检测神经退行性条件下的pUb水平
验证pUb水平在不同神经退行性条件(AD、衰老、缺血)下是否普遍升高。
对AD患者脑组织、APP/PS1小鼠、老年小鼠、MCAO小鼠及OGD处理细胞进行免疫荧光和Western blot检测PINK1和pUb。
Elevated ubiquitin phosphorylation by PINK1 contributes to proteasomal impairment and promotes neurodegeneration.
包含体外泛素化/蛋白酶体降解实验、细胞功能验证、动物模型(APP/PS1、MCAO、AAV介导的海马过表达)及蛋白组学等多层级证据。
HEK293细胞 SH-SY5Y细胞 小鼠海马神经元 APP/PS1小鼠模型 MCAO脑缺血小鼠模型
MG132浓度(0-5 µM)和时间(0-24 h)处理 OGD 2小时及再灌注时间点(0、6、12小时) sPINK1*过表达腺相关病毒(AAV2/9)注射剂量(2.25×10^12病毒颗粒/ml) 行为学测试时间点(注射后第68天进行NOR,第70天进行恐惧条件反射) Pink1敲除对蛋白质聚集和LC3-II水平的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证pUb水平在不同神经退行性条件(AD、衰老、缺血)下是否普遍升高。
对AD患者脑组织、APP/PS1小鼠、老年小鼠、MCAO小鼠及OGD处理细胞进行免疫荧光和Western blot检测PINK1和pUb。
明确sPINK1是否能磷酸化泛素并影响蛋白酶体功能。
在HEK293细胞中过表达sPINK1*、sPINK1*-KD、UbGG-sPINK1等构建体,检测pUb水平、泛素聚集和Ub-R-GFP降解。
探究pUb抑制蛋白酶体活性是通过影响泛素链延伸还是蛋白酶体-底物相互作用。
进行体外泛素链延伸实验、细胞K48链检测、体外蛋白酶体降解实验及TIRF单分子分析。
检验去除Pink1是否能减轻蛋白酶体抑制导致的蛋白质聚集。
使用MG132处理野生型和PINK1-/- HEK293细胞,以及老年和MCAO小鼠,检测不溶性泛素水平和LC3-II水平。
在动物水平验证sPINK1*过表达是否导致pUb积累、蛋白聚集和神经元损伤。
通过AAV2/9在小鼠海马CA1区表达sPINK1*、sPINK1*+Ub/S65A、Ub/S65E等,进行蛋白质组学、免疫荧光、Western blot和行为学测试。
探究sPINK1*过表达导致神经元损伤和认知障碍的分子通路。
通过蛋白质组学、免疫荧光和Western blot检测CamK2n1、pCamKII、pCREB及下游分子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco by Thermo Fisher Scientific | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Zhejiang Tianhang Biotechnology | 11011-8611 | |
| 胎牛血清 | Gibco by Thermo Fisher Scientific | 10099-141 | |
| MEM非必需氨基酸 | Gibco by Thermo Fisher Scientific | 11140-050 | |
| Lipo3000转染试剂 | Invitrogen Corp. | L3000001 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco by Thermo Fisher Scientific | 31985062 | |
| 无糖DMEM | Procell | PM150270 | |
| 药物处理 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| 嘌呤霉素 | Thermo Fisher Scientific | A1113802 | |
| 巴佛洛霉素A1 | Sigma-Aldrich | 508409 | |
| 免疫染色 | 苏丹黑B | Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd | S109070-25g |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen Corp. | P36931 | |
| 紫色结晶紫 | Yuanhang Reagent Factory | YHSJ-01-92 | |
| Western blot | ECL化学发光试剂盒 | MultiSciences Biotech | P1425 |
| 丽春红染色液 | Beyotime Biotechnology Research Institute | P0022 | |
| RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology Research Institute | P0013B | |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime Biotechnology Research Institute | P1005 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Beyotime Biotechnology Research Institute | P1081 | |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime Biotechnology Research Institute | P0009 | |
| Golgi染色 | Golgi-Cox染色液 | Servicebio | G1069 |
| 蛋白制备 | 链霉亲和素 | VWR Life Science | 97062-808 |
| 体外蛋白酶体降解实验 | 三磷酸腺苷 | Sigma-Aldrich | A6559 |
| 荧光底物肽(N-琥珀酰-Leu-Leu-Val-Tyr-7-氨基-4-甲基香豆素) | Sigma | S6510 | |
| 动物实验 | 汉密尔顿微量注射器 | Hamilton | -- |
| LEGATO 130注射泵 | KD Scientific | -- | |
| 小鼠脑立体定位仪 | RWD Life Science Co. LTP | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | HEK293和SH-SY5Y细胞系来源,培养基(DMEM+10%FBS),转染试剂Lipo3000,MG132浓度和时间,OGD时间 阅读提示:见Materials and methods中的Cell lines, cell culture, and cell transfection和Oxygen glucose deprivation and reperfusion (OGD/R) |
| 分子机制实验 | 体外泛素链延伸实验条件(E1、E2-25K浓度),蛋白酶体降解实验(底物和蛋白酶体浓度),TIRF实验条件 阅读提示:见Materials and methods中的The in vitro ubiquitin-dependent proteasome degradation和TIRF analysis of ubiquitin-proteasome interaction |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J),年龄,AAV血清型(AAV2/9),注射坐标和体积,MCAO手术细节 阅读提示:见Materials and methods中的Animals,Mouse hippocampus CA1 injection of Adeno-associated virus (AAV),Focal cerebral ischaemia/reperfusion |
| 行为学测试 | 测试时间点(注射后68-70天),NOR训练和测试时间,恐惧条件反射参数(声音频率、电击强度) 阅读提示:见Materials and methods中的Behavioral tests |
| 蛋白质组学分析 | 质谱仪器(Q Exactive HF),数据库搜索参数,差异蛋白筛选标准(2倍或0.5倍) 阅读提示:见Materials and methods中的Proteomics analysis |