酵解和进展

NSUN2-tRNAVal-CAC-axis-regulated codon-biased translation drives triple-negative breast cancer glycolysis and progression.

作者信息Wenlong Wang, Ying Ding, Haixi Zhao, Shouman Wang, Juan Huang, Lunquan Sun
PMID40855521
发布时间2025-08
DOI10.1186/s11658-025-00781-z

实验完整度

高

包含体外细胞功能实验、体内异种移植和肺转移模型、Ribo-seq和tRNA m5C-BisSeq等多组学分析,以及代谢和化疗敏感性验证。

主要模型

三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231、HCC1937、HCC1806等) 正常乳腺上皮细胞系MCF10A BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 BALB/c裸鼠尾静脉肺转移模型

重点核对

NSUN2在TNBC组织和细胞系中的表达水平(qRT-PCR、Western blot、IHC) NSUN2敲低或过表达后细胞增殖、迁移、侵袭能力(CCK-8、集落形成、Transwell) NSUN2催化活性位点突变(C271A和C321A)对m5C甲基转移酶活性的影响 NSUN2敲低后tRNAVal−CAC的m5C修饰水平(m5C-BisSeq)和表达变化 NSUN2敲低或过表达对糖酵解指标(葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP水平、ECAR)的影响

摘要

背景:表观转录组学数据表明,恶性肿瘤中异常的tRNA修饰可通过促进癌基因翻译来推动肿瘤生长。NSUN2是一种tRNA的5-甲基胞嘧啶(m5C)甲基转移酶,在包括三阴性乳腺癌(TNBC)在内的多种实体癌中表达升高。然而,尚不清楚NSUN2如何驱动侵袭性行为,以及NSUN2是否可作为TNBC的有效治疗靶点。方法:采用功能实验,包括RNA干扰、慢病毒转导和体内异种移植模型,评估NSUN2在TNBC细胞增殖、转移和化疗耐药中的作用。利用核糖体测序(Ribo-seq)、tRNA m5C亚硫酸氢盐测序和密码子使用偏好分析探讨NSUN2介导的tRNA修饰的翻译机制。采用糖酵解测定和分子对接研究代谢重编程和蛋白质相互作用。结果:NSUN2在TNBC中显著上调,并与患者不良预后相关。机制上,NSUN2介导tRNAVal−CAC的m5C修饰,增强关键糖酵解相关基因(包括ALDH3A2、ALDH7A1、HK1和PFKM)的密码子频率依赖性翻译。NSUN2缺失破坏tRNAVal−CAC m5C修饰,损害这些代谢酶的翻译并抑制糖酵解,最终在体内外抑制TNBC细胞增殖、迁移和侵袭。此外,NSUN2过表达赋予多西他赛耐药性,而抑制NSUN2则使TNBC细胞对多西他赛治疗敏感。临床上,在多西他赛耐药的TNBC组织中观察到NSUN2和糖酵解相关基因表达水平升高,进一步支持NSUN2在化疗耐药中的作用。结论:本研究确定NSUN2通过tRNAVal−CAC m5C修饰和糖酵解相关mRNA的密码子偏向性翻译,成为TNBC进展的关键调节因子。我们的发现揭示了NSUN2–tRNAVal−CAC轴在TNBC中协调代谢重编程和翻译控制,提供了有前景的预后生物标志物和治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
NSUN2是否通过tRNA m5C修饰和密码子偏向性翻译调控糖酵解相关基因表达,从而驱动TNBC进展和化疗耐药?
核心机制
NSUN2介导tRNAVal−CAC的m5C修饰,增加其稳定性,进而通过密码子频率依赖性方式促进含有GUG密码子的糖酵解相关基因(ALDH3A2、ALDH7A1、HK1、PFKM)的翻译,增强糖酵解,促进TNBC进展和化疗耐药。
主要证据
体外细胞功能实验、体内异种移植和肺转移模型、Ribo-seq和tRNA m5C-BisSeq分析、多核糖体分析、糖酵解代谢测定以及多西他赛敏感性实验均支持该机制。
研究意义
该研究揭示NSUN2–tRNAVal−CAC轴在TNBC中协调代谢重编程和翻译控制,提出NSUN2作为TNBC预后生物标志物和治疗靶点的潜在价值。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

NSUN2表达与临床相关性分析

探究NSUN2在TNBC中的表达水平及其与患者预后的关系。

分析TCGA数据库中14个m5C相关基因表达,并进行单因素Cox回归和生存分析;采用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测TNBC组织和细胞系中NSUN2表达。

2

NSUN2对TNBC细胞功能的影响

评估NSUN2表达变化对TNBC细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响。

通过siRNA敲低或质粒过表达NSUN2,进行CCK-8、集落形成、Transwell和流式细胞术检测。

3

NSUN2体内功能验证

验证NSUN2对TNBC体内肿瘤生长和转移的影响。

构建BALB/c裸鼠皮下异种移植模型和尾静脉肺转移模型,分别检测NSUN2敲低和过表达对肿瘤生长和转移的影响。

4

NSUN2催化活性依赖性验证

确定NSUN2的m5C甲基转移酶活性是否是其致癌功能所必需。

构建NSUN2催化位点突变体(C271A和C321A),比较野生型和突变体对m5C水平、细胞增殖、迁移和侵袭的影响。

5

tRNA m5C修饰谱和tRNA表达分析

鉴定NSUN2介导的tRNA m5C修饰及其对tRNA表达的影响。

利用m5C-tRNA-BS-seq和tRNA-seq分析NSUN2敲低后tRNA m5C修饰和表达变化,并通过qRT-PCR验证。

6

翻译效率与密码子使用分析

探究NSUN2调控的tRNA修饰如何影响翻译效率和密码子使用。

进行Ribo-seq和puromycin掺入实验,分析翻译效率变化;使用CodonW软件进行密码子使用偏好分析,比较TE变化基因的密码子使用情况。

7

糖酵解靶基因验证

验证NSUN2对糖酵解相关基因翻译的影响及对糖酵解代谢的调控。

检测NSUN2敲低或过表达后糖酵解相关基因(ALDH3A2、ALDH7A1、HK1、PFKM)的mRNA和蛋白水平,并进行多核糖体分析;检测葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP水平和ECAR。

8

多西他赛耐药性评估

探究NSUN2是否介导TNBC对多西他赛的耐药性。

检测NSUN2表达与多西他赛IC50的相关性;进行CCK-8和集落形成实验评估敲低或过表达NSUN2对多西他赛敏感性的影响;采用异种移植模型进行体内验证。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基----
MCF10A专用上皮培养基ProcellCL-0525
靶向NSUN2的小干扰RNARiboBio--
靶向tRNAVal−CAC的小干扰RNARiboBio--
携带NSUN2 shRNA的慢病毒Genechem--
AG RNAex Pro RNA提取试剂盒Accurate BiotechnologyAG21101
逆转录试剂盒Accurate BiotechnologyAG11728
SYBR Green Pro Taq HS qPCR试剂盒Accurate BiotechnologyAG11701
Beckman SW-41Ti转子Beckman--
RIPA裂解液Beyotime--
蛋白酶抑制剂混合物Sigma-Aldrich--
磷酸酶抑制剂混合物Sigma-Aldrich--
BCA蛋白定量试剂盒Beyotime--
硝酸纤维素膜----
Hybond-N+尼龙膜Cytiva--
抗m5C抗体Abcam--
亚甲基蓝Sangon Biotech--
CCK-8试剂盒----
Transwell小室(24孔,8μm孔径)Corning Costar--
BALB/c裸鼠SJA Laboratory Animal Company--
嘌呤霉素----
抗嘌呤霉素抗体ABclonal--
哈林通碱----
ATP检测试剂盒Jiancheng Corporation--
乳酸检测试剂盒Jiancheng Corporation--
葡萄糖摄取检测试剂盒Abcam--
Seahorse XFe96分析仪Agilent--
TRIzol试剂Accurate BiotechnologyAG21101
mirVana分离试剂盒ThermoFisher Scientific--
EZ RNA甲基化试剂盒Zymo Research--
GenSeq®小RNA文库制备试剂盒GenSeq, Inc.--
NovaSeq平台Illumina--
PyMol软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞模型和培养条件
细胞系来源(ATCC)、培养条件(培养基、血清浓度、抗生素浓度)、MCF10A专用培养基(CL-0525)
阅读提示:Materials and Methods: Cell cultures
NSUN2敲低/过表达
siRNA序列、shRNA序列、转染或感染方法、敲低和过表达效率验证
阅读提示:Materials and Methods: RNA interference and lentivirus transduction; Supplementary Table S1
体内肿瘤生长模型
小鼠品系和年龄(BALB/c裸鼠4周龄)、细胞注入数量和方式(皮下、尾静脉)、肿瘤体积和重量测量时间
阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments
翻译分析
Ribo-seq处理条件(harringtonine浓度和时长、cycloheximide浓度)、翻译效率计算方法
阅读提示:Materials and Methods: Ribosome sequencing (Ribo-seq)
代谢分析
ATP、乳酸、葡萄糖摄取检测试剂的种类和品牌、ECAR测定条件
阅读提示:Materials and Methods: Glycolysis assay