目标基因筛选与验证
通过公共数据库转录组和单细胞数据筛选EOC特异性基因,并验证MSLN的表达。
利用TCGA和GTEx数据差异表达分析,结合TIGER数据库单细胞分析,筛选出MSLN并评估其在不同肿瘤中的表达水平,进一步在细胞系和组织中验证。
Insights into the role of MSLN-positive circulating tumor cell as an auxiliary diagnostic biomarker in epithelial ovarian cancer.
包含细胞系和临床标本的体外验证、Pep@MNPs捕获效能验证及前瞻性队列诊断性能评估,但缺乏体内实验和机制验证。
卵巢癌细胞系OVCAR3、CAOV3、SKOV3、A2780 上皮性卵巢癌患者外周血样本(n=15) 良性卵巢病变患者外周血样本(n=20) 正常人外周血单核细胞(PBMC)
MSLN(+)CTCs计数在EOC患者(均值2.7,中位数1.0)中显著高于良性病变(均值0.1,中位数0.0),p<0.05 MSLN(+)CTCs区分良恶性卵巢病变的ROC曲线AUC为0.820,最佳截断值为1细胞/2mL血 Pep@MNPs对OVCAR3细胞的捕获效率为78.81%,对SKOV3为0.51%,A2780为0.36%,Jurkat为0.10% 用于CTC检测的MSLN抗体最佳稀释比例为1:300
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过公共数据库转录组和单细胞数据筛选EOC特异性基因,并验证MSLN的表达。
利用TCGA和GTEx数据差异表达分析,结合TIGER数据库单细胞分析,筛选出MSLN并评估其在不同肿瘤中的表达水平,进一步在细胞系和组织中验证。
确认卵巢癌细胞系和PBMC中MSLN和EpCAM的表达情况。
使用流式细胞术和免疫荧光检测四种卵巢癌细胞系和PBMC中MSLN和EpCAM表达,免疫组化检测临床组织样本。
验证Pep@MNPs对卵巢癌细胞的结合特异性和捕获效率。
通过SEM和普鲁士蓝染色验证Pep@MNPs与OVCAR3特异性结合,掺血实验评估捕获效率和特异性。
确定MSLN抗体最佳稀释比例,并验证CTC染色方法在血液环境中的可行性。
将OVCAR3掺入血液,测试不同MSLN抗体稀释比例(1:100至1:500)的荧光强度,确定最佳稀释度;比较血液和PBS环境下OVCAR3的染色效果。
在患者血液样本中富集并计数CTCs和MSLN(+)CTCs,评估其诊断价值。
使用Pep@MNPs磁捕获CTCs,免疫荧光染色鉴定CTC(CK+/DAPI+/CD45-)和MSLN(+)CTC(CK+/DAPI+/CD45-/MSLN+),并进行ROC分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | OVCAR3细胞完全培养基 | Pricella | CM-0178 |
| SKOV3细胞完全培养基 | Pricella | CM-0215 | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 人外周血淋巴细胞分离液 | TBD | LTS1077 | |
| 流式细胞术 | FITC抗人CD326 (EpCAM) 抗体 | BioLegend | 324203 |
| Alexa Fluor® 647抗间皮素抗体 | Abcam | ab252135 | |
| BD FACSCelesta™流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫荧光染色 | DAPI染色液 | Beyotime | P0131 |
| 免疫组化 | MSLN抗体 | Proteintech | 66404-1-lg |
| EpCAM抗体 | Proteintech | 66316-1-lg | |
| 扫描电子显微镜 | EpCAM肽功能化磁性纳米颗粒 | Nanopep Biotech | -- |
| 裸磁性纳米颗粒 | Nanopep Biotech | -- | |
| S-4800热场发射环境扫描电子显微镜 | -- | -- | |
| 普鲁士蓝染色 | 普鲁士蓝铁染色试剂盒 | Solarbio | G1426 |
| 掺血捕获实验 | Hoechst 33342染色液 | Solarbio | C0030 |
| CTC富集和鉴定 | TUMORFISHER® CTC检测平台 | Nanopep Biotech | -- |
| EpCAM肽功能化磁性纳米颗粒 | Nanopep Biotech | C-006-A | |
| 细胞角蛋白抗体混合物 (CK8, 18, 19) | Nanopep Biotech | C-003-A, C-004-A | |
| CD45抗体 | Nanopep Biotech | C-001-A | |
| Imager Z2荧光显微镜 | Carl Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MSLN表达验证 | 细胞系:OVCAR3、CAOV3、SKOV3、A2780;PBMC;组织样本:10例EOC和5例正常卵巢表面上皮组织 阅读提示:Methods 2.3-2.6, Figure 2 |
| Pep@MNPs捕获实验 | 细胞系:OVCAR3、Jurkat;掺血梯度:100, 500, 1000, 2000, 7000;孵育时间60分钟;磁分离30分钟 阅读提示:Methods 2.7-2.10, Figure 3 |
| CTC检测 | 患者样本:2mL外周血;MSLN抗体稀释比例1:300;CTC鉴定标准:CK+/DAPI+/CD45-,MSLN(+)CTC为CK+/DAPI+/CD45-/MSLN+ 阅读提示:Methods 2.13, Figure 4 |
| 统计分析与诊断评估 | ROC曲线、约登指数确定截断值;MSLN(+)CTC最佳截断值1细胞/2mL血,AUC 0.820,p=0.0014;Mann-Whitney U检验比较组间差异 阅读提示:Methods 2.14, Results 3.6 |