泛癌生物信息学分析
评估IGFL1在多种癌症中的表达差异、预后价值、免疫浸润和肿瘤异质性关联。
利用TCGA、GTEx、TIMER2.0、GEPIA2等数据库分析IGFL1表达、生存、免疫亚型、免疫细胞浸润、TMB、MSI等,并进行药物敏感性分析。
Comprehensive Pan-Cancer Analysis Identifies IGFL1 as an Oncogenic Biomarker and Immunotherapeutic Target with Experimental Validation in Bladder Cancer.
包含生物信息学泛癌分析、临床组织样本验证、细胞功能实验(增殖、迁移、EMT)、机制验证(JAK2/STAT3通路及ML115回复实验)和体内异种移植模型实验,多个独立证据层级且含功能与机制验证。
5637和ScaBER膀胱癌细胞系 MB49小鼠膀胱癌细胞系 BALB/c裸鼠和C57小鼠异种移植模型 30例膀胱癌患者肿瘤及配对癌旁组织
IGFL1在5637和ScaBER细胞中的敲低和过表达效率 siRNA-1#序列及转染浓度 ML115浓度(10 μM)及处理时间 体内实验中5637细胞注射量(3.75×10^6个细胞/只)和鼠龄(5周龄BALB/c裸鼠、8周龄C57小鼠) 分组及样本量(每组4只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估IGFL1在多种癌症中的表达差异、预后价值、免疫浸润和肿瘤异质性关联。
利用TCGA、GTEx、TIMER2.0、GEPIA2等数据库分析IGFL1表达、生存、免疫亚型、免疫细胞浸润、TMB、MSI等,并进行药物敏感性分析。
验证IGFL1在膀胱癌组织中的表达水平。
收集30例膀胱癌患者的肿瘤组织和配对癌旁组织,其中16对用于Western blot检测IGFL1蛋白表达。
验证IGFL1对膀胱癌细胞增殖、迁移和EMT的影响。
在5637和ScaBER细胞中敲低或过表达IGFL1,通过CCK8、划痕实验、Transwell实验检测增殖和迁移,并通过Western blot检测EMT标志物。
验证IGFL1是否通过JAK2/STAT3通路发挥作用。
通过Western blot检测JAK2和STAT3的磷酸化水平,并使用STAT3激活剂ML115进行回复实验。
验证IGFL1在体内对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响。
将5637细胞(敲低IGFL1)皮下注射到BALB/c裸鼠,将MB49细胞(过表达IGFL1)皮下注射到C57小鼠,监测肿瘤生长,并通过IHC检测Ki67、CD4和CD8表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| Ham's F-12K培养基 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | PureLink RNA提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 反转录 | 第一链cDNA合成SuperMix试剂盒 | YEASON | -- |
| qPCR | SYBR Green预混液 | YEASON | -- |
| Western blot | IGFL1抗体 | HUABIO | ER61595 |
| E-钙黏蛋白抗体 | CST | 3195S | |
| N-钙黏蛋白抗体 | HUABIO | ER0503 | |
| 波形蛋白抗体 | Diagbio | db30006 | |
| SLUG抗体 | Zenbio | 350136 | |
| STAT3抗体 | Zenbio | R22785 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Zenbio | 310019 | |
| JAK2抗体 | HUABIO | M1501-8 | |
| 磷酸化JAK2抗体 | HUABIO | ET1607-34 | |
| GAPDH抗体 | CST | 2118S | |
| 免疫组织化学 | Ki-67抗体 | ZSGB-BIO | ZM-0166 |
| CD4单克隆抗体 | CST | 25229T | |
| CD8α单克隆抗体 | CST | 98951T | |
| 细胞系 | 5637细胞系 | Wuhan Pricella Biotechnology Co., Ltd | CL002 |
| ScaBER细胞系 | Wuhan Pricella Biotechnology Co., Ltd | CL0203 | |
| SVHUC细胞系 | Wuhan Pricella Biotechnology Co., Ltd | CL0222 | |
| MB49细胞系 | -- | TCMC794 | |
| 药物处理 | ML115 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基类型(RPMI-1640、Ham's F-12K、DMEM)、FBS浓度(10%)、培养条件(37℃、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and Transfection |
| 基因敲低/过表达 | siRNA序列(siRNA-1#:5’-CAUGACUCCUUACCUGAUGCUTT-3’)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and Transfection |
| 体外功能实验 | CCK8检测波长(450 nm)、划痕实验血清饥饿时间(24小时)、Transwell上室细胞数与迁移时间 阅读提示:Materials and Methods: Functional Assays of IGFL1 in vitro |
| 机制验证 | ML115浓度(10 μM)、处理时间(文中未明确说明) 阅读提示:Results: IGFL1 Activates the JAK2/STAT3 Pathway and Figure 5J |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、性别、每组数量、细胞注射量(3.75×10^6个细胞/只)、肿瘤观察时间(4周或2周) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo Experiments |
| 临床样本验证 | 患者纳入和排除标准、配对组织来源(距肿瘤边缘≥2 cm)、样本量(30例,其中16对用于WB) 阅读提示:Materials and Methods: Patients |