临床样本外泌体分析
筛选与ICP相关的差异表达miRNA。
从正常孕妇、轻度和重度ICP患者血清中分离外泌体,通过电镜、NTA和Western blot表征,进行RNA测序和qRT-PCR验证。
Yinchenhao Decoction Protects Against Intrahepatic Cholestasis During Pregnancy Through the miR-370-3p/TM9SF4/KIT Axis.
包括临床样本外泌体分析、体外细胞模型、体内动物模型,并进行双荧光素酶、RNA pull-down及功能验证,涵盖多层级证据。
HTR-8/SVneo人滋养层细胞系 SD孕鼠ICP模型 临床血清样本(正常孕妇和ICP患者)
外泌体分离方法:差速离心及Total Exosome Isolation Kit (UR52136, Umibio) ICP细胞模型:100 μmol/L牛磺胆酸(TCA)处理HTR-8/SVneo细胞24小时 动物模型:2.5 mg/kg/天雌二醇苯甲酸酯(EB)腹腔注射孕鼠5天 YCHD给药剂量:12 g/kg/天(1.2 mL/100 g)口服,持续5天 qRT-PCR内参:U6(miRNA)和β-actin(mRNA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与ICP相关的差异表达miRNA。
从正常孕妇、轻度和重度ICP患者血清中分离外泌体,通过电镜、NTA和Western blot表征,进行RNA测序和qRT-PCR验证。
预测并验证miR-370-3p的直接靶基因。
使用starBase预测靶基因,通过双荧光素酶报告基因实验验证TM9SF4和KIT为直接靶标。
验证miR-370-3p对TM9SF4和KIT的负调控作用及其功能影响。
用TCA处理HTR-8/SVneo细胞建立ICP模型,转染miR-370-3p mimics或inhibitor,检测miR-370-3p、TM9SF4、KIT表达和细胞活力。
验证miR-370-3p对TM9SF4和KIT的靶向调控及YCHD的保护作用。
用EB诱导孕鼠ICP模型,给予miR-370-3p antagomir或YCHD处理,检测肝功指标、肝脏病理、外泌体和胎盘组织中miR-370-3p、TM9SF4和KIT表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| YCHD制备 | 茵陈 | -- | -- |
| 栀子 | -- | -- | |
| 大黄 | -- | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | -- | |
| ICP建模 | 牛磺胆酸 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Biosharp | BS350b |
| 动物实验 | 苯甲酸雌二醇 | -- | -- |
| 组织处理 | 磷酸盐缓冲液 | GENOM | GNM20012 |
| 外泌体分离 | 总外泌体分离试剂盒 | Umibio | UR52136 |
| ExoQuick溶液 | Umibio | -- | |
| 电镜 | Formvar碳载铜网 | PELCO | 01753-F |
| 双蒸水 | Novoprotein | E130-01A | |
| 磷钨酸 | Sinopharm | XW120679911 | |
| 甲基纤维素 | SIGMA | M0512 | |
| NTA | ZetaView PMX 110纳米颗粒分析仪 | Particle Metrix | -- |
| 110纳米聚苯乙烯微球 | Microtrac | 400168-110 | |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | PE150 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL6-miR基因质粒 | ELK Biotechnology | D2106 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Aspen Biotechnology | AS1004 |
| SDS-PAGE试剂盒 | Aspen Biotechnology | AS1012 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 脱脂奶粉 | Aspen Biotechnology | AS1033 | |
| 抗CD9抗体 | Proteintech | ab236630 | |
| 抗CD63抗体 | Proteintech | 25682-1-AP | |
| 抗CD81抗体 | Proteintech | 27855-1-AP | |
| 抗TM9SF4抗体 | Abcam | ab253000 | |
| 抗KIT抗体 | Proteintech | 18696-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | TDY051 | |
| TBST缓冲液 | Aspen Biotechnology | AS1100 | |
| RNA提取 | TRIpure总RNA提取试剂 | ELK Biotechnology | EP013 |
| cDNA合成 | EntiLink™第一链cDNA合成试剂盒 | ELK Biotechnology | EQ003 |
| qRT-PCR | EnTurbo SYBR Green PCR SuperMix | ELK Biotechnology | EQ001 |
| QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR系统 | Life Technologies | -- | |
| β-actin内参 | ELK Biotechnology | -- | |
| U6内参 | ELK Biotechnology | -- | |
| miRNA转染 | miR-370-3p模拟物 | RiboBio | -- |
| miR-370-3p抑制剂 | RiboBio | -- | |
| RNA pull-down | 琼脂糖珠 | Invitrogen | -- |
| RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Magna RIP | -- | |
| 生化检测 | ALT、AST、ALP、TBA生化检测试剂盒 | JianCheng Bioengineering Institute | -- |
| 电镜 | 1230型电子显微镜 | JEOL | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| YCHD制备 | 药材配比:茵陈18g、栀子12g、大黄6g,用水360mL浸泡12小时,煮沸两次各1.5小时,浓缩至36mL(每mL含生药1g),给药剂量12g/kg/天口服 阅读提示:Methods 2.1 Preparation of YCHD |
| 临床样本收集 | 孕晚期血清样本:3例对照、6例ICP(3轻3重),诊断依据TBA、肝功能和产后恢复;伦理批准号2021-LY-ky016 阅读提示:Methods 2.2 Clinical Specimen Collection |
| 细胞培养与ICP模型 | HTR-8/SVneo细胞(ATCC CRL-3271)培养于含10%FBS和1%青霉素/链霉素的RPMI-1640,TCA 100 μmol/L处理24小时建立ICP模型 阅读提示:Methods 2.3 In Vitro Cell Culture and Establishment of ICP Model |
| 动物模型与治疗 | 孕SD大鼠每组3只;ICP组:EB 2.5mg/kg/天腹腔注射5天;YCHD组:12g/kg/天口服5天;antagomir组:0.1mg/kg尾静脉注射5天;检测ALT、AST、ALP、TBA 阅读提示:Methods 2.4 In Vivo ICP Model and Therapeutic Intervention |
| 外泌体分离 | 使用Total Exosome Isolation Kit (UR52136, Umibio),按说明书操作,包括ExoQuick孵育、离心、纯化柱步骤 阅读提示:Methods 2.5 Exosome Isolation and Purification |
| 分子实验 | 双荧光素酶报告基因实验(pGL6-miR质粒,Lipofectamine 2000转染)、RNA pull-down(生物素标记探针) 阅读提示:Methods 2.8 and 2.12 |
| qRT-PCR | RNA提取用TRIpure,cDNA合成用EntiLink Kit,SYBR Green SuperMix;内参U6 (miRNA)和β-actin (mRNA) 阅读提示:Methods 2.10 RNA Extraction and miRNA qRT-PCR Analysis |