临床样本收集与circRNA表达谱分析
鉴定与自然流产相关的异常表达的circRNA。
收集SA患者和正常妊娠女性的胎盘绒毛组织,进行RNA测序(各4例)和qRT-PCR验证(50例SA,76例对照)。
circFTO binding with IGF2BP2 regulates trophoblast cells proliferation, migration, and invasion while mediating m6A modification of CCAR1 mRNA in spontaneous abortion.
包含临床样本、体外细胞实验、类器官模型、RIP、Western blot、拯救实验、RNA稳定性、m6A检测等至少两个独立证据层级,并有明确功能验证和机制验证。
HTR-8/Svneo细胞 JEG-3细胞 JAR细胞 胎盘绒毛组织(SA患者和正常妊娠女性) 滋养层类器官(来自正常妊娠女性)
SA患者和正常妊娠女性的胎盘绒毛样本量(50 vs 76)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与自然流产相关的异常表达的circRNA。
收集SA患者和正常妊娠女性的胎盘绒毛组织,进行RNA测序(各4例)和qRT-PCR验证(50例SA,76例对照)。
确定circFTO对滋养层细胞功能的影响。
在HTR-8/Svneo和JEG-3细胞中敲低或过表达circFTO,通过CCK-8测定增殖,Transwell实验测定迁移和侵袭。
在类器官模型中验证circFTO对滋养层增殖的作用。
从正常妊娠女性胎盘组织建立滋养层类器官,用慢病毒过表达circFTO或NC,通过ATPase活性测定评估增殖。
验证circFTO直接结合IGF2BP2并促进其降解。
通过ENCORI和RBPsuite预测,RIP验证结合,Western blot检测IGF2BP2蛋白水平,MG132实验和IP/泛素化实验证明泛素-蛋白酶体途径降解。
确定circFTO是否通过IGF2BP2影响CCAR1 mRNA的m6A修饰和稳定性。
比色法检测总m6A水平,qRT-PCR检测CCAR1 mRNA表达,放线菌素D实验评估稳定性,meRIP-qPCR检测CCAR1 mRNA的m6A修饰位点。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Accurate Biotechnology | -- |
| cDNA合成 | Hifair III第一链cDNA合成SuperMix | Yeasen Biotech | -- |
| qRT-PCR | qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen Biotech | -- |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA测定 | Takara Bio | -- | |
| Super-PAGE Bis-Tris凝胶 | EpiZyme | -- | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| NcmBlot封闭液 | NCM Biotech | -- | |
| 抗IGF2BP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioworld | AP0063 | |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| HRP标记二抗 | Bioworld | AP0063 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| MEM培养基 | Procell Life | PM150410 | |
| 胎牛血清 | Excell Bio | FSP100 | |
| 青霉素/链霉素 | Procell Life | PB180120 | |
| 类器官培养 | 基质胶 | -- | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| si-circFTO | RiboBio | -- | |
| si-IGF2BP2 | RiboBio | -- | |
| circFTO过表达质粒 | Syngentech Co., Ltd. | -- | |
| circFTO慢病毒载体 | Saisofi Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Yeasen Biotech | -- |
| 类器官增殖检测 | CellCounting-Lite 3D发光试剂盒 | Vazyme | DD1102-02 |
| 迁移侵袭实验 | Transwell小室 | Corning Inc. | -- |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫沉淀 | NP40裂解液 | Beyotime | -- |
| 抗IGF2BP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP | |
| 抗IgG抗体 | Proteintech | B900610 | |
| Protein A/G磁珠 | Bimake | B23202 | |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0285 | |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | EpiGentek | P-9005 |
| meRIP | m6A抗体 | MilliporeSigma | ABE572-I |
| 统计与作图 | SPSS 22.0 | IBM Corp | -- |
| GraphPad Prism 9.0 | GraphPad Software Inc. | -- | |
| ImageJ | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | SA患者和正常妊娠女性的样本量(50 vs 76),组织来源孕周(6-12周),RNA-seq样本量(4 vs 4),样本收集时间(2021年6月至2022年7月)。 阅读提示:Methods中Clinical sample和RNA sequencing部分 |
| circFTO功能实验 | 细胞系(HTR-8/Svneo、JEG-3)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、siRNA序列、质粒信息、CCK-8检测时间点(0,24,48,72h)和细胞数量(2000 cells/well)、Transwell细胞数量(30,000 cells/well)、培养时间(48h)、基质胶稀释比例(1:8)。 阅读提示:Methods中Cell transfection、CCK-8 assay、Transwell insert assay部分 |
| 类器官实验 | 组织来源(正常妊娠6-7周)、消化方法(0.25%胰酶/EDTA和胶原酶V)、Matrigel包被、培养时间(2-3周)、传代间隔(7-10天)、分组(OE-circFTO和NC)、增殖检测方法(ATPase活性)。 阅读提示:Methods中Organoid cultivation和Results中相应部分 |
| 分子机制验证 | 细胞系(HTR-8/Svneo和JEG-3)、RIP抗体(anti-IGF2BP2 4 µg)、泛素化实验(MG132浓度10 µM和时间)、放线菌素D浓度(5 µg/ml)和时间点(0,2,4,8h)、m6A定量使用试剂盒(EpiGentek P-9005)。 阅读提示:Methods中Immunoprecipitation、RNA stability assay、Measurement of N6-methyladenosine content、MeRIP-qPCR部分 |