病毒进入途径抑制剂筛选
鉴定不同RSV毒株进入不同细胞所依赖的途径。
使用11种病毒进入抑制剂处理HEp-2、A549和HBEC细胞,感染RSV A2、B18537和ON1,通过FFA测定感染率。
Cholesterol-rich lipid rafts mediate endocytosis as a common pathway for respiratory syncytial virus entry into different host cells.
包含细胞水平抑制剂筛选、病毒结合/内化实验、单颗粒追踪、共定位分析、受体过表达/敲低功能验证、胆固醇合成酶干扰、体外药物联合以及BALB/c小鼠体内药效评估等多个独立证据层级,并包含功能与机制验证。
HEp-2细胞系 A549细胞系 原代人支气管上皮细胞(HBEC) BALB/c小鼠RSV A2感染模型
RSV毒株:A2、B18537、ON1 细胞系:HEp-2、A549、HBEC 抑制剂浓度:MβCD(1.1-10 mM)、辛伐他汀(1.1-10 µM)、特比萘芬(16.7-150 µM) 感染复数(MOI):2用于感染实验,10用于结合/内化实验,30用于共定位实验 体内实验:BALB/c小鼠,鼻内接种5×10^5 PFU RSV A2,口服给药4天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定不同RSV毒株进入不同细胞所依赖的途径。
使用11种病毒进入抑制剂处理HEp-2、A549和HBEC细胞,感染RSV A2、B18537和ON1,通过FFA测定感染率。
验证胆固醇是否影响RSV的结合或内化步骤。
用MβCD预处理细胞后,在冰上感染病毒进行结合试验,或在结合后加入MβCD并升温进行内化试验,通过qRT-PCR检测病毒RNA。
直接观察RSV进入细胞的过程,判断是直接融合还是内吞。
用DiD标记RSV,用CT-B标记脂筏,用NBD标记胆固醇,通过活细胞显微镜观察病毒内化轨迹。
验证RSV进入是否涉及肌动蛋白重塑和内体运输。
感染RSV后固定细胞,用荧光标记物共染色肌动蛋白、脂筏、胆固醇、内体标志物(EEA1, Rab7, STX6),通过共聚焦显微镜分析共定位。
验证RSV受体是否被招募到脂筏并参与内吞。
通过WB检测感染后脂筏中NCL和IGF1R的水平;通过共聚焦分析其共定位;通过过表达/敲低/回复实验验证其功能。
验证降低胆固醇水平是否抑制RSV感染。
用MβCD、辛伐他汀、特比萘芬处理细胞,测定感染抑制率和EC50;时间-加药实验确定作用阶段;用CCK-8检测细胞毒性。
评估AK0529与辛伐他汀联合的协同抗RSV效果。
使用棋盘式药物组合实验,在不同浓度下测定病毒感染抑制率,并通过ZIP模型分析协同作用。
在动物模型中验证AK0529与辛伐他汀联合治疗的增强效果。
BALB/c小鼠感染RSV A2后,口服AK0529、辛伐他汀或组合治疗4天,测定肺病毒载量并进行组织病理学评分。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Hyclone | -- |
| CM-H009培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 病毒结合和内化实验 | 甲基-β-环糊精 | MCE | HY-101461 |
| 帕利珠单抗 | MCE | HY-P9944 | |
| 蛋白酶K | -- | -- | |
| 单粒子追踪 | DiD荧光染料 | Invitrogen | D7757 |
| 脂筏标记 | Alexa Fluor-488/647偶联霍乱毒素B亚基 | Invitrogen | C34775/C34778 |
| 胆固醇标记 | NBD-胆固醇 | Invitrogen | N1148 |
| 肌动蛋白染色 | CellMask橙色肌动蛋白示踪染料 | Invitrogen | A57244 |
| 病毒检测 | RSV-FITC抗体 | GeneTex | GTX36375 |
| RSV [2F7]抗体 | Abcam | ab43812 | |
| Western blotting | Flotillin-1 (D2V7J)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | #18934T |
| 核仁素多克隆抗体 | Proteintech | 10556-1-AP | |
| IGF1R beta链多克隆抗体 | Proteintech | 20254-1-AP | |
| GAPDH单克隆抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗NCL抗体 | -- | -- | |
| 抗IGF1R抗体 | -- | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | -- | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | -- | -- | |
| 细胞培养 | pcDNA3.1(-)载体 | Beijing Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- |
| 质粒构建 | pLVX-IRES-Puro载体 | Beijing Tsingke Biotech Co., Ltd. | -- |
| pCMV-VSV-G载体 | MiaoLingBio | -- | |
| pMD2.G载体 | -- | -- | |
| psPAX2载体 | -- | -- | |
| 病毒进入抑制剂筛选 | 阿比朵尔盐酸盐 | MCE | HY-14904A |
| 齐瑞索韦 | MCE | HY-109142 | |
| 普雷沙托韦 | MCE | HY-16727 | |
| 氯化铵 | Sigma | A9434 | |
| 菲平复合物 | MCE | HY-N6716 | |
| 氯丙嗪 | Selleck | S5749 | |
| 乙基异丙基阿米洛利 | MCE | HY-101840 | |
| 细胞松弛素D | MCE | HY-N6682 | |
| 诺考达唑 | MCE | HY-13520 | |
| 胆固醇抑制实验 | 辛伐他汀 | MCE | HY-17502 |
| 特比萘芬 | MCE | HY-17395A | |
| 细胞核染色 | DAPI | Invitrogen | D3571 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 568标记驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A10042 |
| Alexa Fluor 568标记驴抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A10037 | |
| Alexa Fluor 633标记山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A21052 | |
| Alexa Fluor 568标记驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 血脂筏分离 | Minute质膜衍生脂筏分离试剂盒 | Invent Biotechnologies | -- |
| RNA提取与qRT-PCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| HiScript II一步法qRT-PCR SYBR Green试剂盒 | Vazyme | Q221-01 | |
| Applied Biosystems QuantStudio 6 Flex实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blotting | FluorChem HD2成像系统 | Alpha Innotech | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| 质粒转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 | |
| 细胞培养 | Opti-MEM培养基 | -- | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Santa Cruz Biotechnology | sc-134220 |
| 体内实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| 羟丙基-β-环糊精 | -- | -- | |
| 免疫染色封闭 | 牛血清白蛋白 | Macklin | B824162 |
| 透化处理 | Triton X-100 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HEp-2、A549、HBEC、HEK293T;培养基:DMEM(Hyclone)或CM-H009(Procell);添加10% FBS和1% Pen Strep;培养条件:37°C,5% CO2。 阅读提示:Materials and Methods, Cells and viruses |
| 病毒扩增 | 病毒株:RSV A2 (KT992094), B18537 (MG813995), ON1 (MW582528);扩增细胞:HEp-2;感染后3天收集上清;病毒滴度通过TCID50和FFA测定。 阅读提示:Materials and Methods, Cells and viruses |
| 病毒进入抑制剂筛选 | 抑制剂列表及浓度(参考文献21,33-41);预处理1小时;感染MOI=2;2小时后换液;24小时后FFA检测。 阅读提示:Materials and Methods, Evaluation of the in vitro antiviral activity; Figure 1A |
| 病毒结合和内化实验 | MβCD(5 mM)预处理1小时;结合实验:冰上感染MOI=10,1小时;内化实验:升温至37°C,1小时;蛋白酶K(500 ng/mL)处理1小时;RNA提取和qRT-PCR。 阅读提示:Materials and Methods, Virus binding and internalization assay |
| 单颗粒追踪 | RSV用DiD标记(45 µM,90分钟);脂筏用Alexa 488-CTB(1:200)染色;胆固醇用NBD-cholesterol(15 µM)染色;使用活细胞显微镜观察。 阅读提示:Materials and Methods, Live-cell microscopy; Figure 2 |
| 共聚焦显微镜分析 | 感染MOI=30;固定:4% PFA 15分钟;透化:0.3% Triton X-100 15分钟;封闭:5% BSA;抗体稀释度:一抗(1:100或1:200),二抗(1:500);脂筏和胆固醇染色同前。 阅读提示:Materials and Methods, Receptor localization assays; Actin polymerization assay; Internalization assay |
| 受体功能实验 | siRNA(40 nM)敲低;质粒(500 ng/well)过表达或回复;MβCD(2 mM)处理1小时;感染MOI=2;FFA检测。 阅读提示:Materials and Methods, siRNA knockdown and plasmid rescue; Figure 4E-H |
| 胆固醇抑制实验 | MβCD(1.1-10 mM),辛伐他汀(1.1-10 µM),特比萘芬(16.7-150 µM);预处理1小时(EC50)或12小时(胆固醇定量);感染MOI=0.2或2;FFA检测;细胞毒性通过CCK-8检测。 阅读提示:Materials and Methods, Evaluation of the in vitro antiviral activity; Cholesterol depletion and quantification |
| 药物联合(体外) | AK0529和辛伐他汀的浓度矩阵;感染MOI=0.2;CPE检测72小时;ZIP模型分析。 阅读提示:Materials and Methods, Dual-drug antiviral regimen design; Figure 6 |
| 药物联合(体内) | BALB/c小鼠(8周龄,雌性,n=5/组);鼻内接种5×10^5 PFU RSV A2;给药方式:口服,溶解于200 µL 5% DMSO/20%羟丙基-β-环糊精;治疗:AK0529(12.5, 25, 50 mpk),辛伐他汀(50 mpk),组合(12.5+12.5, 25+25 mpk);每日两次,共4天;检测终点:病毒滴度(FFA),组织病理学。 阅读提示:Materials and Methods, In vivo efficacy; Figure 7 |